β-1',2'-dideoxy-1'-(1-pyrenyl)-ribose | 180420-86-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芘
• 英文名称: β-1',2'-dideoxy-1'-(1-pyrenyl)-ribose
• 英文别名: (2R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(pyren-1yl)tetrahydrofuran-3-ol；(1R)-1,4-Anhydro-2-deoxy-1-C-1-pyrenyl-D-erythro-pentitol；(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-pyren-1-yloxolan-3-ol
• CAS: 180420-86-4
• 化学式: C₂₁H₁₈O₃
• 分子量: 318.372
• InChiKey: XXMBUGANTFASCS-IPMKNSEASA-N

物化性质

• 沸点：
  592.6±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.372±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.2
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  49.7
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  β-1',2'-dideoxy-1'-(1-pyrenyl)-ribose 在 吡啶 、 四氮唑 、 4-二甲氨基吡啶 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 生成 (2R,35R)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-5-(pyren-1-yl)tetrahydrofuran-3-yl(2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  Local disruption of DNA-base stacking by bulky base surrogates

  摘要：

  一种新型的联苯基替代物在保持双链完整性的同时，破坏了2-氨基嘌呤碱基叠加。

  DOI：

  10.1039/b110842e
• 作为产物：
  描述：

  1-溴芘 在 硫酸 、 水 、 碘 、 sodium methylate 、 magnesium 、 苯磺酸 、 cadmium(II) chloride 作用下， 以 甲醇 、 甲苯 为溶剂， 反应 15.0h， 生成 β-1',2'-dideoxy-1'-(1-pyrenyl)-ribose
  参考文献：
  名称：

  萘、菲和芘作为 DNA 碱基类似物：DNA 中的合成、结构和荧光

  摘要：

  我们描述了携带多环芳烃的脱氧核糖核苷的合成、结构和 DNA 掺入作为 DNA“基础”类似物。新的多环化合物是 1-萘基、2-萘基、9-菲基和 1-芘基脱氧核苷。这些化合物是使用最近开发的 C-糖苷键形成方法合成的，该方法涉及芳香族化合物的有机镉衍生物与 1α-氯代脱氧核糖前体偶联。这种偶联的主要产物是脱氧核糖苷的 α-端基异构体。还开发了一种通过酸催化平衡将 α-端基异构体差向异构化为 β-端基异构体的有效方法；这种异构化成功地对四个多环核苷以及两个取代的苯基核苷进行。异头取代的几何形状源自 (1)H NOE 实验，并且还与一种 α-异构体的单晶 X 射线结构相关。三种多环 C-核苷衍生物通过其亚磷酰胺衍生物整合到 DNA 寡核苷酸中；芘基和菲基衍生物在 DNA 序列中显示出荧光。结果 (1) 拓宽了我们的 C-糖苷偶联反应的范围，(2) 证明（使用新的酸催化差向异构化）α-和 β-异头物

  DOI：

  10.1021/ja9612763

文献信息

• [EN] CYCLIC DI-NUCLEOTIDE COMPOUNDS AND METHODS OF USE<br/>[FR] COMPOSÉS DI-NUCLÉOTIDES CYCLIQUES ET LEURS PROCÉDÉS D'UTILISATION
  申请人：IMMUNE SENSOR LLC

  公开号：WO2017161349A1

  公开（公告）日：2017-09-21

  Disclosed are cyclic-di-nucleotide cGAMP analogs, methods of synthesizing the compounds, pharmaceutical compositions comprising the compounds thereof, and use of compounds and compositions in medical therapy.

  揭示了环二核苷酸cGAMP类似物，合成这些化合物的方法，包括这些化合物的药物组合物，以及在医学治疗中使用这些化合物和组合物的用途。
• Concise synthesis of aryl-C-nucleosides by Friedel–Crafts alkylation
  作者：Sven Hainke、Sebastian Arndt、Oliver Seitz

  DOI：10.1039/b509846g

  日期：——

  A fast and simplified synthesis of 1′,2′-dideoxy-1′-pyrenyl-riboside and several other C-nucleosides is shown. Shelf-stable 1-O-methyl-3,5-di-O-toluoyl-2-deoxyribose is demonstrated to serve as a versatile glycosyl donor in Lewis acid promoted Friedel–Crafts alkylations of unsubstituted pyrene and other inexpensive arenes such as fluorene and methylnaphthalene. The reaction conditions favour the formation of β-configurated C-nucleosides which renders additional epimerisation steps unnecessary. As a result, protected β-aryl-C-nucleosides are available directly from non-substituted arenes in three steps overall.

