Pose, duplicate, then elaborate: Steps towards increased affinity for inhibitors targeting the specificity surface of the Pim-1 kinase
作者:Lukas Heyder、Phil M.M. Hochban、Corey Taylor、Florent Chevillard、Christof Siefker、Christian Iking、Hannes Borchardt、Achim Aigner、Gerhard Klebe、Andreas Heine、Peter Kolb、Wibke E. Diederich
DOI:10.1016/j.ejmech.2022.114914
日期:2023.1
hits binding to Pim-1 kinase with initially modest affinity were further optimized combining computational, synthetic and crystallographic expertise, eventually resulting in potent ligands with affinities in the nanomolar range that address rarely-targeted regions of Pim-1 kinase. Starting from a set of crystallographically validated, chemically distinct fragments that bind to Pim-1 kinase but lack typical
在这项研究中,结合计算、合成和晶体学专业知识进一步优化了与 Pim-1 激酶结合的片段大小的命中,最初具有适度的亲和力,最终产生了具有纳摩尔级亲和力的强效配体,可解决 Pim-1 的罕见靶向区域激酶。从一组经过晶体学验证的、化学上不同的片段开始,这些片段与 Pim-1 激酶结合但缺乏典型的核苷酸模拟结构,通过详尽的计算机模拟构建了一个扩展片段库反应。在对接、最小化、聚类、对排名靠前的化合物进行目视检查以及评估合成可及性的难易程度之后,合成了原始化合物或相近的衍生物,并针对 Pim-1 进行了测试。对于显示最高程度的 Pim-1 抑制的化合物,结合模式是通过晶体学确定的。按照结构导向的方法,这些在随后的设计周期中得到进一步优化,将化合物的初始亲和力提高了几个数量级,同时仅合成了相对适度数量的衍生物。计算和实验方法的结合导致开发了一种相当有效的新型分子支架,用于抑制针对特定表面区域的 Pim-1,