1-(5-deoxy-β-D-ribo-hexofuranosyl)uracil | 30685-57-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: 1-(5-deoxy-β-D-ribo-hexofuranosyl)uracil
• 英文别名: 1-(5-deoxy-β-D-ribo-hexofuranosyl)uracyl；5'-homouridine；1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(2-hydroxyethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 30685-57-5
• 化学式: C₁₀H₁₄N₂O₆
• 分子量: 258.231
• InChiKey: YEFZVLAHEVQILL-ZOQUXTDFSA-N

物化性质

• 熔点：
  105-107 °C
• 密度：
  1.591±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.2
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(5-deoxy-β-D-ribo-hexofuranosyl)uracil 在 吡啶 、 三乙基硅烷 、 二氯乙酸 、 重铬酸吡啶 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.5h， 生成
  参考文献：
  名称：

  在选定位置具有酰胺作为尿苷间键的 RNA 类似物的合成和性质

  摘要：

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在

  DOI：

  10.1021/ja0360900
• 作为产物：
  描述：

  [(3aR,5R,6R,6aR)-5-ethenyl-2,2-dimethyl-3a,5,6,6a-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxol-6-yl] benzoate 在 ammonium hydroxide 、 dimethyl sulfide borane 、 硫酸 、 四氯化锡 、 溶剂黄146 作用下， 以 乙醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 40.0h， 生成 1-(5-deoxy-β-D-ribo-hexofuranosyl)uracil
  参考文献：
  名称：

  在选定位置具有酰胺作为尿苷间键的 RNA 类似物的合成和性质

  摘要：

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在

  DOI：

  10.1021/ja0360900

文献信息

• Substrate specificity of<i>E. coli</i>uridine phosphorylase. Further evidences of high-<i>syn</i>conformation of the substrate in uridine phosphorolysis
  作者：C. S. Alexeev、G. G. Sivets、T. N. Safonova、S. N. Mikhailov

  DOI：10.1080/15257770.2016.1223306

  日期：2017.2

  ABSTRACT Twenty five uridine analogues have been tested and compared with uridine with respect to their potency to bind to E. coli uridine phosphorylase. The kinetic constants of the phosphorolysis reaction of uridine derivatives modified at 2′-, 3′- and 5′-positions of the sugar moiety and 2-, 4-, 5- and 6-positions of the heterocyclic base were determined. The absence of the 2′- or 5′-hydroxyl group is

  摘要已经测试了二十五个尿苷类似物，并就其与大肠杆菌尿苷磷酸化酶的结合能力与尿苷进行了比较。确定了在糖部分的2'-，3'-和5'-位以及杂环碱基的2-，4-，5-和6-位上修饰的尿苷衍生物的磷酸分解反应的动力学常数。2'-或5'-羟基的不存在对于成功的结合和磷酸分解不是至关重要的。另一方面，2'-和5'-羟基均不存在导致底物与酶结合的丧失。当不存在3'-羟基时，观察到相同的效果，从而强调了该基团的关键作用。我们的数据阐明了大肠杆菌尿苷磷酸化酶和大肠杆菌对核糖和2'-脱氧核糖核苷的识别机制。大肠杆菌胸苷磷酸化酶。在本研究中获得的动力学结果与可用的X射线结构进行比较，并对酶-底物复合物中的氢键进行分析，结果表明尿苷在尿苷磷酸化酶的活性位点采用了不同寻常的高Syn构象。
• Biomimetic Simulation of Free Radical-Initiated Cascade Reactions Postulated To Occur at the Active Site of Ribonucleotide Reductases¹
  作者：Morris J. Robins、Zhiqiang Guo、Mirna C. Samano、Stanislaw F. Wnuk

  DOI：10.1021/ja983449p

  日期：1999.2.1

  erythrofuranosyl nucleosides. Analogous treatment of 6‘-O-nitro esters of homonucleosides [(5-deoxy-β-d-ribo-hexofuranosyl)adenine or uracil nucleosides derived from d-glucose] resulted in generation of a 6‘-oxygen radical followed by abstraction of H3‘ by a [1,5]-hydrogen shift. Radical quenching with tributyltin deuteride gave 3‘-[2H]homonucleosides. This deuterium transfer, and inversion of configuration at C3‘

  在升高的温度下用三丁基锡烷和 AIBN 处理核苷的 5'-O-硝基酯导致所得 5'-氧自由基的 β-断裂，得到甲醛和脱同系的赤呋喃糖基核苷。同核苷的 6'-O-硝基酯 [（5-脱氧-β-d-核糖-己呋喃糖基）腺嘌呤或来自 d-葡萄糖的尿嘧啶核苷] 的类似处理导致 6'-氧自由基的产生，然后提取H3' 通过 [1,5]-氢位移。用氘化三丁基锡进行自由基淬灭得到 3'-[2H] 同核苷。这种氘转移和 C3' 上未受保护的同核苷的构型反转证实了 C3' 自由基的中继生成。含有 2'-氯 (30) 或 2'-O-甲苯磺酰基 (40) 取代基的同核苷的 6'-O-硝基酯的类似处理导致起始材料完全消失并生成 (R)-2-(2 -羟乙基)-3(2H)-呋喃酮(33)。6'-氧自由基的产生，H3'的[1,5]-氢位移得到C3'自由基......
• Robins, Morris J.; Guo, Zhiqiang; Samano, Mima C., Journal of the American Chemical Society, 1996, vol. 118, # 45, p. 11317 - 11318
  作者：Robins, Morris J.、Guo, Zhiqiang、Samano, Mima C.、Wnuk, Stanislaw F.

  DOI：——

  日期：——
• Mikhailov, Sergei N.; Padyukova, Nelly Sh.; Karpeiskii, Marat Ya., Collection of Czechoslovak Chemical Communications, 1989, vol. 54, # 4, p. 1055 - 1066
  作者：Mikhailov, Sergei N.、Padyukova, Nelly Sh.、Karpeiskii, Marat Ya.、Kolobushkina, Lidiya I.、Beigelman, Leon N.

  DOI：——

  日期：——
• MIKHAILOV, SERGEI N.;PADYUKOVA, NELLY SH.;KARPEISKII, MARAT YA.;KOLOBUSHK+, COLLECT. CZECHOSL. CHEM. COMMUN., 54,(1989) N, C. 1055-1066
  作者：MIKHAILOV, SERGEI N.、PADYUKOVA, NELLY SH.、KARPEISKII, MARAT YA.、KOLOBUSHK+

  DOI：——

  日期：——