dTDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucose | 223930-72-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: dTDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucose
• 英文别名: thymidine diphosphate-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucose；dTDP-4-oxo-2,6-dideoxy-alpha-D-glucose；[hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] [(2R,4R,6R)-4-hydroxy-6-methyl-5-oxooxan-2-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 223930-72-1
• 化学式: C₁₆H₂₄N₂O₁₄P₂
• 分子量: 530.319
• InChiKey: AONILRCSLAIOQE-LREJFELKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.4
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  228
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  dTDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucose 在 3,5-epimerase 、 还原型辅酶II(NADPH)四钠盐 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 thymidine 5'-(2,6-deoxy-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate)
  参考文献：
  名称：

  针对巴西油酰内酯生物合成的推定基因簇的靶标特异性鉴定和表征，揭示了2-脱氧-1-岩藻糖生物合成酶的机理见解和组合合成效用†

  摘要：

  表现出强大的免疫抑制和抗真菌活性且毒性极低的油菜素内酯在结构上具有与I型聚酮化合物（PK-1）大内酯相连的异常修饰的2-脱氧-L-岩藻糖（2dF）的结构特征。从致病性生产者诺卡氏菌（Nocardia brasiliensis IFM-0406）上，通过靶标特异性简并引物鉴定出一个210 kb的基因组片段，并随后进行了测序，揭示了一个巨大的nbr基因簇，该簇具有TDP-2dF生物合成所需的基因（nbrCDEF）和那些用于PK-1的生物合成，修饰和调节。结果表明，nbr的遗传和结构域排列PK-1合成酶与巴西内酯的PK-1结构共线性一致。随后的nbrCDEF在大肠杆菌中的异源表达完成了TDP-2dF生物合成的体外重建。通过系统的混合和匹配实验进一步表征了NbrCDEF酶的催化功能和机理。揭示了这些酶显示出显着的底物和伴侣混杂性，从而导致在整个原位建立了体外杂交脱氧糖生物合成途径一锅法（iSOP）

  DOI：

  10.1039/c5ob02292d
• 作为产物：
  描述：

  tdp-4-酮-6-脱氧-D-葡萄糖 在 2,3-dehydratase 、 nucleotide diphosphate-hexose-3-ketoreductase 、 还原型辅酶II(NADPH)四钠盐 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 dTDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucose
  参考文献：
  名称：

  针对巴西油酰内酯生物合成的推定基因簇的靶标特异性鉴定和表征，揭示了2-脱氧-1-岩藻糖生物合成酶的机理见解和组合合成效用†

  摘要：

  表现出强大的免疫抑制和抗真菌活性且毒性极低的油菜素内酯在结构上具有与I型聚酮化合物（PK-1）大内酯相连的异常修饰的2-脱氧-L-岩藻糖（2dF）的结构特征。从致病性生产者诺卡氏菌（Nocardia brasiliensis IFM-0406）上，通过靶标特异性简并引物鉴定出一个210 kb的基因组片段，并随后进行了测序，揭示了一个巨大的nbr基因簇，该簇具有TDP-2dF生物合成所需的基因（nbrCDEF）和那些用于PK-1的生物合成，修饰和调节。结果表明，nbr的遗传和结构域排列PK-1合成酶与巴西内酯的PK-1结构共线性一致。随后的nbrCDEF在大肠杆菌中的异源表达完成了TDP-2dF生物合成的体外重建。通过系统的混合和匹配实验进一步表征了NbrCDEF酶的催化功能和机理。揭示了这些酶显示出显着的底物和伴侣混杂性，从而导致在整个原位建立了体外杂交脱氧糖生物合成途径一锅法（iSOP）

  DOI：

  10.1039/c5ob02292d

文献信息

• Elucidation of the Kijanimicin Gene Cluster:  Insights into the Biosynthesis of Spirotetronate Antibiotics and Nitrosugars
  作者：Hua Zhang、Jess A. White-Phillip、Charles E. Melançon、Hyung-jin Kwon、Wei-luen Yu、Hung-wen Liu

  DOI：10.1021/ja0744854

  日期：2007.11.28

  formation of TDP-l-digitoxose, one of the two sugar donors used in construction of kijanimicin, was elucidated through biochemical analysis of four enzymes encoded in the gene cluster. Sequence analysis indicates that the aglycone kijanolide is formed by the combined action of a modular Type-I polyketide synthase, a conserved set of enzymes involved in formation, attachment, and intramolecular cyclization of

