Limiting the Number of Potential Binding Modes by Introducing Symmetry into Ligands: Structure-Based Design of Inhibitors for Trypsin-Like Serine Proteases
作者:Norbert Furtmann、Daniela Häußler、Tamara Scheidt、Marit Stirnberg、Torsten Steinmetzer、Jürgen Bajorath、Michael Gütschow
DOI:10.1002/chem.201503534
日期:2016.1.11
exploration of compound binding modes continues to be a challenging task. For structure‐based design, specific features of active sites in different targets play a major role in rationalizing ligand binding characteristics. For example, dibasic compounds have been reported as potent inhibitors of various trypsin‐like serine proteases, the active sites of which contain several binding pockets that can be targeted
在没有X射线数据的情况下,探索化合物结合模式仍然是一项艰巨的任务。对于基于结构的设计,不同靶标中活性位点的特定特征在合理化配体结合特征中起着重要作用。例如,据报道,二元化合物可作为各种胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶的有效抑制剂,其活性位点包含几个可被阳离子部分靶向的结合口袋。这导致活性位点内的几种可能的取向,使通过对接工具预测此类化合物的结合模式变得复杂。因此,我们在二元和三元化合物中引入了对称性,以减少对接计算中的构象空间,并通过限制可能的口袋占用数量来简化绑定模式的选择。不对称的双苯甲m被用作多阶段和结构导向优化的起点。最终合成了一系列具有两个或三个苄or亚结构的24种最终化合物,并将其评估为五种丝氨酸蛋白酶的抑制剂,从而导致了针对药物的有效对称抑制剂靶向麦芽糖酶,麦芽糖酶-2,凝血酶和Xa因子。这项研究强调了配体对称性与化学生物学的相关性。