TDP-2,6-dideoxy-D-glycero-D-glycero-4-hexulose

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: TDP-2,6-dideoxy-D-glycero-D-glycero-4-hexulose
• 英文别名: dTDP-4-oxo-2,6-dideoxy-D-allose；[hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] [(2R,4S,6R)-4-hydroxy-6-methyl-5-oxooxan-2-yl] hydrogen phosphate
• 化学式: C₁₆H₂₄N₂O₁₄P₂
• 分子量: 530.319
• InChiKey: AONILRCSLAIOQE-KISRQWFGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.4
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  228
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  TDP-2,6-dideoxy-D-glycero-D-glycero-4-hexulose 在 3,5-epimerase 、 4-ketoreductase 、 还原型辅酶II(NADPH)四钠盐 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 thymidine 5'-(2,6-dideoxy-β-L-lyxo-hexopyranosyl diphosphate)
  参考文献：
  名称：

  针对巴西油酰内酯生物合成的推定基因簇的靶标特异性鉴定和表征，揭示了2-脱氧-1-岩藻糖生物合成酶的机理见解和组合合成效用†

  摘要：

  表现出强大的免疫抑制和抗真菌活性且毒性极低的油菜素内酯在结构上具有与I型聚酮化合物（PK-1）大内酯相连的异常修饰的2-脱氧-L-岩藻糖（2dF）的结构特征。从致病性生产者诺卡氏菌（Nocardia brasiliensis IFM-0406）上，通过靶标特异性简并引物鉴定出一个210 kb的基因组片段，并随后进行了测序，揭示了一个巨大的nbr基因簇，该簇具有TDP-2dF生物合成所需的基因（nbrCDEF）和那些用于PK-1的生物合成，修饰和调节。结果表明，nbr的遗传和结构域排列PK-1合成酶与巴西内酯的PK-1结构共线性一致。随后的nbrCDEF在大肠杆菌中的异源表达完成了TDP-2dF生物合成的体外重建。通过系统的混合和匹配实验进一步表征了NbrCDEF酶的催化功能和机理。揭示了这些酶显示出显着的底物和伴侣混杂性，从而导致在整个原位建立了体外杂交脱氧糖生物合成途径一锅法（iSOP）

  DOI：

  10.1039/c5ob02292d
• 作为产物：
  描述：

  tdp-4-酮-6-脱氧-D-葡萄糖 在 2,3-dehydratase 、 3-ketoreductase 、 还原型辅酶II(NADPH)四钠盐 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 TDP-2,6-dideoxy-D-glycero-D-glycero-4-hexulose
  参考文献：
  名称：

  针对巴西油酰内酯生物合成的推定基因簇的靶标特异性鉴定和表征，揭示了2-脱氧-1-岩藻糖生物合成酶的机理见解和组合合成效用†

  摘要：

  表现出强大的免疫抑制和抗真菌活性且毒性极低的油菜素内酯在结构上具有与I型聚酮化合物（PK-1）大内酯相连的异常修饰的2-脱氧-L-岩藻糖（2dF）的结构特征。从致病性生产者诺卡氏菌（Nocardia brasiliensis IFM-0406）上，通过靶标特异性简并引物鉴定出一个210 kb的基因组片段，并随后进行了测序，揭示了一个巨大的nbr基因簇，该簇具有TDP-2dF生物合成所需的基因（nbrCDEF）和那些用于PK-1的生物合成，修饰和调节。结果表明，nbr的遗传和结构域排列PK-1合成酶与巴西内酯的PK-1结构共线性一致。随后的nbrCDEF在大肠杆菌中的异源表达完成了TDP-2dF生物合成的体外重建。通过系统的混合和匹配实验进一步表征了NbrCDEF酶的催化功能和机理。揭示了这些酶显示出显着的底物和伴侣混杂性，从而导致在整个原位建立了体外杂交脱氧糖生物合成途径一锅法（iSOP）

  DOI：

  10.1039/c5ob02292d

文献信息

• Insights into the Branched-Chain Formation of Mycarose: Methylation Catalyzed by an (S)-Adenosylmethionine-Dependent Methyltransferase
  作者：Huawei Chen、Zongbao Zhao、Tina M. Hallis、Zhihong Guo、Hung-wen Liu

  DOI：10.1002/1521-3773(20010202)40:3<607::aid-anie607>3.0.co;2-8

  日期：2001.2.2

  A C-methyltransferase involved in methyl-branch formation in sugars has been characterized for the first time. TylC3, an (S)-adenosylmethylthionine(AdoMet)-dependent enzyme, catalyzes the attachment of a methyl branch [Eq. (1)] in the biosynthesis of L-mycarose, an unusual sugar found in tylosin and as its O-3-methyl derivative in erythromycin. The C-3 methylation proceeds with inversion of configuration and does not require the assistance of any cofactors. The turnover rate is 1.4±0.1 min-1 . TDP=thymidine-5'-dihydrogenphosphate.
• Biosynthesis of Mycarose:  Isolation and Characterization of Enzymes Involved in the C-2 Deoxygenation
  作者：Huawei Chen、Gautam Agnihotri、Zhihong Guo、Nanette L. S. Que、Xuemei H. Chen、Hung-wen Liu

  DOI：10.1021/ja991713o

  日期：1999.9.1
• Target-specific identification and characterization of the putative gene cluster for brasilinolide biosynthesis revealing the mechanistic insights and combinatorial synthetic utility of 2-deoxy-<scp>l</scp>-fucose biosynthetic enzymes
  作者：Hsien-Tai Chiu、Chien-Pao Weng、Yu-Chin Lin、Kuan-Hung Chen

  DOI：10.1039/c5ob02292d

  日期：——

  mechanisms of NbrCDEF enzymes were further characterized by systematic mix-and-match experiments. The enzymes were revealed to display remarkable substrate and partner promiscuity, leading to the establishment of in vitro hybrid deoxysugar biosynthetic pathways throughout an in situ one-pot (iSOP) method. This study represents the first demonstration of TDP-2dF biosynthesis at the enzyme and molecular levels

  表现出强大的免疫抑制和抗真菌活性且毒性极低的油菜素内酯在结构上具有与I型聚酮化合物（PK-1）大内酯相连的异常修饰的2-脱氧-L-岩藻糖（2dF）的结构特征。从致病性生产者诺卡氏菌（Nocardia brasiliensis IFM-0406）上，通过靶标特异性简并引物鉴定出一个210 kb的基因组片段，并随后进行了测序，揭示了一个巨大的nbr基因簇，该簇具有TDP-2dF生物合成所需的基因（nbrCDEF）和那些用于PK-1的生物合成，修饰和调节。结果表明，nbr的遗传和结构域排列PK-1合成酶与巴西内酯的PK-1结构共线性一致。随后的nbrCDEF在大肠杆菌中的异源表达完成了TDP-2dF生物合成的体外重建。通过系统的混合和匹配实验进一步表征了NbrCDEF酶的催化功能和机理。揭示了这些酶显示出显着的底物和伴侣混杂性，从而导致在整个原位建立了体外杂交脱氧糖生物合成途径一锅法（iSOP）