  由放线菌 Actinomadura kijaniata 产生的抗生素 kijanimicin 具有广泛的生物活性以及许多有趣的生物合成特征。为了了解其形成的分子基础并开发此类化合物的组合生物合成系统，鉴定、克隆和测序了含有 kijanimicin 生物合成位点的 A. kijaniata 染色体的 107.6 kb 片段。通过对基因簇中编码的四种酶的生化分析，阐明了形成 TDP-1-洋地黄毒苷（用于构建 kijanimicin 的两个糖供体之一）的完整途径。序列分析表明，苷元kijanolide 是由模块化I 型聚酮化合物合酶的联合作用形成的，这是一组参与形成、附着、甘油酸衍生的三碳单元的分子内环化，形成螺环膦酸盐部分的核心。参与不寻常脱氧糖 d-kijanose [2,3,4,6-tetradeoxy-4-(methylcarbamyl)-3-C-methyl-3-nitro-d-xylo-hexopyranose]
• Characterization of SpnQ from the Spinosyn Biosynthetic Pathway of <i>Saccharopolyspora spinosa</i>:  Mechanistic and Evolutionary Implications for C-3 Deoxygenation in Deoxysugar Biosynthesis
  作者：Lin Hong、Zongbao Zhao、Hung-wen Liu

  DOI：10.1021/ja0649670

  日期：2006.11.1

  in E. coli. Characterization of the purified enzyme established that it is a PMP and iron-sulfur containing enzyme which catalyzes the C-3 deoxygenation in a reductase-dependent manner similar to that of the previously well characterized hexose 3-dehydrase E1 from Yersinia pseudotuberculosis. However, unlike E1, which has evolved to work with a specific reductase partner present in its gene cluster

  研究了 d-forosamine（4-N,N-二甲氨基-2,3,4,6-tetradeoxy-d-threo-hexopyranose）生物合成中的 C-3 脱氧步骤，该成分是由刺糖多孢菌产生的多杀菌素的成分. 提议编码 TDP-4-酮-2,6-双脱氧-d-葡萄糖 3-脱水酶的 spnQ 基因被克隆并在大肠杆菌中过表达。纯化酶的表征确定它是一种含 PMP 和铁硫的酶，其以还原酶依赖性方式催化 C-3 脱氧，类似于先前充分表征的来自假结核耶尔森氏菌的己糖 3-脱水酶 E1。然而，与 E1 不同的是，E1 已经进化到可以与其基因簇中存在的特定还原酶合作伙伴一起工作，SpnQ 缺乏特定的还原酶，并与一般细胞还原酶铁氧还蛋白/铁氧还蛋白还原酶或黄素氧还蛋白/黄素氧还蛋白还原酶有效配合。SpnQ 还在没有电子转移中间体和 PLP 和 l-谷氨酸存在的情况下催化 C-4 转氨。在相同条件下，E1 和相关的己糖
• Mechanism of the 2-Deoxygenation Step in the Biosynthesis of the Deoxyhexose Moieties of the Antibiotics Granaticin and Oleandomycin
  作者：Gerald Draeger、Sung-Hae Park、Heinz G. Floss

  DOI：10.1021/ja9837250

  日期：1999.3.1
• Target-specific identification and characterization of the putative gene cluster for brasilinolide biosynthesis revealing the mechanistic insights and combinatorial synthetic utility of 2-deoxy-<scp>l</scp>-fucose biosynthetic enzymes
  作者：Hsien-Tai Chiu、Chien-Pao Weng、Yu-Chin Lin、Kuan-Hung Chen

  DOI：10.1039/c5ob02292d

  日期：——

  mechanisms of NbrCDEF enzymes were further characterized by systematic mix-and-match experiments. The enzymes were revealed to display remarkable substrate and partner promiscuity, leading to the establishment of in vitro hybrid deoxysugar biosynthetic pathways throughout an in situ one-pot (iSOP) method. This study represents the first demonstration of TDP-2dF biosynthesis at the enzyme and molecular levels

  表现出强大的免疫抑制和抗真菌活性且毒性极低的油菜素内酯在结构上具有与I型聚酮化合物（PK-1）大内酯相连的异常修饰的2-脱氧-L-岩藻糖（2dF）的结构特征。从致病性生产者诺卡氏菌（Nocardia brasiliensis IFM-0406）上，通过靶标特异性简并引物鉴定出一个210 kb的基因组片段，并随后进行了测序，揭示了一个巨大的nbr基因簇，该簇具有TDP-2dF生物合成所需的基因（nbrCDEF）和那些用于PK-1的生物合成，修饰和调节。结果表明，nbr的遗传和结构域排列PK-1合成酶与巴西内酯的PK-1结构共线性一致。随后的nbrCDEF在大肠杆菌中的异源表达完成了TDP-2dF生物合成的体外重建。通过系统的混合和匹配实验进一步表征了NbrCDEF酶的催化功能和机理。揭示了这些酶显示出显着的底物和伴侣混杂性，从而导致在整个原位建立了体外杂交脱氧糖生物合成途径一锅法（iSOP）