6-amino-1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-1,5-dihydro-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one | 1227474-09-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡唑并嘧啶类
• 英文名称: 6-amino-1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-1,5-dihydro-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one
• 英文别名: 6-amino-3-[3-[bis(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl]-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one
• CAS: 1227474-09-0
• 化学式: C₁₉H₂₀N₆O₄
• 分子量: 396.406
• InChiKey: HXLWOQZTKHYHCB-RRFJBIMHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.4
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  138
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-amino-1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-1,5-dihydro-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one 、 齐多夫定 在 copper(ll) sulfate pentahydrate 、 sodium ascorbate 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 12.0h， 以54%的产率得到1-[(2R,4S,5S)-4-[4-[[3-[6-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-4-oxo-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl]prop-2-ynyl-[[1-[(2S,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]triazol-4-yl]methyl]amino]methyl]triazol-1-yl]-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  带有末端三键的支链侧链的8-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤DNA的合成和“双击”密度官能化

  摘要：

  由7-碘-8-氮杂-7-脱氮基合成8-氮杂-7-脱氮杂-2'-脱氧鸟苷（7）的7- [二（丙-2-炔基）氨基]丙-1-炔基衍生物（1）。Sonogashira将-2'-deoxyguanosine（7）交叉偶联并转化为亚磷酰胺结构单元10。通过固相合成制备带有带有末端三键的分支侧链的寡核苷酸，该固相合成包含单个或多个残基为1'的2'-脱氧鸟苷替代物。T m测量表明，化合物1对双链体稳定性有积极影响，这与octa-1,7-二酰化非支链核苷2的稳定作用相当。核苷1和相应的寡核苷酸，通过将Cu（I）介导的官能1,3-偶极环加成与不同的配体（AZT“双击”反应3，苄基叠氮4，11-azidoundecanol 5和M-dPEG™ 4 -叠氮化物6）。共轭反应在溶液和固体载体上进行。核苷1允许两个报告基团对单个残基进行“双重”官能化。即使有两个核苷酸1残基，“双击”反应仍可顺利进行被安排在近端位置。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2010.03.086
• 作为产物：
  描述：

  三炔丙基胺 、 6-amino-1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-1,5-dihydro-3-iodo-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 12.0h， 以71%的产率得到6-amino-1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-1,5-dihydro-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one
  参考文献：
  名称：

  带有末端三键的支链侧链的8-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤DNA的合成和“双击”密度官能化

  摘要：

  由7-碘-8-氮杂-7-脱氮基合成8-氮杂-7-脱氮杂-2'-脱氧鸟苷（7）的7- [二（丙-2-炔基）氨基]丙-1-炔基衍生物（1）。Sonogashira将-2'-deoxyguanosine（7）交叉偶联并转化为亚磷酰胺结构单元10。通过固相合成制备带有带有末端三键的分支侧链的寡核苷酸，该固相合成包含单个或多个残基为1'的2'-脱氧鸟苷替代物。T m测量表明，化合物1对双链体稳定性有积极影响，这与octa-1,7-二酰化非支链核苷2的稳定作用相当。核苷1和相应的寡核苷酸，通过将Cu（I）介导的官能1,3-偶极环加成与不同的配体（AZT“双击”反应3，苄基叠氮4，11-azidoundecanol 5和M-dPEG™ 4 -叠氮化物6）。共轭反应在溶液和固体载体上进行。核苷1允许两个报告基团对单个残基进行“双重”官能化。即使有两个核苷酸1残基，“双击”反应仍可顺利进行被安排在近端位置。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2010.03.086

文献信息

• 7-Deazapurine and 8-Aza-7-deazapurine Nucleoside and Oligonucleotide Pyrene “Click” Conjugates: Synthesis, Nucleobase Controlled Fluorescence Quenching, and Duplex Stability
  作者：Sachin A. Ingale、Suresh S. Pujari、Venkata Ramana Sirivolu、Ping Ding、Hai Xiong、Hui Mei、Frank Seela

  DOI：10.1021/jo202103q

  日期：2012.1.6

  7-Deazapurine and 8-aza-7-deazapurine nucleosides related to dA and dG bearing 7-octadiynyl or 7-tripropargylamine side chains as well as corresponding oligonucleotides were synthesized. "Click" conjugation with 1-azidomethyl pyrene (10) resulted in fluorescent derivatives. Octadiynyl conjugates show only monomer fluorescence, while the proximal alignment of pyrene residues in the tripropargylamine derivatives causes excimer emission. 8-Aza-7-deazapurine pyrene 'click" conjugates exhibit fluorescence emission much higher than that of 7-deazapurine derivatives. They are quenched by intramolecular charge transfer between the nucleobase and the dye. Oligonucleotide single strands decorated with two "double clicked" pyrenes show weak or no excimer fluorescence. However, when duplexes carry proximal pyrenes in complementary strands, strong excimer fluorescence is observed. A single replacement of a canonical nucleoside by a pyrene conjugate stabilizes the duplex substantially, most likely by stacking interactions: 6-12 degrees C for duplexes with a modified "adenine" base and 2-6 degrees C for a modified "guanine" base. The favorable photophysical properties of 8-aza-7-deazapurine pyrene conjugates improve the utility of pyrene fluorescence reporters in oligonucleotide sensing as these nucleoside conjugates are not affected by nucleobase induced quenching.