N-(9-[(2R,6S)-6-(羟基甲基)-4-三苯甲基吗啉-2-基]-嘌呤-6-基)苯甲酰胺 | 956139-16-5

• 物质功能分类: 化学试剂 - 有机试剂 - 酰胺
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: N-(9-[(2R,6S)-6-(羟基甲基)-4-三苯甲基吗啉-2-基]-嘌呤-6-基)苯甲酰胺
• 英文名称: N-benzoyl-7-hydroxy-N-trityl morpholinoadenosine
• 英文别名: (2′R,6′S)-N⁶-benzoyl-9-[6′-(hydroxymethyl)-N-tritylmorpholin-2′-yl]adenine；N-(9-((2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-9H-purin-6-yl)benzamide；N-[9-[(2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 956139-16-5
• 化学式: C₃₆H₃₂N₆O₃
• 分子量: 596.688
• InChiKey: XFQQPEYYQOKYTE-IOWSJCHKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.6
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.17
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(9-[(2R,6S)-6-(羟基甲基)-4-三苯甲基吗啉-2-基]-嘌呤-6-基)苯甲酰胺 在 咪唑 、 碘 、 三苯基膦 作用下， 以 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 5.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  ADP和吗啉核苷作为新型PARP-1，PARP-2和PARP-3抑制剂的缀合物的设计，合成和分子建模研究

  摘要：

  我们报告了腺苷二磷酸（ADP）和吗啉代核苷作为聚（ADP-核糖）聚合酶-1、2和3的潜在选择性抑制剂的共轭物的设计，合成和分子建模研究。16种含天然杂环碱基的二核苷焦磷酸盐烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD +）分子以5卤代嘧啶为主要成分，并模仿这些酶的主要底物，已高收率地合成。吗啉代核苷已通过磷酸酯或磷酰胺键连接到ADP的β-磷酸酯上。筛选这些衍生物对PARP-1和PARP-2的自聚聚（ADP-核糖基）的抑制特性表明，其作用取决于核碱基的类型以及ADP和吗啉代核苷之间的键合。已证明在NAD +模拟物中尿嘧啶的5碘化和P–N键的引入增加了抑制作用。结构模型表明，由于分子内氢键的形成，PN键可以使焦磷酸酯基团稳定在活性构象中。针对PARP-1的活性最高的NAD +类似物包含5-碘尿嘧啶2′-氨基甲基吗啉代核苷，IC50为126±6μM，而在PARP-2的情况下，它是腺嘌呤2′-氨基甲基吗啉代核苷（

  DOI：

  10.3390/ijms21010214
• 作为产物：
  描述：

  7-O-(tert-butyldiphenylsilyl)morpholinoadenosine 在 四丁基氟化铵 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 20.5h， 生成 N-(9-[(2R,6S)-6-(羟基甲基)-4-三苯甲基吗啉-2-基]-嘌呤-6-基)苯甲酰胺
  参考文献：
  名称：

  由未保护的核糖核苷合成柔性保护的吗啉代单体的改进方案。

  摘要：

  已经开发了一种廉价且大大改进的方案，使用氧化乙二醇裂解和还原胺化策略从未保护的核糖核苷以高总收率合成受保护的吗啉代单体。与先前的方法不同，本策略允许在稍后的阶段安装环外胺保护剂，从而避免使用昂贵的或市售的环外胺保护的核糖核苷作为起始原料。为了证明本发明方法在选择保护基上的灵活性，已在环外胺位置用几个具有不同解嵌段性质的此类基团保护了单体。

  DOI：

  10.1080/15257770.2012.724491

文献信息

• MORPHOLINO-BASED ANTISENSE AGENT
  申请人：Sinha Surajit

  公开号：US20120296087A1

  公开（公告）日：2012-11-22

  Morpholino-based oligomers suitable as antisense agent comprising modifications of phosphorodiamidate backbone or modification with 5-substituted pyrimidines of morpholino compound that is soluble in culture medium and sufficient for cell penetration thereby eliminating the need for injecting into the cells. Monomers comprising the said oligomers and its method of manufacture, method of manufacture of the said oligomers and its dye, flurophore, drug, biomolecule conjugate wherein the said oligomers find different end use but not limited to regulation of gene expression, tissue culture with improved transfection efficiency and related studies on cellular transfection.

