(2R,3R,4R,5R)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl (2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite | 159639-78-8

• 物质功能分类: 有机原料 - 氨基化合物 - 酰胺类化合物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (2R,3R,4R,5R)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl (2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite
• 英文别名: Uridine, 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-2'-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-5-methyl-, 3'-[2-cyanoethyl N,N-bis(1-methylethyl)phosphoramidite]；3-[[(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 159639-78-8
• 化学式: C₄₆H₆₃N₄O₉PSi
• 分子量: 875.087
• InChiKey: KYRSLFQMFXXGLW-IEXCOMMKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.82
• 重原子数：
  61
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5,6-dihydro-6-pivaloyl-2',3'-O-isopropylidene uridine 、 (2R,3R,4R,5R)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl (2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite 在 四氮唑 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 3.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  RNA 中 C6-嘧啶基团反应性的产物和机理分析

  摘要：

  核碱基自由基是羟基自由基与核酸反应时产生的主要反应中间体。5,6-Dihydrouridin-6-yl 自由基 (1) 是由酮前体通过 Norrish I 型光裂解在二核苷酸、单链和双链 RNA 中独立产生的。该自由基是尿苷主要羟基自由基加合物的模型。通过 ESI-MS 观察到由 1 到 5'-相邻核苷酸衍生的过氧自由基的添加引起的串联损伤。自由基 1 在 5'-相邻核苷酸和初始生成位点产生直接链断裂。在这两个位置裂解的偏好取决于 RNA 的二级结构以及 O(2) 是否存在。改变 5'-相邻核苷酸的身份对链断裂几乎没有影响。一般来说，与 O(2) 存在时相比，在厌氧条件下断链更有效。在厌氧条件下，双链 RNA 的断链效率是单链寡核苷酸的两倍多。核苷酸间链断裂通过 C2'-氢原子被 1 夺取后的 β-断裂发生。随后形成的烯烃阳离子自由基最终产生含有 3'-磷酸或 3'-脱氧-2'-酮尿苷末端

  DOI：

  10.1021/ja200317w

文献信息

• Direct Strand Scission in Double Stranded RNA via a C5-Pyrimidine Radical
  作者：Marino J. E. Resendiz、Venkata Pottiboyina、Michael D. Sevilla、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja300044e

  日期：2012.2.29

  Nucleobase radicals are the major family of reactive intermediates produced when nucleic acids are exposed to γ-radiolysis. The 5,6-dihydrouridin-5-yl radical (1), the formal product of hydrogen atom addition and a model for hydroxyl radical addition, was independently generated from a ketone precursor via Norrish Type I photocleavage in single and double stranded RNA. Radical 1 produces direct strand

  核碱基自由基是核酸暴露于 γ-辐射分解时产生的反应性中间体的主要家族。5,6-二氢尿苷-5-基自由基 (1) 是氢原子加成的正式产物和羟基自由基加成的模型，是通过单链和双链 RNA 中的 Norrish I 型光裂解从酮前体独立生成的。自由基 1 在 5'-相邻核苷酸处产生直接链断裂，并且在自由基产生的初始位点仅观察到少量的链断裂。链断裂优先发生在双链 RNA 中，并且在没有 O(2) 的情况下发生。断链效率的依赖性来自 5，厌氧条件下二级结构上的 6-dihydrouridin-5-yl 自由基 (1) 表明这种反应性可能有助于从羟基自由基反应中提取额外的 RNA 结构信息。改变 5'-相邻核苷酸的身份对链断裂几乎没有影响。核苷酸间链断裂通过 3'-磷酸的 β-消除发生，随后 C2'-氢原子被 1 提取。随后形成的烯烃阳离子自由基产生含有 3'-磷酸或 3'-脱氧-2'-酮核苷酸末端的 RNA