1-(2-脱氧-beta-D-赤式-呋喃戊糖基)-5-甲基-4-(1H-1,2,4-三唑-1-基)-2(1H)-嘧啶酮 | 109389-25-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 1-(2-脱氧-beta-D-赤式-呋喃戊糖基)-5-甲基-4-(1H-1,2,4-三唑-1-基)-2(1H)-嘧啶酮
• 英文名称: 4-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)-2’-deoxy-5-methylcytidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-2-one
• CAS: 109389-25-5
• 化学式: C₁₂H₁₅N₅O₄
• 分子量: 293.282
• InChiKey: JPVLKWJVGSRGSQ-IVZWLZJFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.5
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2-脱氧-beta-D-赤式-呋喃戊糖基)-5-甲基-4-(1H-1,2,4-三唑-1-基)-2(1H)-嘧啶酮 在 吡啶 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 18.25h， 生成 3',5'-Di-O-Tritylthymidine
  参考文献：
  名称：

  寻找黄病毒抑制剂的第2部分：三甲基化，二苯基甲基化和其他烷基化的核苷类似物

  摘要：

  几种黄病毒，例如黄热病病毒和登革热病毒，会在人体内引起严重的致命感染。继我们最初的命中3'，5'-双歧化尿苷1之后，合成了一系列烷基化核苷类似物，并评估了它们对登革热病毒和黄热病病毒的体外抗病毒活性。迄今为止，烷基和芳基连接在糖环的各个位置，并带有杂环碱基的细微变化。在新的衍生物系列中，3'，5'- di- O-三苯甲基-5-氟-2'-脱氧尿苷（39）是该系列中最有效的衍生物，可抑制黄热病病毒和登革热病毒的复制，其50有效浓度百分比（EC 50）〜1μg/ mL，无明显细胞毒性。其他氟化衍生物被证明更具毒性。几乎所有具有3'，5'-二-O-苯甲酰基-2'-脱氧尿苷（50）的二苯基甲基化嘧啶核苷都具有很强的低至1μg/ mL的细胞毒性作用。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2014.02.011
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-bis-O-(trimethylsilyl)-thymidine 在 三氯氧磷 作用下， 以 甲醇 、 溶剂黄146 、 乙腈 为溶剂， 反应 9.5h， 生成 1-(2-脱氧-beta-D-赤式-呋喃戊糖基)-5-甲基-4-(1H-1,2,4-三唑-1-基)-2(1H)-嘧啶酮
  参考文献：
  名称：

  Convenient Intermediates for the Preparation ofC-4 Modified Derivatives of Pyrimidine Nucleosides

  摘要：

  4-(4-Nitrophenoxy)-1-(beta-D-ribofuranosyl)pyrimidin-2(1H)-one 15, 5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-1-(beta-D-2-deoxyribofuranosyl 7a and 4-(4-nitrophenoxy)-1-(beta-D-2-deoxyribofuranosyl)pyrimidin-2(1H)-one 17a, respectively, have been prepared and are recommended as reactive intermediates for the preparation of derivatives of uridine, thymidine and 2'-deoxyuridine which are modified at C-4.

  DOI：

  10.1080/07328319708002521

文献信息

• Synthesis and antiviral properties of (E)-5-(2-bromovinyl)-2'-deoxycytidine-related compounds
  作者：A. Stanley Jones、Jon R. Sayers、Richard T. Walker、Erik De Clercq

  DOI：10.1021/jm00396a043

  日期：1988.1

  Treatment of 3',5'-di-O-acetyl-(E)-5-(2-bromovinyl)-2'-deoxyuridine (2) with p-chlorophenyl phosphorodichloridate and 1,2,4-triazole gave 1-(3,5-di-O-acetyl-2-deoxy-beta-D-erythro-pentofuranosyl)-(E)-5-(2-br o movinyl)- 4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-2(1H)-one (3). Reaction of 3 with ammonia gave (E)-5-(2-bromovinyl)-2'-deoxycytidine (1), the overall yield from 2 being 60%. A similar 4-(1,2,4-triazol-1-yl)

