[Orn(Boc)^2,2']gramicidin | 41839-95-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: [Orn(Boc)^2,2']gramicidin
• 英文别名: cyclo(^DFPVO^BocL^DFPVO^BocL)；cyclo[Leu-D-Phe-Pro-Val-Orn(Boc)(Boc)-Leu-D-Phe-Pro-Val-Orn(Boc)(Boc)]；tert-butyl N-[3-[(3R,6S,9S,12S,15S,21R,24S,27S,30S,33S)-3,21-dibenzyl-27-[3-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]propyl]-6,24-bis(2-methylpropyl)-2,5,8,11,14,20,23,26,29,32-decaoxo-12,30-di(propan-2-yl)-1,4,7,10,13,19,22,25,28,31-decazatricyclo[31.3.0.015,19]hexatriacontan-9-yl]propyl]carbamate
• CAS: 41839-95-6
• 化学式: C₇₀H₁₀₈N₁₂O₁₄
• 分子量: 1341.7
• InChiKey: LMLZKYLAXOBTBX-RPNYCPPISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.9
• 重原子数：
  96
• 可旋转键数：
  22
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.66
• 拓扑面积：
  350
• 氢给体数：
  10
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [Orn(Boc)^2,2']gramicidin 在 三氟乙酸 作用下， 以 水 为溶剂， 生成 gramicidin S
  参考文献：
  名称：

  [EN] CYCLIC PEPTOID OLIGOMERS, PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS AND METHODS OF USING THE SAME
  [FR] OLIGOMÈRES PEPTOÏDES CYCLIQUES, COMPOSITIONS PHARMACEUTIQUES LES COMPRENANT ET PROCÉDÉS D'UTILISATION ASSOCIÉS

  摘要：

  本发明披露了具有以下I式表示的公式的新型肽类寡聚物：其中R1和n如本文所述。这些肽类表现出抗微生物和抗疟疾活性，可制备为药物组合物，并用于哺乳动物中包括人类的各种条件的预防或治疗，其中涉及微生物或疟疾感染。本发明的环肽类尤其有价值，因为它们的效果快速，广谱，而且对于标准抗生素引起的耐药性大多是无效的。

  公开号：

  WO2014159937A1
• 作为产物：
  描述：

  ^DFPVO^BocL^DFPVO^BocL 在 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 [Orn(Boc)^2,2']gramicidin
  参考文献：
  名称：

  环状抗菌肽的光药理控制

  摘要：

  短杆菌肽S模拟肽在顺式富集和反式富集的光平稳状态之间对金黄色葡萄球菌的最小抑制浓度表现出四倍的差异。这种光药理学方法为“开启”和“关闭”抗菌活性提供了机会，以允许将来潜在的即时护理应用。

  DOI：

  10.1002/cbic.201800618

文献信息

• A Practical Synthesis of Gramicidin S and Sugar Amino Acid Containing Analogues
  作者：Gijsbert M. Grotenbreg、Martijn Kronemeijer、Mattie S. M. Timmer、Farid El Oualid、Renate M. van Well、Martijn Verdoes、Emile Spalburg、Peter A. V. van Hooft、Albert J. de Neeling、Daan Noort、Jacques H. van Boom、Gijsbert A. van der Marel、Herman S. Overkleeft、Mark Overhand

  DOI：10.1021/jo0487449

  日期：2004.11.1

  practical gram-scale and high-yielding synthesis of the antimicrobial peptide gramicidin S is presented. An Fmoc-based solid-phase peptide synthesis protocol is employed for the generation of the linear decapeptide precursor, which is cyclized in solution to afford the target compound. The versatility of our method is demonstrated by the construction of eight gramicidin S analogues (15a−h) having nonproteinogenic

  提出了一种实用的克级和高收率的抗菌肽短杆菌肽S的合成方法。使用基于Fmoc的固相肽合成方案来生成线性十肽前体，将其在溶液中环化以提供目标化合物。我们的方法的通用性是由八个短杆菌肽小号类似物（施工证明15A - ħ具有nonproteinogenic糖的氨基酸残基（）4 - 7）在返回区域并入。
• Development of Therapeutic Gramicidin S Analogues Bearing Plastic β,γ‐Diamino Acids
  作者：Qinkun Guan、Kaisen Chen、Qiang Chen、Jianguo Hu、Keguang Cheng、Chengfei Hu、Jibao Zhu、Yi Jin、Emeric Miclet、Valérie Alezra、Yang Wan

