5'(S)-C-propargyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine | 1051395-67-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5'(S)-C-propargyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine
• CAS: 1051395-67-5
• 化学式: C₁₉H₃₀N₂O₅Si
• 分子量: 394.543
• InChiKey: HEVIFSVYZWOSAW-CAOSSQGBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.91
• 重原子数：
  27.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.68
• 拓扑面积：
  93.55
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'(S)-C-propargyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 2.25h， 以77%的产率得到5'(S)-C-propargylthymidine
  参考文献：
  名称：

  单击化学方法，将截短侧耳素与核苷或无环核苷衍生物偶联，并将其与细菌核糖体结合。

  摘要：

  截短侧耳素及其衍生物是通过与核糖体结合而抑制细菌中蛋白质合成的抗菌药物。为了促进基于截短侧耳素的药物的合理设计，通过点击化学方案合成了19种截短侧耳素作为侧链延伸的截短侧耳素缀合物。通过23S rRNA中核苷酸U2506的化学足迹评估结合，所有结合物均以不同程度结合，反映了其与肽基转移酶中心的结合亲和力。侧链延伸部分还在位置U2585处显示了各种保护。对具有最高亲和力的结合物的对接研究支持以下结论：尽管存在各种结合，截短侧耳素骨架仍在相同的结合袋中结合。共轭三唑部分的位置很好，核碱基位于50S核糖体亚基的不同口袋中。与截短侧耳素本身相比，具有最高亲和力和明显更好结合的衍生物包含与截短侧耳素C-22的腺嘌呤9-基丙烯三唑缀合物。

  DOI：

  10.1021/jm800261u
• 作为产物：
  描述：

  3'-tert-butyldimethylsilylthymidine 5'-carboxaldehyde 、 3-溴丙炔 在 氯化铵 、 锌 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 甲苯 为溶剂， 反应 36.0h， 生成 5'(R)-C-propargyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine 、 5'(S)-C-propargyl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  单击化学方法，将截短侧耳素与核苷或无环核苷衍生物偶联，并将其与细菌核糖体结合。

  摘要：

  截短侧耳素及其衍生物是通过与核糖体结合而抑制细菌中蛋白质合成的抗菌药物。为了促进基于截短侧耳素的药物的合理设计，通过点击化学方案合成了19种截短侧耳素作为侧链延伸的截短侧耳素缀合物。通过23S rRNA中核苷酸U2506的化学足迹评估结合，所有结合物均以不同程度结合，反映了其与肽基转移酶中心的结合亲和力。侧链延伸部分还在位置U2585处显示了各种保护。对具有最高亲和力的结合物的对接研究支持以下结论：尽管存在各种结合，截短侧耳素骨架仍在相同的结合袋中结合。共轭三唑部分的位置很好，核碱基位于50S核糖体亚基的不同口袋中。与截短侧耳素本身相比，具有最高亲和力和明显更好结合的衍生物包含与截短侧耳素C-22的腺嘌呤9-基丙烯三唑缀合物。

  DOI：

  10.1021/jm800261u

文献信息

• Synthesis and Molecular Modelling of Double-Functionalised Nucleosides with Aromatic Moieties in the 5′-(S)-Position and Minor Groove Interactions in DNA Zipper Structures
  作者：Khalil Isak Shaikh、Charlotte Stahl Madsen、Lise Junker Nielsen、Anna Søndergaard Jørgensen、Henrik Nielsen、Michael Petersen、Poul Nielsen

  DOI：10.1002/chem.201001253

  日期：2010.11.15

  showed that the aromatic moieties in some cases interact in the minor groove forming DNA zipper structures. The strongest specific interaction was found between two thymines or between a thymine and a phenyl group in a crossed (−3)‐zipper motif (i.e., with two base pairs interspacing the modifications). Modelling revealed that the interaction is aromatic stacking across the minor groove. Also, the extended

  一系列六个双功能化核苷，其中在5'-（S）-C中插入了芳香族部分位置，已合成并整合到DNA双链体中。芳香族部分为胸腺嘧啶-1-基，苯基，1,2,3-三唑-1-基，1,2,3-三唑-4-基，4-（尿嘧啶-5-基）1,2， 3-三唑-1-基和4-苯基1,2,3-三唑-1-基。用紫外线熔解曲线，CD光谱和分子建模研究了DNA双链体。结果表明，在某些情况下，芳族部分在形成DNA拉链结构的小沟中相互作用。发现两个胸腺嘧啶之间或胸腺嘧啶与苯基之间的最强特异性相互作用是在交叉的（-3）-拉链基序中（即，两个碱基对在修饰之间进行间隔）。建模显示，相互作用是整个小沟槽之间的芳香堆积。同样，扩展的尿嘧啶-三唑部分在小沟中表现出拉链接触，并与沟底结合。