4-[(2E)-3-(4-carboxybutyl)-2-[(2E,4E)-5-(1-ethyl-3,3-dimethylindol-1-ium-2-yl)penta-2,4-dienylidene]-3,5-dimethylindol-1-yl]butane-1-sulfonate | 1072070-05-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 4-[(2E)-3-(4-carboxybutyl)-2-[(2E,4E)-5-(1-ethyl-3,3-dimethylindol-1-ium-2-yl)penta-2,4-dienylidene]-3,5-dimethylindol-1-yl]butane-1-sulfonate
• CAS: 1072070-05-3
• 化学式: C₃₆H₄₆N₂O₅S
• 分子量: 618.838
• InChiKey: YHTXAKDIEDYHAM-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.7
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  109
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  N-[(1E,3E)-4-(1-ethyl-3,3-dimethylindol-1-ium-2-yl)buta-1,3-dienyl]-N-phenylacetamide 、 3-(4-carboxybutyl)-N-(4-sulfobutyl)-2,3,5-trimethylindolenyne 生成 4-[(2E)-3-(4-carboxybutyl)-2-[(2E,4E)-5-(1-ethyl-3,3-dimethylindol-1-ium-2-yl)penta-2,4-dienylidene]-3,5-dimethylindol-1-yl]butane-1-sulfonate
  参考文献：
  名称：

  New indodicarbocyanine dyes for the biological microchip technology

  摘要：

  为寻找生物微芯片技术中最有效的荧光标记物，合成了吲哚碳菁染料，其吲哚啉部分的3位带有羧丁基，环的5位和7位分别带有甲基和磺酸基。染料的吸收和荧光最大值位置、分子总电荷以及水溶性取决于甲基和磺酸基的位置和总量。测定了所合成染料的光谱特性，并在激发波长为635nm和655nm，发射波长为670nm和690nm时，分别测量了等浓度染料的相对荧光效率。

  DOI：

  10.1134/s1068162008010184

文献信息

• New indodicarbocyanine dyes for the biological microchip technology
  作者：V. E. Kuznetsova、V. A. Vasiliskov、O. V. Antonova、V. M. Mikhailovich、A. S. Zasedatelev、A. V. Chudinov

  DOI：10.1134/s1068162008010184

  日期：2008.1

  New indodicarbocyanine dyes with the carboxybutyl group in position-3 of the indolenine fragment bearing methyl and sulfonic groups in positions 5 and 7 of the cycle were synthesized in order to find the most effective fluorescent labels for the biological microchip technology. The position of absorption and fluorescence maxima, the total charge of the dye molecule, and water solubility depend on the location and the total amount of methyl and sulfonic groups. The spectral characteristics of the dyes synthesized were determined. The relative fluorescence efficiencies of the dyes at equal concentrations were measured at excitation wavelengths of 635 and 655 nm and emission wavelengths of 670 and 690 nm, respectively.

  为寻找生物微芯片技术中最有效的荧光标记物，合成了吲哚碳菁染料，其吲哚啉部分的3位带有羧丁基，环的5位和7位分别带有甲基和磺酸基。染料的吸收和荧光最大值位置、分子总电荷以及水溶性取决于甲基和磺酸基的位置和总量。测定了所合成染料的光谱特性，并在激发波长为635nm和655nm，发射波长为670nm和690nm时，分别测量了等浓度染料的相对荧光效率。