(2S)-4-[[(3aR,4R,6S,6aS)-4-(6-benzamidopurin-9-yl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methylsulfanyl]-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)butanoic acid | 840476-09-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: (2S)-4-[[(3aR,4R,6S,6aS)-4-(6-benzamidopurin-9-yl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methylsulfanyl]-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)butanoic acid
• CAS: 840476-09-7
• 化学式: C₃₉H₃₈N₆O₈S
• 分子量: 750.832
• InChiKey: KUMCRVPCICZMAZ-NPEKYJGLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  54
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  201
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2S)-4-[[(3aR,4R,6S,6aS)-4-(6-benzamidopurin-9-yl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methylsulfanyl]-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)butanoic acid 、 N-羟基丁二酰亚胺 在 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以72%的产率得到(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) (2S)-4-[[(3aR,4R,6S,6aS)-4-(6-benzamidopurin-9-yl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methylsulfanyl]-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)butanoate
  参考文献：
  名称：

  辅助因子与DNA甲基转移酶结合的决定因素：S-腺苷同型半胱氨酸系统变异系列的系统见解。

  摘要：

  S-腺苷甲硫氨酸（AdoMet）是一种常用的辅因子，在其参与的各种反应中仅次于ATP。它是大多数甲基转移反应中的甲基供体，包括DNA，RNA，蛋白质和小分子的甲基化。几乎所有结构特征化的甲基转移酶都具有保守的AdoMet依赖性甲基转移酶折叠，其中AdoMet以相同的方向结合。虽然辅助因子和甲基转移酶之间的潜在相互作用已从晶体结构中推断出来，但尚未系统地研究每个官能团对结合的贡献。为了探索结合相互作用，我们合成了甲基转移酶抑制剂S-腺苷同型半胱氨酸（AdoHcy）的一系列七个类似物，每个类似物包含一个修饰，并测试了它们抑制HhaI和HaeIII DNA甲基转移酶甲基化的能力。Ki值的比较突出了辅因子结合的结构决定因素，并指出了哪些核苷和氨基酸官能团对AdoMet结合起了重要作用。对AdoHyc与甲基转移酶结合的理解将大大有助于AdoMet抑制剂的设计。

  DOI：

  10.1039/b415446k
• 作为产物：
  描述：

  N6-苯甲酰基-2',3'-O-异丙亚基腺苷 在 吡啶 、 氨 、 sodium 、 sodium carbonate 、 sodium iodide 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 丙酮 为溶剂， 反应 2.75h， 生成 (2S)-4-[[(3aR,4R,6S,6aS)-4-(6-benzamidopurin-9-yl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methylsulfanyl]-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)butanoic acid
  参考文献：
  名称：

  辅助因子与DNA甲基转移酶结合的决定因素：S-腺苷同型半胱氨酸系统变异系列的系统见解。

  摘要：

  S-腺苷甲硫氨酸（AdoMet）是一种常用的辅因子，在其参与的各种反应中仅次于ATP。它是大多数甲基转移反应中的甲基供体，包括DNA，RNA，蛋白质和小分子的甲基化。几乎所有结构特征化的甲基转移酶都具有保守的AdoMet依赖性甲基转移酶折叠，其中AdoMet以相同的方向结合。虽然辅助因子和甲基转移酶之间的潜在相互作用已从晶体结构中推断出来，但尚未系统地研究每个官能团对结合的贡献。为了探索结合相互作用，我们合成了甲基转移酶抑制剂S-腺苷同型半胱氨酸（AdoHcy）的一系列七个类似物，每个类似物包含一个修饰，并测试了它们抑制HhaI和HaeIII DNA甲基转移酶甲基化的能力。Ki值的比较突出了辅因子结合的结构决定因素，并指出了哪些核苷和氨基酸官能团对AdoMet结合起了重要作用。对AdoHyc与甲基转移酶结合的理解将大大有助于AdoMet抑制剂的设计。

  DOI：

  10.1039/b415446k

文献信息

• Determinants of cofactor binding to DNA methyltransferases: insights from a systematic series of structural variants of S-adenosylhomocysteine
  作者：Helen M. Cohen、Andrew D. Griffiths、Dan S. Tawfik、David Loakes

  DOI：10.1039/b415446k

  日期：——

  tested them for the ability to inhibit methylation by HhaI and HaeIII DNA methyltransferase. Comparison of the Ki values highlights the structural determinants for cofactor binding, and indicates which nucleoside and amino acid functional groups contribute significantly to AdoMet binding. An understanding of the binding of AdoHyc to methyltransferases will greatly assist the design of AdoMet inhibitors

  S-腺苷甲硫氨酸（AdoMet）是一种常用的辅因子，在其参与的各种反应中仅次于ATP。它是大多数甲基转移反应中的甲基供体，包括DNA，RNA，蛋白质和小分子的甲基化。几乎所有结构特征化的甲基转移酶都具有保守的AdoMet依赖性甲基转移酶折叠，其中AdoMet以相同的方向结合。虽然辅助因子和甲基转移酶之间的潜在相互作用已从晶体结构中推断出来，但尚未系统地研究每个官能团对结合的贡献。为了探索结合相互作用，我们合成了甲基转移酶抑制剂S-腺苷同型半胱氨酸（AdoHcy）的一系列七个类似物，每个类似物包含一个修饰，并测试了它们抑制HhaI和HaeIII DNA甲基转移酶甲基化的能力。Ki值的比较突出了辅因子结合的结构决定因素，并指出了哪些核苷和氨基酸官能团对AdoMet结合起了重要作用。对AdoHyc与甲基转移酶结合的理解将大大有助于AdoMet抑制剂的设计。