2',5'-di-O-methyluridine | 667934-39-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2',5'-di-O-methyluridine
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-3-methoxy-5-(methoxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 667934-39-6
• 化学式: C₁₁H₁₆N₂O₆
• 分子量: 272.258
• InChiKey: IIJMXENISCPHRX-PEBGCTIMSA-N

物化性质

• 密度：
  1.40±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.5
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2',5'-di-O-methyluridine 在 四氮唑 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 96.0h， 生成 Dimethyl-phosphoramidous acid bis-[(2R,3R,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-methoxy-2-methoxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl] ester
  参考文献：
  名称：

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯，糖O-烷基化三核苷3'，3'，5的水解'-单磷酸盐：对大核酶机制的影响。

  摘要：

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯（1）的水解反应，糖O-烷基化三核苷3'， 3'，5'-单磷酸酯，随后在宽pH范围内进行RP HPLC分析。在中性和弱酸性条件下，观察到的唯一反应是5'-连接核苷的O-C5'键的pH依赖性裂解。在更碱性的条件下，氢氧根离子的亲核攻击开始竞争。该反应是一级反应中[OH - ]，且在pH 10。每个3'-连接的核苷的主要被移位的2.9倍那样容易作为5'-连接的一个。为了确定β LG1的氢氧根离子催化水解的值，具有2'，3'- O-亚甲基腺苷（7）和2'，5'- di - O-甲基尿苷（4）的两个二酯（2a，b）被水解在碱性条件下。由于β LG用于此反应的值是已知的，Δ p ķ一个之间4和7可以计算。的β LG为水解1使用此信息，估计为-0.5。讨论了大核酶的部分反应机理和离去基团性质在核酶反应中的作用。

  DOI：

  10.1021/jo035094k
• 作为产物：
  描述：

  magnesium methanolate 、 5'-O-methyl-2,2'-anhydro-1-β-D-arabinofuranosyluracil 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以89%的产率得到2',5'-di-O-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯，糖O-烷基化三核苷3'，3'，5的水解'-单磷酸盐：对大核酶机制的影响。

  摘要：

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯（1）的水解反应，糖O-烷基化三核苷3'， 3'，5'-单磷酸酯，随后在宽pH范围内进行RP HPLC分析。在中性和弱酸性条件下，观察到的唯一反应是5'-连接核苷的O-C5'键的pH依赖性裂解。在更碱性的条件下，氢氧根离子的亲核攻击开始竞争。该反应是一级反应中[OH - ]，且在pH 10。每个3'-连接的核苷的主要被移位的2.9倍那样容易作为5'-连接的一个。为了确定β LG1的氢氧根离子催化水解的值，具有2'，3'- O-亚甲基腺苷（7）和2'，5'- di - O-甲基尿苷（4）的两个二酯（2a，b）被水解在碱性条件下。由于β LG用于此反应的值是已知的，Δ p ķ一个之间4和7可以计算。的β LG为水解1使用此信息，估计为-0.5。讨论了大核酶的部分反应机理和离去基团性质在核酶反应中的作用。

  DOI：

  10.1021/jo035094k

文献信息

• SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA) MOLECULES CONTAINING A 2' INTERNUCLEOSIDE LINKAGE
  申请人：Chang Wonsuk

  公开号：US20160068837A1

  公开（公告）日：2016-03-10

  The present invention relates to RNAi molecules, and compositions thereof, comprising a 2′ internucleoside linkage connecting the nucleotide at position 1 and the nucleotide at position 2 at the 5′ end of the antisense strand. Specifically, the invention relates to single- and double-stranded short interfering nucleic acid (siNA) molecules that are capable of mediating RNA interference comprising 5′ modified nucleotides that comprise, among other potential modifications, a 2′ internucleoside linkage. The invention further relates to 5′ modified nucleotides used as reagents to generate the RNAi molecules of the invention and methods of using the disclosed RNAi molecules.

  本发明涉及RNAi分子及其组成物，包括连接在反义链5'端的位置1核苷酸和位置2核苷酸之间的2'间核苷酸连接。具体而言，本发明涉及能够介导RNA干扰的单链和双链短干扰核酸（siNA）分子，其包含5'修饰核苷酸，其中包括2'间核苷酸连接等其他潜在修饰。本发明还涉及用作试剂的5'修饰核苷酸，用于生成本发明的RNAi分子以及使用所述RNAi分子的方法。
• Hydrolytic stability of 2′,3′-O-methyleneadenos-5′-yl 2′,5′-di-O-methylurid-3′-yl 5′-O-methylurid-3′(2′)-yl phosphate: implications to feasibility of existence of phosphate-branched RNA under physiological conditions
  作者：Tuomas Lönnberg、Johanna Kiiski、Satu Mikkola

  DOI：10.1039/b500054h

  日期：——

  b) have been followed by RP-HPLC over a wide pH range to evaluate the feasibility of occurrence of phosphate-branched RNA under physiological conditions. At pH <2, where the decomposition of is first order in [H3O+], the P-O5' bond is cleaved 1.5 times as rapidly as the P-O3' bond. Under these conditions, the reaction probably proceeds by an attack of the 2'-OH on the phosphotriester monocation. Over

