2'-脱氧-5-[(1E)-3-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-3-氧代-1-丙烯基]尿苷 | 869355-24-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 2'-脱氧-5-[(1E)-3-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-3-氧代-1-丙烯基]尿苷
• 英文名称: Bis(2-cyanoethyl) ((2R,3S,5R)-2-(Hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl) Phosphate
• 英文别名: (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) (E)-3-[1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-2,4-dioxopyrimidin-5-yl]prop-2-enoate
• CAS: 869355-24-8
• 化学式: C₁₆H₁₇N₃O₉
• 分子量: 395.326
• InChiKey: UCFQDCCIRGUDBE-OJJONNAYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.67±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.1
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  163
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-脱氧-5-[(1E)-3-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-3-氧代-1-丙烯基]尿苷 在 吡啶 、 四氮唑 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 34.17h， 生成 5'-O-DMTr-(2-[2-[N,N-bis(2-trifluoroacetamidoethyl)]-aminoethyl]carbamoyl-(E)-vinyl)-2'-deoxyuridine 3'-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]-phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  Nucleic acid probe, method for designing nucleic acid probe, and method for detecting target sequence

  摘要：

  本发明提供了一种能够通过PCR方法在突变检测、错配检测等方面实现高检测灵敏度和高特异性的核酸探针，以及设计这种核酸探针的方法和检测目标序列的方法。该核酸探针包括一个核酸分子，该核酸分子包括多个表现出激子效应的荧光染料基团。表现出激子效应的至少两个荧光染料基团与核酸分子中的同一碱基或两个相邻碱基结合，每个荧光染料基团通过连接物（连接原子或连接原子团）结合。核酸分子的延伸端被化学修饰，从而阻止核酸分子的延伸反应。

  公开号：

  US09862989B2
• 作为产物：
  描述：

  (E)-5-(2-carbomethoxyvinyl)-2'-deoxyuridine 在 水 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 sodium hydroxide 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 2'-脱氧-5-[(1E)-3-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-3-氧代-1-丙烯基]尿苷
  参考文献：
  名称：

  Nucleic acid probe, method for designing nucleic acid probe, and method for detecting target sequence

  摘要：

  本发明提供了一种能够通过PCR方法在突变检测、错配检测等方面实现高检测灵敏度和高特异性的核酸探针，以及设计这种核酸探针的方法和检测目标序列的方法。该核酸探针包括一个核酸分子，该核酸分子包括多个表现出激子效应的荧光染料基团。表现出激子效应的至少两个荧光染料基团与核酸分子中的同一碱基或两个相邻碱基结合，每个荧光染料基团通过连接物（连接原子或连接原子团）结合。核酸分子的延伸端被化学修饰，从而阻止核酸分子的延伸反应。

  公开号：

  US09862989B2

文献信息

• COMPOUND, NUCLEIC ACID, METHOD FOR PRODUCING NUCLEIC ACID, AND KIT FOR PRODUCING NUCLEIC ACID
  申请人：Okamoto Akimitsu

  公开号：US20130289263A1

  公开（公告）日：2013-10-31

  A compound is represented by the following formula ( 1 ), ( 2 ), or ( 3 ) (where, in the above formulae ( 1 ), ( 2 ), and ( 3 ), Z 11 and Z 12 independently have a fluorescent property and are an uncharged atomic group exhibiting an exciton effect).

  一个化合物由以下公式（1）、（2）或（3）表示（其中，在上述公式（1）、（2）和（3）中，Z11和Z12独立具有荧光性质，并且是表现出激子效应的不带电原子团）。
• COMPOUND HAVING STRUCTURE DERIVED FROM MONONUCLEOSIDE OR MONONUCLEOTIDE, NUCLEIC ACID, LABELING SUBSTANCE, AND METHOD AND KIT FOR DETECTION OF NUCLEIC ACID
  申请人：Riken

  公开号：EP2130835B1

  公开（公告）日：2012-05-23
• Nucleic acid probe, method for designing nucleic acid probe, and method for detecting target sequence
  申请人：KABUSHIKI KAISHA DNAFORM

  公开号：US09862989B2

  公开（公告）日：2018-01-09

  The present invention provides a nucleic acid probe that can achieve high detection sensitivity and high specificity in mutation detection, mismatch detection, etc. by the PCR method, a method for designing such a nucleic acid probe, and a method for detecting a target sequence. The nucleic acid probe includes a nucleic acid molecule, and the nucleic acid molecule includes a plurality of fluorescent dye moieties that exhibit an excitonic effect. At least two of the fluorescent dye moieties that exhibit an excitonic effect are bound to the same base or two adjacent bases in the nucleic acid molecule with each fluorescent dye moiety being bound via a linker (a linking atom or a linking atomic group). The extension-side end of the nucleic acid molecule is chemically modified, thereby preventing an extension reaction of the nucleic acid molecule.

  本发明提供了一种能够通过PCR方法在突变检测、错配检测等方面实现高检测灵敏度和高特异性的核酸探针，以及设计这种核酸探针的方法和检测目标序列的方法。该核酸探针包括一个核酸分子，该核酸分子包括多个表现出激子效应的荧光染料基团。表现出激子效应的至少两个荧光染料基团与核酸分子中的同一碱基或两个相邻碱基结合，每个荧光染料基团通过连接物（连接原子或连接原子团）结合。核酸分子的延伸端被化学修饰，从而阻止核酸分子的延伸反应。