cyclo(-D-Tyr-D-Ala-L-Arg-[3-(2-naphthyl)-L-Ala]-Gly-)

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: cyclo(-D-Tyr-D-Ala-L-Arg-[3-(2-naphthyl)-L-Ala]-Gly-)
• 英文别名: 1-[3-[(2S,5S,11R,14R)-11-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-14-methyl-5-(2-naphthylmethyl)-3,6,9,12,15-pentaoxo-1,4,7,10,13-pentazacyclopentadec-2-yl]propyl]guanidine；2-[3-[(2S,5S,11R,14R)-11-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-14-methyl-5-(naphthalen-2-ylmethyl)-3,6,9,12,15-pentaoxo-1,4,7,10,13-pentazacyclopentadec-2-yl]propyl]guanidine
• 化学式: C₃₃H₄₀N₈O₆
• 分子量: 644.731
• InChiKey: ZLADCKHHHMLAMG-YFYVCGBBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.2
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  230
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 N-甲基吗啉 、 二苯基膦叠氮化物 、 三氟乙酸 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 26.0h， 生成 cyclo(-D-Tyr-D-Ala-L-Arg-[3-(2-naphthyl)-L-Ala]-Gly-)
  参考文献：
  名称：

  通过环四肽支架的结构调整鉴定新型低分子量CXCR4拮抗剂。

  摘要：

  先前通过使用两个正交环状五肽文库发现了一种高效CXCR4拮抗剂化合物2，所述正交五环文库涉及基于14-mer肽拮抗剂1的药效基团的基于构象和基于序列的文库。合成了具有γ-氨基酸的二肽单元（Nal-Gly）以及由二硫键和烯烃桥环合的假肽，以发现不同于环状五肽的新型支架结构。与化合物2相比，这些化合物包含的肽键数量减少。此外，还制备了几种具有Arg（4）侧链化学修饰的类似物（2）。由此，鉴定了具有高至中等CXCR4拮抗活性的几种新的铅。

  DOI：

  10.1021/jm050009h

文献信息

• Structure−Activity Relationships of Cyclic Peptide-Based Chemokine Receptor CXCR4 Antagonists:  Disclosing the Importance of Side-Chain and Backbone Functionalities
  作者：Satoshi Ueda、Shinya Oishi、Zi-xuan Wang、Takanobu Araki、Hirokazu Tamamura、Jérôme Cluzeau、Hiroaki Ohno、Shuichi Kusano、Hideki Nakashima、John O. Trent、Stephen C. Peiper、Nobutaka Fujii

  DOI：10.1021/jm0607350

  日期：2007.1.1

  2. NMR and conformational analysis indicated that both of these analogues favor the same backbone conformation as 2, whereas similar analysis of less potent analogues indicates that an altered backbone conformation is favored. The conformational analysis showed that steric repulsion by a 1,3-allylic strain-like effect across the planar peptide bond might contribute to the conformational preferences

  以前，我们已经确定了高效CXCR4拮抗剂2 [cyclo（-D-Tyr1-Arg2-Arg3-Nal4-Gly5-）]及其Arg2差向异构体3 [cyclo（-D-Tyr1-D-Arg2-Arg3-Nal4- （Gly5-）]通过筛选基于五残基CXCR4拮抗剂1的结构-活性关系研究而设计的环状五肽文库。在本研究中，合成了一系列新的类似物2和3，以评估肽侧链和骨架修饰对生物活性的影响。根据Ala扫描研究，其中2和3中的每个残基都被具有相同手性的Ala取代，用Ala取代Arg3和Nal4 [Nal = L-3-（2-萘基）丙氨酸]（化合物6， 7，10，11）导致效力显着降低，表明这些氨基酸是生物活性的重要贡献者。对于环状肽主链，进行了几种修饰，包括在Gly5位置的d / I-Ala或环状氨基酸取代以及酰胺氮上的连续N-甲基化。在类似物中，化合物13 [环（-D-Tyr1-Arg2-Arg3-Nal4-D-Ala5-）]和32
• Identification of Novel Low Molecular Weight CXCR4 Antagonists by Structural Tuning of Cyclic Tetrapeptide Scaffolds
  作者：Hirokazu Tamamura、Takanobu Araki、Satoshi Ueda、Zixuan Wang、Shinya Oishi、Ai Esaka、John O. Trent、Hideki Nakashima、Naoki Yamamoto、Stephen C. Peiper、Akira Otaka、Nobutaka Fujii

  DOI：10.1021/jm050009h

  日期：2005.5.1

  found by using two orthogonal cyclic pentapeptide libraries involving conformation-based and sequence-based libraries based on the pharmacophore of a 14-mer peptidic antagonist, 1. Herein, cyclic tetrapeptides derived from replacements of the dipeptide unit (Nal-Gly) with a gamma-amino acid and pseudopeptides cyclized by disulfide and olefin bridges were synthesized to find novel scaffold structures different

  先前通过使用两个正交环状五肽文库发现了一种高效CXCR4拮抗剂化合物2，所述正交五环文库涉及基于14-mer肽拮抗剂1的药效基团的基于构象和基于序列的文库。合成了具有γ-氨基酸的二肽单元（Nal-Gly）以及由二硫键和烯烃桥环合的假肽，以发现不同于环状五肽的新型支架结构。与化合物2相比，这些化合物包含的肽键数量减少。此外，还制备了几种具有Arg（4）侧链化学修饰的类似物（2）。由此，鉴定了具有高至中等CXCR4拮抗活性的几种新的铅。