A fluorine scan of the phenylamidinium needle of tricyclic thrombin inhibitors: effects of fluorine substitution on pKaand binding affinity and evidence for intermolecular C–F⋯CN interactions
摘要:
三环凝血酶抑制剂的苯基氨定针中的氢原子与酶选择性口袋 S1 底部的 Asp189 发生相互作用,系统地将这些氢原子替换为氟原子,试图通过降低 pKa 值来改善药代动力学特性。F-替代后,pKa 值以及对凝血酶和胰蛋白酶的抑制常数 Ki 均有所降低。有趣的是,线性自由能关系(LFERs)显示,与胰蛋白酶相比,pKa 值的降低对凝血酶的结合亲和力影响更大。在苯基氨定针的 F-替代对抑制剂三环骨架中的三级胺中心 pKa 值的影响上观察到了意外现象,随后通过 X 射线晶体学分析和从头计算进行了合理化。通过对小分子 X 射线晶体结构的分析和剑桥结构数据库(CSD)的研究,获得了强方向性分子间 C–F⋯CN 交互作用的证据。