(2E)-3-[(3aS,4S,5R,7aS)-5-hydroxy-7a-methyl-1-oxo-octahydro-1H-inden-4-yl]prop-2-enoyl-CoA

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: (2E)-3-[(3aS,4S,5R,7aS)-5-hydroxy-7a-methyl-1-oxo-octahydro-1H-inden-4-yl]prop-2-enoyl-CoA
• 英文别名: [(2R,3S,4R,5R)-2-[[[[(3R)-4-[[3-[2-[(E)-3-[(3aS,4S,5R,7aS)-5-hydroxy-7a-methyl-1-oxo-3,3a,4,5,6,7-hexahydro-2H-inden-4-yl]prop-2-enoyl]sulfanylethylamino]-3-oxopropyl]amino]-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4-oxobutoxy]-oxidophosphoryl]oxy-oxidophosphoryl]oxymethyl]-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxyoxolan-3-yl] phosphate
• 化学式: C34H48N7O19P3S-4
• 分子量: 983.8
• InChiKey: MHYJAWUBQZNCMM-OQKZBKOQSA-J

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.1
• 重原子数：
  64
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.68
• 拓扑面积：
  438
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  24

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3-[(3aS,4S,5R,7aS)-5-hydroxy-7a-methyl-1,5-dioxo-octahydroinden-4-yl]propanoyl-CoA(4-) 、 A 生成 (2E)-3-[(3aS,4S,5R,7aS)-5-hydroxy-7a-methyl-1-oxo-octahydro-1H-inden-4-yl]prop-2-enoyl-CoA 、 AH₂
  参考文献：
  名称：

  IpdE1-IpdE2 Is a Heterotetrameric Acyl Coenzyme A Dehydrogenase That Is Widely Distributed in Steroid-Degrading Bacteria

  摘要：

  包括结核分枝杆菌（Mtb）在内的类固醇降解细菌利用结构独特的酰基辅酶 A 脱氢酶（ACADs）亚家族进行类固醇分解代谢。这些 ACADs 是 α2β2 杂四聚体，通常由相邻的 fadE 样基因编码。在分枝杆菌中，ipdE1 和 ipdE2（以前的 fadE30 和 fadE33）出现在不同的转录操作子中，它们与 3aα-H-4α（3′-丙酸）-7aβ-甲基六氢-1,5-茚二酮（HIP）（一种类固醇代谢物）的分解代谢有关。在分枝杆菌（Mycobacterium smegmatis）中，ΔipdE1 和 ΔipdE2 突变体具有相似的表型，在胆固醇上生长受阻，并在培养上清液中积累 5-OH HIP。生物信息学分析表明，IpdE1 和 IpdE2 分别与许多类固醇降解蛋白细菌中由相邻基因编码的异构四聚体 ACAD 的 α 和 β 亚基具有许多共同特征。Mtb的IpdE1和IpdE2在红球菌菌株中共同产生时，会形成一个复合物，催化5OH-HIP辅酶A（5OH-HIP-CoA）脱氢为5OH-3aα-H-4α（3′-丙-1-烯酸）-7aβ-甲基六氢-1,5-茚二酮辅酶A（(E)-5OH-HIPE-CoA）。这相当于类固醇 C 环和 D 环通过 β 氧化降解途径的第一步。小角 X 射线散射显示，IpdE1-IpdE2 复合物是典型的α2β2 杂四聚体，与其他参与类固醇分解代谢的 ACAD 类似。这些结果使人们对一类重要的类固醇分解酶和Mtb的潜在毒力决定因素有了更深入的了解。

  DOI：

  10.1021/acs.biochem.0c00005

文献信息

• IpdE1-IpdE2 Is a Heterotetrameric Acyl Coenzyme A Dehydrogenase That Is Widely Distributed in Steroid-Degrading Bacteria
  作者：John E. Gadbery、James W. Round、Tianao Yuan、Matthew F. Wipperman、Keith T. Story、Adam M. Crowe、Israel Casabon、Jie Liu、Xinxin Yang、Lindsay D. Eltis、Nicole S. Sampson

  DOI：10.1021/acs.biochem.0c00005

  日期：2020.3.17

  Steroid-degrading bacteria, including Mycobacterium tuberculosis (Mtb), utilize an architecturally distinct subfamily of acyl coenzyme A dehydrogenases (ACADs) for steroid catabolism. These ACADs are α2β2 heterotetramers that are usually encoded by adjacent fadE-like genes. In mycobacteria, ipdE1 and ipdE2 (formerly fadE30 and fadE33) occur in divergently transcribed operons associated with the catabolism of 3aα-H-4α(3′-propanoate)-7aβ-methylhexahydro-1,5-indanedione (HIP), a steroid metabolite. In Mycobacterium smegmatis, ΔipdE1 and ΔipdE2 mutants had similar phenotypes, showing impaired growth on cholesterol and accumulating 5-OH HIP in the culture supernatant. Bioinformatic analyses revealed that IpdE1 and IpdE2 share many of the features of the α- and β-subunits, respectively, of heterotetrameric ACADs that are encoded by adjacent genes in many steroid-degrading proteobacteria. When coproduced in a rhodococcal strain, IpdE1 and IpdE2 of Mtb formed a complex that catalyzed the dehydrogenation of 5OH-HIP coenzyme A (5OH-HIP-CoA) to 5OH-3aα-H-4α(3′-prop-1-enoate)-7aβ-methylhexa-hydro-1,5-indanedione coenzyme A ((E)-5OH-HIPE-CoA). This corresponds to the initial step in the pathway that leads to degradation of steroid C and D rings via β-oxidation. Small-angle X-ray scattering revealed that the IpdE1-IpdE2 complex was an α2β2 heterotetramer typical of other ACADs involved in steroid catabolism. These results provide insight into an important class of steroid catabolic enzymes and a potential virulence determinant in Mtb.

  包括结核分枝杆菌（Mtb）在内的类固醇降解细菌利用结构独特的酰基辅酶 A 脱氢酶（ACADs）亚家族进行类固醇分解代谢。这些 ACADs 是 α2β2 杂四聚体，通常由相邻的 fadE 样基因编码。在分枝杆菌中，ipdE1 和 ipdE2（以前的 fadE30 和 fadE33）出现在不同的转录操作子中，它们与 3aα-H-4α（3′-丙酸）-7aβ-甲基六氢-1,5-茚二酮（HIP）（一种类固醇代谢物）的分解代谢有关。在分枝杆菌（Mycobacterium smegmatis）中，ΔipdE1 和 ΔipdE2 突变体具有相似的表型，在胆固醇上生长受阻，并在培养上清液中积累 5-OH HIP。生物信息学分析表明，IpdE1 和 IpdE2 分别与许多类固醇降解蛋白细菌中由相邻基因编码的异构四聚体 ACAD 的 α 和 β 亚基具有许多共同特征。Mtb的IpdE1和IpdE2在红球菌菌株中共同产生时，会形成一个复合物，催化5OH-HIP辅酶A（5OH-HIP-CoA）脱氢为5OH-3aα-H-4α（3′-丙-1-烯酸）-7aβ-甲基六氢-1,5-茚二酮辅酶A（(E)-5OH-HIPE-CoA）。这相当于类固醇 C 环和 D 环通过 β 氧化降解途径的第一步。小角 X 射线散射显示，IpdE1-IpdE2 复合物是典型的α2β2 杂四聚体，与其他参与类固醇分解代谢的 ACAD 类似。这些结果使人们对一类重要的类固醇分解酶和Mtb的潜在毒力决定因素有了更深入的了解。