multidimensional approach including predictive chromatography and partial chemical degradation could be a valuable alternative and/or addition to MS/MS. METHODS In the proposed strategy peptides are identified in a three-dimensional (3D) search space consisting of retention time (RT), mass, and reduced mass after one-step partial Edman degradation. The strategy was evaluated in silico for two databases: baker's yeast
蛋白质组学的高通量方法对于在特定条件下鉴定细胞或组织中的蛋白质至关重要。这些方法大多数都需要串联质谱(MS / MS)。包括预测色谱和部分
化学降解在内的多维方法可能是MS / MS的一种有价值的替代方法和/或补充。方法在提出的策略中,在一步保留部分Edman降解后,在保留时间(RT),质量和质量降低的三维(3D)搜索空间中鉴定
多肽。该策略已在计算机上针对两个数据库进行了评估:面包酵母和人类蛋白质。估计准确度的准确率估计为0.001至0.05 Da,RT预测准确度为0.1至5分钟。测量了测试肽的埃德曼反应速率。结果考虑了蛋白
水解肽的3D描述,该蛋白无需使用来自酵母和人蛋白质组的胰
蛋白酶肽的95%和80%的MS / MS即可明确鉴定。还考虑了通过将第二N端
氨基酸残基作为第四维并入而将搜索空间进一步扩展到一个四维的空间,并显示出可导致多达90%的人肽被明确鉴定。结论提议的3D搜索空间可以作为基于MS