  展示了一种快速简化的1′,2′-二脱氧-1′-芘基核苷和几种其他C-核苷的合成方法。实验证明，货架稳定的1-O-甲基-3,5-二-O-甲苯酰-2-脱氧核糖可以作为在路易斯酸促进下未取代芘和其他廉价芳烃（如芴和甲基萘）的傅-克烷基化反应中的多功能糖基供体。反应条件有利于形成β构型的C-核苷，从而不需要额外的差向异构化步骤。因此，保护的β-芳基C-核苷可以从非取代的芳烃在总共三步反应中直接获得。
• Templated chemistry for monitoring damage and repair directly in duplex DNA
  作者：Seoung Ho Lee、Shenliang Wang、Eric T. Kool

  DOI：10.1039/c2cc34060g

  日期：——

  We report the fluorogenic detection of the product of base excision repair (an abasic site) in a specific sequence of duplex DNA. This is achieved by DNA-templated chemistry, employing triple helix-forming probes that contain unnatural nucleobases designed to selectively recognize the site of a missing base. Light-up signals of up to 36-fold were documented, and probes could be used to monitor enzymatic removal of a damaged base.

  我们报告了在双链DNA特定序列中对碱基切除修复产物（一个去碱基位点）的荧光检测。这是通过DNA模板化化学实现的，采用了含有非天然核苷碱基的三重螺旋形成探针，旨在选择性识别缺失碱基的位置。记录到的荧光信号增强高达36倍，并且探针可以用于监测损伤碱基的酶促去除。
• An Excimer Clamp for Measuring Damaged‐Base Excision by the DNA Repair Enzyme NTH1
  作者：Yong Woong Jun、David L. Wilson、Anna M. Kietrys、Elizabeth R. Lotsof、Savannah G. Conlon、Sheila S. David、Eric T. Kool

  DOI：10.1002/anie.202001516

  日期：2020.5.4

  detection of damaged DNA base excision activity by a ratiometric fluorescence change. This strategy utilizes glycosylase-induced excimer formation of pyrenes, and modified DNA probes, incorporating two pyrene deoxynucleotides and a damaged base, enable the direct, real-time detection of NTH1 activity in vitro and in cellular lysates. The probe design was also applied in screening for potential NTH1 inhibitors

  直接测量 DNA 修复酶活性对于细胞修复途径的基础研究及其相关疾病的潜在新转化应用都很重要。NTH1 是一种针对氧化嘧啶的主要糖基化酶，可防止这种损伤引起的突变，并且 NTH1 活性的调节对于抵抗氧化应激和抑制肿瘤形成很重要。在此，我们描述了一种通过比率荧光变化直接检测受损 DNA 碱基切除活性的新型分子策略。该策略利用糖基化酶诱导芘的准分子形成和修饰的 DNA 探针，结合两个芘脱氧核苷酸和一个受损的碱基，能够在体外和细胞裂解物中直接、实时检测 NTH1 活性。
• Synthesis of <i>C</i>-Aryl-Nucleosides and <i>O</i>-Aryl-Glycosides via Cuprate Glycosylation
  作者：Sven Hainke、Ishwar Singh、Jennifer Hemmings、Oliver Seitz

  DOI：10.1021/jo7016185

  日期：2007.11.1

  useful in many cases, these methods often have drawbacks such as low yields or low economic efficiency. The necessity for intensive optimization of the reaction conditions and/or the use of hazardous and toxic reagents can render C-glycosylation reactions cumbersome. Herein we describe a robust and highly efficient C-glycosylation method. It is shown that aryl cuprates of the Normant-type reliably react

  2'-脱氧Ç在研究DNA-DNA和DNA-蛋白质相互作用，如非天然DNA碱基对-芳基的核苷已经发现越来越重要，并且如基于寡核苷酸的荧光基团。通过几种糖基化方法提供了获得所需的C-芳基-核苷的途径。尽管这些方法在许多情况下有用，但它们通常具有诸如产量低或经济效率低的缺点。强烈优化反应条件和/或使用危险和有毒试剂的必要性会使C-糖基化反应繁琐。在本文中，我们描述了鲁棒且高效的C-糖基化方法。结果表明，诺曼型的芳基铜酸盐可以与霍夫的氯糖可靠地反应，从而释放出C。-芳基-核苷的产率高达93％。该方法可以代替先前采用的与有机镉或-锌物质的偶联。据报道，对于吉尔曼型芳基铜酸盐的C-糖基化有奇特的反应性，这需要对芳烃的具体优化。有趣的是，发现吉尔曼铜酸盐的糖基化不仅提供了对C-芳基-核苷的访问，而且还提供了对O-芳基-糖苷的访问。在氧气存在下，吉尔曼铜酸盐与Hoffer的氯糖1的反应以高达87％的收率提