修饰的细胞壁肽已通过半定量方法进行了合理设计和研究,以分析自由能在
水溶液中与
万古霉素类抗生素结合中的作用。琥珀酰基和富马酰基-D-Ala二肽的结合能。将
N-草酰-γ-
氨基
丁酸类似物和
N-草酰-γ-
氨基
丁酸类似物与天然底物N-Ac-D-Ala-D-Ala和截短的单肽N-Ac-D-Ala的结合能进行比较。通过四个独立的分析,我们估计了N末端羧基对he-(14至17)±7 kJ mol -1的结合能当通过限制旋转的“成本”和疏
水相互作用的“收益”校正
配体结合能的差异时。
羧酸盐相互作用包括带电荷的-COO-•••HN氢键以及在
羧酸盐基团和抗生素结合口袋中的芳环之间面对面的π堆积