Screening the Structural Space of Bicyclo-DNA: Synthesis and Thermal Melting Properties of bc<sup>4,3</sup>-DNA
作者:Andrea Stauffiger、Christian J. Leumann
DOI:10.1002/ejoc.200801034
日期:2009.3
In attempts to screen the structural and functional properties of bicyclo-DNA, in which the ribose C(3′) and C(5′) centers are integrated into an additional five-membered carbocyclic ring ([3.3.0]-series) we have now synthesized and investigated a ring enlarged analogue in which C(5′) and C(3′) are spanned by a six-membered carbocyclic ring ([4.3.0]-series). The synthesis of the corresponding bc4,3-T
为了筛选双环 DNA 的结构和功能特性,其中核糖 C(3') 和 C(5') 中心被整合到一个额外的五元碳环([3.3.0] 系列)中,我们现在已经合成并研究了一种环扩大类似物,其中 C(5') 和 C(3') 被一个六元碳环([4.3.0] 系列)跨越。从已知的烯丙基呋喃糖 1 开始,相应的 bc4,3-T 核苷 13 的合成分 12 个步骤进行。其苄基保护的前体 12 的 X 射线分析显示环己烷环采用椅子构象,O(5' ) 轴向位置的取代基。呋喃糖部分明显显示S型糖褶。该核苷被转化为相应的亚磷酰胺结构单元 15 并通过标准亚磷酰胺化学掺入寡脱氧核苷酸中。发现单或双掺入 bc4,3-T 残基并与互补 DNA 或 RNA 配对的寡核苷酸的热稳定性与未修饰的寡核苷酸(每次修饰 –2.3 至 +0.7 °C)和具有已知的 bc-T 修饰。我们还发现 bc4,3-T 系列中的错配辨别力与自然系列的错配辨别力相似,但与已知的