  DOI：10.1002/cmdc.202000097

  日期：2020.6.17

  diastereomers were employed to mimic the β‐turn structure to afford GS analogues GS3 –6 , which exhibit diminished hemolytic activity. A comparative structural study demonstrates that the (βR ,γS )‐DiAA is the most‐stable β‐turn mimic. To further improve the therapeutic index (e. g., high antibacterial activity and low hemolytic activity) and to extend the molecular diversity, GS5 and GS6 were used as structural

  Gramicidin S（GS）是研究最广泛的抗菌肽（AMP）之一，以其强大的抗菌活性而闻名。然而，由于不希望的溶血活性，它仅限于局部应用。为了获得无毒的GS类似物，我们在本文中描述了一种分子方法，其中天然GSβ-turn区被合成的β，γ-二氨基酸（β，γ-DiAAs）取代。四个β，γ-DiAA非对映体采用模仿β转角结构，得到GS类似物GS 3 - 6，其显示出降低的溶血活性。的比较结构研究表明，（β - [R，γ小号）-DiAA是最稳定的β-turn模拟物。为了进一步改善治疗指数（例如，高抗菌活性和低溶血活性）并扩展分子多样性，GS 5和GS 6被用作结构支架以引入另外的疏水或亲水基团。我们表明，GS 6K，GS 6F和GS显示了相当的抗菌活性，并且GS 6K和GS 6F的毒性明显降低。此外，抗菌机制研究表明，GS 6K主要通过破坏膜来杀死细菌。
• Peptoid oligomers, pharmaceutical compositions and methods of using the same
  申请人：New York University

  公开号：US09315548B2

  公开（公告）日：2016-04-19

  Novel peptoid oligomers are disclosed that have a formula represented by the following formula I: The peptoids demonstrate antimicrobial activity and may be prepared as pharmaceutical compositions and used for the prevention or treatment of a variety of conditions in mammals including humans where microbial invasion is involved. The present cyclic and linear peptoids are particularly valuable as their effect is rapid, broad in spectrum and mostly indifferent to resistance provoked by standard antibiotics.

  揭示了具有以下公式I表示的新型肽样寡聚体：这些肽样寡聚体表现出抗菌活性，可制备为药物组合物，并用于预防或治疗包括人类在内的哺乳动物中涉及微生物侵袭的各种疾病。目前的环状和线性肽样寡聚体特别有价值，因为它们的作用迅速，广谱且大多不受标准抗生素引起的抗药性影响。
• Rapid, Traceless, Ag ^I ‐Promoted Macrocyclization of Peptides Possessing an N‐Terminal Thioamide
  作者：Varsha J. Thombare、Craig A. Hutton

  DOI：10.1002/anie.201900243

  日期：2019.4

  Peptide macrocyclization is often a slow process, plagued by epimerization and cyclodimerization. Herein, we describe a new method for peptide macrocyclization employing the AgI‐promoted transformation of peptide thioamides. The AgI has a dual function: chemoselectively activating the thioamide and tethering the N‐terminal thioamide to the C‐terminal carboxylate. Extrusion of Ag2S generates an isoimide

  肽大环化通常是一个缓慢的过程，受到差向异构和环二聚化的困扰。在本文中，我们描述了一种新的肽大环化方法，该方法采用了由Ag I促进的肽硫酰胺转化的肽大环化方法。Ag I具有双重功能：化学选择性活化硫酰胺，并将N末端的硫酰胺束缚到C末端的羧酸酯上。Ag 2 S的挤出产生异酰亚胺中间体，该中间体进行酰基转移以生成天然环肽，从而导致快速，无痕的大环化过程。1小时内可以高产率提供环肽，没有差向异构和环二聚。
• Photoinduced Electron Transfer on β-Sheet Cyclic Peptides
  作者：Hiroshi Sasaki、Maki Makino、Masahiko Sisido、Trevor A. Smith、Kenneth P. Ghiggino

  DOI：10.1021/jp011181+

  日期：2001.10.1

  that contain a single pyrenyl group and a single p-nitrophenyl group at different positions were synthesized. Photoinduced electron transfer (ET) from an excited pyrenyl group located at the fourth position to a nitrophenyl group located at five different positions was investigated on the β-sheet chains of the cyclic peptides. The observed ET rate constants displayed a complex dependence on the number

  合成了在不同位置包含单个芘基和单个对硝基苯基的短杆菌肽 S 类似物。在环肽的β-折叠链上研究了从位于第四位置的激发芘基到位于五个不同位置的硝基苯基的光诱导电子转移（ET）。观察到的 ET 速率常数显示出对间隔单元的数量或两个芳族基团之间的边到边距离的复杂依赖性。然而，如果考虑到氢键 ET，则 ET 速率常数与从 Beratan-Onuchic 隧道路径模型计算的等效 σ 距离显示出合理的线性关系。结果支持隧道通路模型在螺旋和β-折叠模型肽上的适用性。