(1R*,5S*)-5-(3,7-dioxo-2,4,6,8-tetraazabicyclo[3.3.0]oct-2-yl)pentanoic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: (1R*,5S*)-5-(3,7-dioxo-2,4,6,8-tetraazabicyclo[3.3.0]oct-2-yl)pentanoic acid
• 英文别名: 5-(3,7-dioxo-2,4,6,8-tetraazabicyclo[3.3.0]oct-2-yl)pentanoic acid；5-[(3aR,6aS)-2,5-dioxo-3,3a,6,6a-tetrahydro-1H-imidazo[4,5-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid
• 化学式: C₉H₁₄N₄O₄
• 分子量: 242.235
• InChiKey: KUASRAHYLOZAIK-NKWVEPMBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  5-氨基颉草酸 以 水 为溶剂， 生成 (1R*,5S*)-5-(3,7-dioxo-2,4,6,8-tetraazabicyclo[3.3.0]oct-2-yl)pentanoic acid
  参考文献：
  名称：

  Avidin and streptavidin ligands based on the glycoluril bicyclic system

  摘要：

  我们合成了带有羧酸侧链的甘氨酰脲衍生物，并证明它们能与阿维蛋白和链霉亲和素结合。只有当戊酸基团与 N 原子结合并具有适当的立体化学结构[(+)-对映体]时，在甘氨酰脲中引入戊酸侧链才会增加与这两种蛋白质的结合力。另一方面，与未取代的甘草利相比，在桥头碳或具有相反立体化学结构的 N 原子上引入戊酸侧链[（-）-对映体]会导致结合常数下降。将每种蛋白质与外消旋配体进行直接分光光度竞争滴定，可以测量配体与蛋白质复配的对映体选择性以及两种对映体的结合常数。就 N-取代的甘氨酰脲而言，侧链延伸一个亚甲基（从戊酸酯到己酸酯）后，与两种蛋白质的结合常数都增加了。为了预测这些配体与链霉亲和素的结合模式，我们使用 AutoDock 3.05 进行了对接研究。根据预测的结合模式，讨论了立体化学和侧链位置对链霉亲和素结合常数的影响。

  DOI：

  10.1039/b605081f

文献信息

• ——
  作者：A. N. Kravchenko、E. Yu. Maksareva、P. A. Belyakov、A. S. Sigachev、K. Yu. Chegaev、K. A. Lyssenko、O. V. Lebedev、N. N. Makhova

  DOI：10.1023/a:1022473004714

  日期：——

  New (1R(*),5S(*))-2-R-2,4,6,8-tetraazabicyclo[3.3.0]octane-3.7-diones containing the terminal carboxy or hydroxy group in the substituent R were synthesized by cyclocondensation of 4,5-dihydroxyimidazolidin-2-one with 1-R-ureas. Single-crystal X-ray diffraction analysis showed that 2-carboxyethyl-2,4,6,8-tetraazabicyclo[3.3.0] octane-3,7-dione crystallizes as a racemate.