  2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基2'，5'-二-O-甲基缩醛-3'-基5'-O-甲基缩醛-3'（2'）-磷酸酯的水解反应（ 1a，b）之后是在宽pH范围内进行RP-HPLC，以评估在生理条件下发生磷酸盐分支的RNA的可行性。在pH <2时，在[H3O +]中一级分解，P-O5'键的断裂速度是P-O3'键的1.5倍。在这些条件下，该反应可能是由于2'-OH对磷酸三酯单阳离子的攻击而进行的。在从pH 2到5的相对较宽的范围内，水解是pH无关的，是指攻击的2'-OH快速初始去质子化，然后由普通酸催化离去的核苷离去。P-O5'键的断裂速度是P-O3'的3倍 键。在pH 6时，反应在[HO-]中变为一级，这与2'-氧阴离子对中性磷酸酯的攻击一致。产物的分布逐渐相反：在10 mmol L（-1）氢氧化钠水溶液中，P-O3'键的裂解比P-O5'的裂解作用高7.3倍。本研究的结果表明，在生理条件下裂解的半衰期仅为100
• Thio Effects on the Departure of the 3′-Linked Ribonucleoside from Diribonucleoside 3′,3′-Phosphorodithioate Diesters and Triribonucleoside 3′,3′,5′-Phosphoromonothioate Triesters: Implications for Ribozyme Catalysis
  作者：Tuomas Lönnberg、Mikko Ora、Sami Virtanen、Harri Lönnberg

  DOI：10.1002/chem.200601835

  日期：2007.5.25

  mixture of 3',3'- and 3',5'-diesters, and isomerized to 2',3',5'- and 2',2',5'-triesters. With phosphorodithioate diesters 2 a,b, hydroxide-ion-catalyzed cleavage of the P--O3' bond is the only reaction detected at pH >6, but under more acidic conditions desulfurization starts to compete with the cleavage. The 3',3'-diesters do not undergo isomerization. The hydroxide-ion-catalyzed cleavage reaction

  为机械解释大核酶的硫效应提供坚实的化学基础，已研究了三核糖核苷3'，3'，5'-单硫代磷酸三酯和二核糖核苷3'，3'-二硫代磷酸二酯的裂解。为阐明离去的3'-连接核苷的相邻羟基的作用，水解2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基双[5'-O-甲基尿素-3'-基]磷酸一硫代磷酸酯（将1a）与水解2'，3'-O-亚甲基腺苷-5'-基5'-O-甲基尿素-3'-基2'，5'-二-O-甲基尿素-3'-进行了比较磷酸一硫代磷酸酯（1 b）和双[uridin-3'-yl]二硫代磷酸酯（2 a）水解为uridin-3'-yl 2'，5'-di-O-methyluridin-3'的水解 二硫代磷酸正酯（2 b）。在宽pH范围内通过RP HPLC跟踪反应。单硫代磷酸酯三酯1a，b经历两个竞争反应：将起始原料裂解为3'，3'-和3'，5'-二酯的混合物，并异构化为2'，3'，5'-和2 '，2'，5'-三酸酯。对于二硫代磷酸二酯2a，b，在pH>
• Systemic delivery of myostatin short interfering nucleic acids (siNA) conjugated to a lipophilic moiety
  申请人：SIRNA THERAPEUTICS, INC.

  公开号：US10004814B2

  公开（公告）日：2018-06-26

  The present invention provides methods comprising the in vivo delivery of small nucleic acid molecules capable of mediating RNA interference and reducing the expression of myostatin, wherein the small nucleic acid molecules are introduced to a subject by systemic administration. Specifically, the invention relates to methods comprising the in vivo delivery of short interfering nucleic acid (siNA) molecules that target a myostatin gene expressed by a subject, wherein the siNA molecule is conjugated to a lipophilic moiety, such as cholesterol. The myostatin siNA conjugates that are delivered as per the methods disclosed are useful to modulate the in vivo expression of myostatin, increase muscle mass and/or enhance muscle performance. Use of the disclosed methods is further indicated for treating musculoskeletal diseases or disorders and/or diseases or disorders that result in conditions in which muscle is adversely affected.

  本发明提供的方法包括体内递送能够介导 RNA 干扰并减少肌生长抑素表达的小核酸分子，其中小核酸分子通过全身给药导入受试者。具体而言，本发明涉及的方法包括体内递送靶向受试者表达的肌生长蛋白基因的短干扰核酸（siNA）分子，其中 siNA 分子与亲脂分子（如胆固醇）共轭。按照所公开的方法递送的肌生长抑素 siNA 共轭物可用于调节肌生长抑素的体内表达，增加肌肉质量和/或提高肌肉性能。所公开方法的使用还可用于治疗肌肉骨骼疾病或失调，和/或导致肌肉受到不利影响的疾病或失调。
• Short interfering nucleic acid (siNA) molecules containing a 2′ internucleoside linkage (3dT)
  申请人：SIRNA THERAPEUTICS, INC.

  公开号：US10738308B2

  公开（公告）日：2020-08-11

  The present invention relates to RNAi molecules, and compositions thereof, comprising a 2′ internucleoside linkage connecting the nucleotide at position 1 and the nucleotide at position 2 at the 5′ end of the antisense strand. Specifically, the invention relates to single- and double-stranded short interfering nucleic acid (siNA) molecules that are capable of mediating RNA interference comprising 5′ modified nucleotides that comprise, among other potential modifications, a 2′ internucleoside linkage. The invention further relates to 5′ modified nucleotides used as reagents to generate the RNAi molecules of the invention and methods of using the disclosed RNAi molecules.

  本发明涉及RNAi分子及其组合物，其包含连接反义链5′端的1位核苷酸和2位核苷酸的2′核苷间连接。具体地说，本发明涉及能够介导 RNA 干扰的单链和双链短干扰核酸（siNA）分子，这些分子包含 5′修饰的核苷酸，这些核苷酸除其他可能的修饰外，还包含 2′核苷间连接。本发明进一步涉及用作试剂生成本发明 RNAi 分子的 5′修饰核苷酸以及使用所公开 RNAi 分子的方法。