  用对氯苯基二氯二氯和1,2,4-三唑处理3'，5'-二-O-乙酰基-（E）-5-（2-溴乙烯基）-2'-脱氧尿苷（2）得到1-（ 3,5-二-O-乙酰基-2-脱氧-β-D-赤型戊呋喃糖基）-（E）-5-（2-溴乙烯基）-4-（1,2,4-三唑-1- yl）嘧啶-2（1H）-一（3）。3与氨反应得到（E）-5-（2-溴乙烯基）-2′-脱氧胞苷（1），从2的总产率为60％。通过使用磷酰氯作为缩合剂，从3'，5'-二-O-乙酰基胸苷获得相似的4-（1,2,4-三唑-1-基）衍生物（4）。用三甲基甲硅烷基氯，然后用磷酰氯和1,2,4-三唑处理胸腺嘧啶，在后处理中得到1-（2-脱氧-β-D-赤-戊呋喃糖基）-5-甲基-4（1,2,4-三唑-1-基）嘧啶2（1H）-一（5）。（E）-5-（2-溴乙烯基）-2' 脱氧尿苷（BVDU）经过类似处理后，得到相应的（E）-5-（2-溴乙烯基）化合物7。两种情况下形成的次要产物是4-（1
• Nucleobase Modifiers Identify TET Enzymes as Bifunctional DNA Dioxygenases Capable of Direct N‐Demethylation
  作者：Uday Ghanty、Tong Wang、Rahul M. Kohli

  DOI：10.1002/anie.202002751

  日期：2020.7.6

  TET family enzymes are known for oxidation of the 5‐methyl substituent on 5‐methylcytosine (5mC) in DNA. 5mC oxidation generates the stable base 5‐hydroxymethylcytosine (5hmC), starting an indirect, multi‐step process that ends with reversion of 5mC to unmodified cytosine. While probing the nucleobase determinants of 5mC recognition, we discovered that TET enzymes are also proficient as direct N‐demethylases

  TET家族酶可氧化DNA中5-甲基胞嘧啶（5mC）上的5-甲基取代基。5mC氧化产生稳定的5-羟甲基胞嘧啶碱（5hmC），开始了一个间接的多步骤过程，最终将5mC还原为未修饰的胞嘧啶。在探查5mC识别的核碱基决定因素时，我们发现TET酶也能作为胞嘧啶碱基的直接N-脱甲基酶。我们发现，在缺乏5-甲基的底物上可以很容易地观察到N-脱甲基酶的活性，而且，值得注意的是，TET酶在5mC的氧化或N4-甲基取代基的去甲基化方面具有相似的能力。我们的结果表明，TET酶既可以充当直接脱甲基酶，也可以充当间接脱甲基酶，突出了这些Fe II的活性部位可塑性。/α-酮戊二酸依赖性双加氧酶，并表明在未探索的底物上的活性可能揭示了新的TET生物学。
• [EN] SINGLE STRANDED DNA ENZYME INHIBITORS<br/>[FR] INHIBITEURS ENZYMATIQUES ADN SIMPLE BRIN
  申请人：UNIV MASSEY

  公开号：WO2022162536A1

  公开（公告）日：2022-08-04

  The invention relates to single stranded DNA inhibitors of APOBEC3 enzymes and uses thereof. The compounds of the invention comprise β-D-5-O-phosphato-2-deoxyribofuranosyl analogues of nucleoside-like inhibitors of cytidine deaminase, flanked by oligonucleotide sequences which may be cross-linked. The compounds of the invention may have therapeutic application against diseases and conditions in which inhibition of a human cytidine deaminase of the APOBEC3 family would be beneficial.

  本发明涉及APOBEC3酶的单链DNA抑制剂及其用途。该发明的化合物包括β-D-5-O-磷酸-2-脱氧核糖类似物，其为胞嘧啶脱氨酶的核苷酸样抑制剂，其被寡核苷酸序列所包围，可以进行交联。该发明的化合物在抑制APOBEC3家族的人类胞嘧啶脱氨酶时，可能具有治疗应用，用于治疗疾病和病况可能是有益的。
• JONES, A. STANLEY;SAYERS, JON R.;WALKER, RICHARD T.;DE, CLERCQ ERIK, J. MED. CHEM., 31,(1988) N 1, 268-271
  作者：JONES, A. STANLEY、SAYERS, JON R.、WALKER, RICHARD T.、DE, CLERCQ ERIK

  DOI：——

  日期：——