  基于Morpholino的寡聚体适用作为反义物质，包括对磷酸二胺酰基骨架的修饰或对Morpholino化合物进行5-取代嘧啶的修饰，该化合物在培养基中溶解并足以渗透细胞，从而消除了注射到细胞中的需要。包括上述寡聚体的单体及其制造方法，上述寡聚体及其染料、荧光素、药物、生物分子共轭物的制造方法，其中上述寡聚体具有不同的最终用途，但不限于调控基因表达，具有改善转染效率的组织培养以及有关细胞转染的相关研究。
• Bicyclic Caged Morpholino Oligonucleotides for Optical Gene Silencing**
  作者：Sankha Pattanayak、Bhagyesh R. Sarode、Alexander Deiters、James K. Chen

  DOI：10.1002/cbic.202200374

  日期：2022.11.4

  Caged morpholino oligonucleotides allow light-dependent gene silencing in whole organisms. In this study, a new type of caged morpholino with a bicyclic geometry was developed. Ultraviolet light linearizes the bicyclic structure through self-immolative linker cleavage, leading to targeted RNA silencing in zebrafish embryos.

  笼状吗啉代寡核苷酸可以在整个生物体中实现光依赖性基因沉默。在这项研究中，开发了一种具有双环几何形状的新型笼状吗啉。紫外线通过自毁接头裂解使双环结构线性化，从而导致斑马鱼胚胎中的靶向 RNA 沉默。
• Synthesis and Biophysical Properties of Triazole-Incorporated PMOs (TzPMOs): A Convergent, Click Ligation Approach
  作者：Arpan Banerjee、Arnab Das、Atanu Ghosh、Abhishek Gupta、Surajit Sinha

  DOI：10.1021/acs.joc.3c02242

  日期：2024.3.1

  The synthesis of phosphorodiamidate morpholino oligonucleotides (PMOs) incorporating single or double triazole rings in the backbone has been achieved via Cu(I)-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC). The synthetic approach implemented is fundamentally convergent, involving the ligation of a 5′-azide PMO fragment to a 3′-alkyne fragment both in solution and on solid support. To access the 3′-alkyne

  通过 Cu(I) 催化的叠氮化物-炔环加成 (CuAAC) 合成了主链中包含单或双三唑环的磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸 (PMO)。所实施的合成方法基本上是收敛的，涉及在溶液中和固体支持物上将 5'-叠氮 PMO 片段与 3'-炔片段连接。为了获得 3'-炔 PMO 片段，我们合成了所有四种核碱基的 3'- N-炔丙基氯代氨基磷酸酯吗啉代单体。与常规类似物相比，所得的三唑掺入的 PMO (TzPMO) 对互补脱氧核糖核酸 (DNA)/核糖核酸 (RNA) 链表现出相当或改进的结合亲和力。最后，设计了一个全长 TzPMO 来靶向 Nanog 基因，与常规版本相比，表现出几乎相同的杂交特性。圆二色性研究揭示了 TzPMO 形成的双链体具有 B 型螺旋构象。
• ANTISENSE NUCLEIC ACID
  申请人：Nippon Shinyaku Co., Ltd.

  公开号：EP2799548A1

  公开（公告）日：2014-11-05

  The present invention provides a pharmaceutical agent which causes skipping of the 55th, 45th, 50th or 44th exon in the human dystrophin gene with a high efficiency. The present invention provides an oligomer which efficiently enables to cause skipping of the 55th, 45th, 50th or 44th exon in the human dystrophin gene.

  本发明提供了一种药物制剂，它能高效地引起人类肌营养不良症基因第 55、45、50 或 44 外显子的跳过。 本发明提供了一种低聚物，它能有效地导致人类肌营养不良症基因中第 55、45、50 或 44 个外显子的跳过。
• Antisense nucleic acids
  申请人：NIPPON SHINYAKU CO., LTD.

  公开号：US10144931B2

  公开（公告）日：2018-12-04

  The present invention provides an oligomer which allows exon 45 skipping in the human dystrophin gene.

  本发明提供了一种可跳过人类肌营养不良蛋白基因第 45 号外显子的寡聚物。