3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-methylcytidine | 367511-42-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-methylcytidine
• 英文别名: 3',5'-O-bis(t-butyldimethylsilyl)-2'-O-methylcytidine；TBDMS(-3)[TBDMS(-5)]Ribf2Me(b)-cytosin-1-yl；4-amino-1-[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-3-methoxyoxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 367511-42-0
• 化学式: C₂₂H₄₃N₃O₅Si₂
• 分子量: 485.772
• InChiKey: FLLVKFUZCCSGEK-NXWXRZEISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.15
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  95.6
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-methylcytidine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 triethylamine trihydrofluoride 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 生成 N⁴-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-methylcytidine
  参考文献：
  名称：

  作为丙型肝炎病毒 RNA 复制抑制剂的修饰核苷 5'-单磷酸的 S-酰基-2-硫乙基酯的合成和评价。

  摘要：

  几个三磷酸修饰的核苷 (1-6) 被确定为丙型肝炎病毒 RNA 依赖性 RNA 聚合酶 (RdRp) 的抑制剂 (IC(50) = 0.08-3.8 microM)。尽管通过确定三磷酸盐抑制 HCV RdRp 体外活性的能力而开发的初始 SAR 确定了几种有效的抑制剂，但在基于细胞的复制子测定中，没有一个相应的核苷表现出显着的抑制效力。为了提高活性，合成了双 (tBu-S-acyl-2-thioethyl) 核苷 5'-单磷酸酯 (7-12)，与基于细胞的测定中的相应核苷相比，这些衍生物表现出更高的效力。细胞内代谢分析表明 S-acyl-2-thioethyl (SATE) 前药代谢为 5' -三磷酸的效率比相应的核苷高 40 到 155 倍。涉及双 (tBuSATE) 胞苷 5'-单磷酸酯的前药方法显着降低了细胞脱氨酶对胞苷衍生物的脱氨作用。此外，在细胞中用 SAT 前药进行的染色体畸变

  DOI：

  10.1021/jm0495172
• 作为产物：
  描述：

  叔丁基二甲基氯硅烷 、 2'-甲氧基胞苷 在 咪唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.0h， 以97.5%的产率得到3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-O-methylcytidine
  参考文献：
  名称：

  作为丙型肝炎病毒 RNA 复制抑制剂的修饰核苷 5'-单磷酸的 S-酰基-2-硫乙基酯的合成和评价。

  摘要：

  几个三磷酸修饰的核苷 (1-6) 被确定为丙型肝炎病毒 RNA 依赖性 RNA 聚合酶 (RdRp) 的抑制剂 (IC(50) = 0.08-3.8 microM)。尽管通过确定三磷酸盐抑制 HCV RdRp 体外活性的能力而开发的初始 SAR 确定了几种有效的抑制剂，但在基于细胞的复制子测定中，没有一个相应的核苷表现出显着的抑制效力。为了提高活性，合成了双 (tBu-S-acyl-2-thioethyl) 核苷 5'-单磷酸酯 (7-12)，与基于细胞的测定中的相应核苷相比，这些衍生物表现出更高的效力。细胞内代谢分析表明 S-acyl-2-thioethyl (SATE) 前药代谢为 5' -三磷酸的效率比相应的核苷高 40 到 155 倍。涉及双 (tBuSATE) 胞苷 5'-单磷酸酯的前药方法显着降低了细胞脱氨酶对胞苷衍生物的脱氨作用。此外，在细胞中用 SAT 前药进行的染色体畸变

  DOI：

  10.1021/jm0495172

文献信息

• Synthesis of terminally modified oligonucleotides and their hybridization dependence on the size of the target RNAs
  作者：Kohji Seio、Yusuke Takaku、Kazuya Miyazaki、Sayako Kurohagi、Yoshiaki Masaki、Akihiro Ohkubo、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1039/b900301k

  日期：——

  We have developed new artificial oligonucleotide probes that show selective recognition for short RNA targets over long RNA targets. Our results suggested that modification of the termini of the oligonucleotide probes by bulky substituents such as cyclohexyl and 4-(3,6,9-trioxaundecylenedioxy)phenyl (Bzcr) groups significantly improved the selectivity of the probes toward the short RNA targets. The

  我们已经开发了新的人工寡核苷酸探针，该探针显示出对长RNA靶标的选择性识别。我们的结果表明，通过大的取代基（如环己基和甲基）修饰寡核苷酸探针的末端4-（3,6,9-三氧杂十二碳二烯）苯基 （cr）组显着提高了探针对短RNA靶的选择性。通过在环己烷环上添加磷酸基团进一步提高了选择性。尽管从一般意义上讲，对短RNA靶的选择性需要大大提高，但它特别适用于相对于pre-miRNA的成熟miRNA的选择性检测。