N(4)-甲氧基胞苷 | 6082-19-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: N(4)-甲氧基胞苷
• 英文名称: N⁴-methoxycytidine
• 英文别名: N⁴-methoxy-cytidine；N⁴-Methoxycytidin；1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-4-(methoxyamino)pyrimidin-2-one
• CAS: 6082-19-5
• 化学式: C₁₀H₁₅N₃O₆
• 分子量: 273.246
• InChiKey: DKECHCKZSSDTKD-ZOQUXTDFSA-N

物化性质

• 密度：
  1.72±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.7
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  124
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N(4)-甲氧基胞苷 在 水 、 三氯氧磷 作用下， 以 乙酸乙酯 为溶剂， 生成 (2b)
  参考文献：
  名称：

  嘧啶核苷。6.N4-取代的2，2′-脱水核苷的合成和抗癌活性。

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jm00256a010
• 作为产物：
  描述：

  2',3',5'-tris-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine 在 盐酸 、 4-二甲氨基吡啶 、 2,4,6-三异丙基苯磺酰氯 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 45.0h， 生成 N(4)-甲氧基胞苷
  参考文献：
  名称：

  [EN] N4-HYDROXYCYTIDINE AND DERIVATIVES AND ANTI-VIRAL USES RELATED THERETO
  [FR] N4-HYDROXYCYTIDINE, SES DÉRIVÉS ET UTILISATIONS ANTI-VIRALES

  摘要：

  这项披露涉及N4-羟基胞嘧啶衍生物、组合物以及相关方法。在某些实施方式中，该披露涉及治疗和预防病毒感染。

  公开号：

  WO2016106050A1

文献信息

• Molecular recognition in the P2Y14 receptor: Probing the structurally permissive terminal sugar moiety of uridine-5′-diphosphoglucose
  作者：Hyojin Ko、Arijit Das、Rhonda L. Carter、Ingrid P. Fricks、Yixing Zhou、Andrei A. Ivanov、Artem Melman、Bhalchandra V. Joshi、Pavol Kováč、Jan Hajduch、Kenneth L. Kirk、T. Kendall Harden、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1016/j.bmc.2009.05.024

  日期：2009.7

  substitution by chain extension through an amide linkage. Functionalized congeners containing terminal 2-acylaminoethylamides prepared by this strategy retained P2Y14 activity, and molecular modeling predicted close proximity of this chain to the second extracellular loop of the receptor. In addition, replacement of glucose with other sugars did not diminish P2Y14 potency. For example, the [5′′]ribose derivative

  P2Y 14受体是一种核苷酸信号蛋白，由尿苷-5'-二磷酸葡萄糖1和其他尿嘧啶核苷酸激活。我们已经确定1的葡萄糖部分是设计该 P2Y 14激动剂类似物的最结构允许区域。例如，尿苷-5'-二磷酸葡萄糖醛酸的羧酸酯基团被证明适用于通过酰胺键进行链延伸的灵活取代。通过该策略制备的含有末端 2-酰基氨基乙基酰胺的功能化同源物保留了 P2Y 14活性，分子模型预测该链与受体的第二个细胞外环非常接近。此外，用其他糖替代葡萄糖不会降低 P2Y 14效力。例如，[5'']核糖衍生物的EC 50为0.24 μM。的葡萄糖部分的选择性monofluorination指示用于2'角色' -和6'' -的羟基1受体识别。β-葡萄糖苷的效力比天然 α-异构体低两倍，但 1''-氧的亚甲基替代消除了活性。用环戊基或刚性双环 [3.1.0] 己烷基团取代核糖环系统消除了活性。Uridine-5'-diphosphoglucose
• 4-Alkyloxyimino-cytosine nucleotides: tethering approaches to molecular probes for the P2Y6 receptor
  作者：P. Suresh Jayasekara、Matthew O. Barrett、Christopher B. Ball、Kyle A. Brown、Eszter Kozma、Stefano Costanzi、Lucia Squarcialupi、Ramachandran Balasubramanian、Hiroshi Maruoka、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1039/c3md00132f

  日期：——

  4-Alkyloxyimino derivatives of pyrimidine nucleotides display high potency as agonists of certain G protein-coupled P2Y receptors (P2YRs). In an effort to functionalize a P2Y6R agonist for fluorescent labeling, we probed two positions (N4 and γ-phosphate of cytidine derivatives) with various functional groups, including alkynes for click chemistry. Functionalization of extended imino substituents at the 4 position of the pyrimidine nucleobase of CDP preserved P2Y6R potency generally better than γ-phosphoester formation in CTP derivatives. Fluorescent Alexa Fluor 488 conjugate 16 activated the human P2Y6R expressed in 1321N1 human astrocytoma cells with an EC50 of 9 nM, and exhibited high selectivity for this receptor over other uridine nucleotide-activated P2Y receptors. Flow cytometry detected specific labeling with 16 to P2Y6R-expressing but not to wild-type 1321N1 cells. Additionally, confocal microscopy indicated both internalized 16 (t1/2 of 18 min) and surface-bound fluorescence. Known P2Y6R ligands inhibited labeling. Theoretical docking of 16 to a homology model of the P2Y6R predicted electrostatic interactions between the fluorophore and extracellular portion of TM3. Thus, we have identified the N4-benzyloxy group as a structurally permissive site for synthesis of functionalized congeners leading to high affinity molecular probes for studying the P2Y6R.

