1-[3'-[[[(tert-butyl)diphenylsilyl]oxy]methyl]-2',3',5'-trideoxy-β-D-erythro-hexofuranosyl]thymine | 651020-33-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-[3'-[[[(tert-butyl)diphenylsilyl]oxy]methyl]-2',3',5'-trideoxy-β-D-erythro-hexofuranosyl]thymine
• 英文别名: 1-[(2R,4R,5R)-4-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-5-(2-hydroxyethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 651020-33-6
• 化学式: C₂₈H₃₆N₂O₅Si
• 分子量: 508.69
• InChiKey: VNJOGVXQESWWHM-NQHRYMMQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.71
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  88.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[3'-[[[(tert-butyl)diphenylsilyl]oxy]methyl]-2',3',5'-trideoxy-β-D-erythro-hexofuranosyl]thymine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 7.5h， 生成 1-[6'-O-benzoyl-2',3',5'-trideoxy-β-D-erythro-hexofuranosyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  在3'和5'位置同源的核苷类似物的直接合成

  摘要：

  提出了一条新的路线来制备在3'和5'位置同源的核苷类似物。该途径适用于D-和L-对映体形式，适用于制备合成寡核苷酸类似物所需的单体双同核苷。从已知的戊-2-炔-1,5-二醇单苄基醚3还原为烯醇4。夏普勒斯的不对称环氧化4，随后环氧化物的开口5与烯丙基溴化镁，给人二醇的混合物6和7。保护伯醇作为甲硅烷基醚，然后用OsO 4和NaIO 4处理，然后在MeOH中加入弱酸，然后还原，得到（2 R，3 R）{{[（（叔丁基）二苯基甲硅烷基]氧基}甲基}四氢-2-（2-羟乙基）-5-甲氧基呋喃（=甲基3 -{{[（（叔丁基）二苯基甲硅烷基]氧基}甲基} -2,3,5-三苯氧基-α / β -D-赤型-六呋喃糖苷；10）（方案1）。借助于三氟甲磺酸三甲基甲硅烷基酯将保护的核碱基添加到该骨架中（方案2）。的Ô甲苯甲酰（2-MEC 6 ħ 4 CO）和p -anisoyl（4- MeOC 6 ħ 4CO）基

  DOI：

  10.1002/hlca.200390243
• 作为产物：
  描述：

  methyl 6-O-benzyl-3-[[[(tert-butyl)diphenylsilyl]oxy]methyl]-2,3,5-trideoxy-D-erythro-hexofuranoside 在 palladium on activated charcoal 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 N-甲基-N-(三甲基硅烷基)三氟乙酰胺 、 氢气 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 1-[3'-[[[(tert-butyl)diphenylsilyl]oxy]methyl]-2',3',5'-trideoxy-β-D-erythro-hexofuranosyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  在3'和5'位置同源的核苷类似物的直接合成

  摘要：

  提出了一条新的路线来制备在3'和5'位置同源的核苷类似物。该途径适用于D-和L-对映体形式，适用于制备合成寡核苷酸类似物所需的单体双同核苷。从已知的戊-2-炔-1,5-二醇单苄基醚3还原为烯醇4。夏普勒斯的不对称环氧化4，随后环氧化物的开口5与烯丙基溴化镁，给人二醇的混合物6和7。保护伯醇作为甲硅烷基醚，然后用OsO 4和NaIO 4处理，然后在MeOH中加入弱酸，然后还原，得到（2 R，3 R）{{[（（叔丁基）二苯基甲硅烷基]氧基}甲基}四氢-2-（2-羟乙基）-5-甲氧基呋喃（=甲基3 -{{[（（叔丁基）二苯基甲硅烷基]氧基}甲基} -2,3,5-三苯氧基-α / β -D-赤型-六呋喃糖苷；10）（方案1）。借助于三氟甲磺酸三甲基甲硅烷基酯将保护的核碱基添加到该骨架中（方案2）。的Ô甲苯甲酰（2-MEC 6 ħ 4 CO）和p -anisoyl（4- MeOC 6 ħ 4CO）基

  DOI：

  10.1002/hlca.200390243

文献信息

• Synthesis and Properties of Oligodeoxynucleotide Analogs with Bis(methylene) Sulfone Bridges
  作者：Bernd Eschgfäller、Jürgen G. Schmidt、Marcel König、Steven A. Benner

  DOI：10.1002/hlca.200390244

  日期：2003.9

  solution-phase synthesis was developed for the bis(methylene) sulfone-bridged oligodeoxynucleotide analogs (SNA) 5′-d(HOCH2-Tso2Tso2Tso2Cso2Tso2Tso2Tso2T-CH2SO)-3′ (35b) and 5′-d(HOCH2-Tso2Tso2Tso2Tso2Tso2Tso2Tso2T-CH2SO)-3′ (34c) (SO2 corresponds to CH2SO2CH2 instead of OP(O)(O−)(O). In these, the phosphodiester linkages are replaced by non-ionic bis(methylene) sulfone linkers. The general strategy involved

  针对双（亚甲基）砜桥联的寡脱氧核苷酸类似物（SNA）5'-d（HOCH 2 -Tso 2 Tso 2 Tso 2 Cso 2 Tso 2 Tso 2 Tso 2 T-CH 2 SO ）-3'（35b）和5'-d（HOCH 2 -Tso 2 Tso 2 Tso 2 Tso 2 Tso 2 Tso 2 Tso 2 T-CH 2 SO）-3'（34c）（SO 2对应于CH 2 SO2 CH 2代替OP（O）（O -）（O）。在这些中，磷酸二酯键被非离子型双（亚甲基）砜接头取代。一般策略涉及3'，5'-bishomo- β -D-D-脱氧核糖核苷酸类似物的会聚偶联，所述类似物在6'-末端（C H 2 C（5'））作为溴化物或甲磺酸酯以及在C H 2 C（ 3'）位置为硫醇，所得硫醚被氧化为相应的砜。在端子C H 2处引入了单电荷八聚体的C（3'）位置可增加其在水中的溶解度。在合成过程中，很明显，关