  4-烷氧亚氨基嘧啶核苷酸衍生物作为某些G蛋白偶联P2Y受体（P2YRs）的激动剂显示出高度效力。为了对P2Y6R激动剂进行荧光标记，我们在两个位置（胞苷衍生物的N4位和γ-磷酸基团）上探查了包括炔烃在内的各种功能团，用于点击化学反应。在CDP的嘧啶核碱4位上进行扩展亚氨基取代，相比于CTP衍生物中的γ-磷酸酯形成，通常更好地保持了P2Y6R的效力。荧光染料Alexa Fluor 488的共轭物16激活了在1321N1人星形胶质瘤细胞中表达的人P2Y6R，其EC50为9 nM，并且对这种受体的选择性远高于其他由尿嘧啶核苷酸激活的P2Y受体。流式细胞术检测到16对表达P2Y6R的细胞有特异性标记，而对野生型1321N1细胞无标记。此外，共聚焦显微镜显示16被内化（半衰期18分钟）并有表面结合的荧光。已知的P2Y6R配体抑制标记。16与P2Y6R的同源模型的理论对接预测了荧光团与TM3的外部部分之间的静电相互作用。因此，我们确定了N4-苄氧基团作为合成功能化类似物的结构容许位点，从而得到用于研究P2Y6R的高亲和力分子探针。
• Structure–Activity Relationship of Purine and Pyrimidine Nucleotides as Ecto-5′-Nucleotidase (CD73) Inhibitors
  作者：Anna Junker、Christian Renn、Clemens Dobelmann、Vigneshwaran Namasivayam、Shanu Jain、Karolina Losenkova、Heikki Irjala、Sierra Duca、Ramachandran Balasubramanian、Saibal Chakraborty、Frederik Börgel、Herbert Zimmermann、Gennady G. Yegutkin、Christa E. Müller、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.9b00164

  日期：2019.4.11

  Cluster of differentiation 73 (CD73) converts adenosine 5'-monophosphate to immunosuppressive adenosine, and its inhibition was proposed as a new strategy for cancer treatment. We synthesized 5'- O-[(phosphonomethyl)phosphonic acid] derivatives of purine and pyrimidine nucleosides, which represent nucleoside diphosphate analogues, and compared their CD73 inhibitory potencies. In the adenine series

  分化簇73（CD73）将5'-单磷酸腺苷转化为免疫抑制腺苷，其抑制作用被提出作为一种新的癌症治疗策略。我们合成了嘌呤和嘧啶核苷的5'-O-[（膦酰基甲基）膦酸]衍生物，它们代表核苷二磷酸类似物，并比较了它们对CD73的抑制作用。在腺嘌呤系列中，大多数核糖修饰和1-deaza和3-deaza都是有害的，但可以容忍7-deaza。耐受尿嘧啶被N3-甲基取代，但不能被较大的基团或2-硫代取代。不容许1，2-二膦酰基-乙基修饰。N4-（芳基）烷氧基-胞嘧啶衍生物，特别是具有庞大的苄氧基取代基的化合物，显示出增强的效力。最有效的抑制剂是5' -5-氟尿苷（4l），N4-苯甲酰基胞苷（7f），N4- [O-（4-苄氧基）]胞苷（9h）和N4- [O的O-[（膦酰基甲基）膦酸]衍生物-（4-萘-2-基甲氧基）]-胞苷（9e）（在人CD73上Ki值为5-10 nM）。在两种尿苷二磷酸激活的P2Y受体亚型上
• [EN] N4-HYDROXYCYTIDINE AND DERIVATIVES AND ANTI-VIRAL USES RELATED THERETO<br/>[FR] N4-HYDROXYCYTIDINE ET DÉRIVÉS ET LEURS UTILISATIONS ANTI-VIRALES
  申请人：UNIV EMORY

  公开号：WO2017156380A1

  公开（公告）日：2017-09-14

  This disclosure relates to certain N4-hydroxycytidine derivatives, compositions, and methods related thereto. In certain embodiments, the disclosure relates to the treatment or prophylaxis of a Zika virus infection.

  这项披露涉及某些N4-羟基胞嘧啶衍生物，相关组合物和方法。在某些实施例中，该披露涉及治疗或预防寨卡病毒感染。
• Pyrimidine nucleotides containing a (S)-methanocarba ring as P2Y₆ receptor agonists
  作者：Kiran S. Toti、Shanu Jain、Antonella Ciancetta、Ramachandran Balasubramanian、Saibal Chakraborty、Ryan Surujdin、Zhen-Dan Shi、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1039/c7md00397h

  日期：——

  modification on the proximal nucleoside that is assumed to bind at the P2Y6R similarly to UDP; (N)-methanocarba was preferred on the distal nucleoside moiety. This suggests that the distal dinucleotide P2Y6R binding site prefers a ribose-like group that can attain a (N) conformation, rather than (S). Dinucleotide binding was modeled by homology modeling, docking and molecular dynamics simulations, which suggested

  UDP激活的P2Y 6受体（P2Y 6 R）的激动剂和拮抗剂已被建议用于治疗，例如癌症，炎症，神经退行性疾病和糖尿病。合成了含有南双环[3.1.0]己烷（（S）-甲氨基甲酸）环系统代替核糖环的尿嘧啶核苷酸，并在钙动员测定中显示为有效的P2Y 6 R激动剂。（S）-甲氨基甲酸酯修饰与嘧啶上的5-碘或4-甲氧基亚氨基相容，但与α，β-亚甲基5'-二磷酸不相容。（S）-Methanocarba二核苷酸效力与假定在P2Y 6结合的近端核苷上的N 4-甲氧基修饰兼容R与UDP类似；在远端核苷部分上优选（N）-甲氨基甲酸酯。这表明远端二核苷酸P2Y 6 R结合位点更喜欢可以达到（N）构象的核糖样基团，而不是（S）。通过同源性建模，对接和分子动力学模拟对二核苷酸结合进行建模，这表明凭经验发现了相同的核糖构象偏好。