5-Cyclopropyl-1-(β-D-erythro-pentofuranosyl)uracil | 108274-20-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-Cyclopropyl-1-(β-D-erythro-pentofuranosyl)uracil
• 英文别名: 5-cyclopropyl-2'-deoxyuridine；5-cyclopropyl-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 108274-20-0
• 化学式: C₁₂H₁₆N₂O₅
• 分子量: 268.269
• InChiKey: HPQZQBHYQTUETK-IVZWLZJFSA-N

物化性质

• 密度：
  1.544±0.06 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.6
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 、 5-Cyclopropyl-1-(β-D-erythro-pentofuranosyl)uracil 在 吡啶 作用下， 反应 3.0h， 以70%的产率得到5-cyclopropyl-1-[2-deoxy-5-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-β-D-erythropentofuranosyl]uracil
  参考文献：
  名称：

  DNA中 汞II介导的碱基对：2'-脱氧尿苷5取代基诱导的金属离子结合和双链体稳定性的意外行为†

  摘要：

  汞离子介导的dU–Hg II –dU对的稳定性取决于在嘧啶部分5位引入的取代基。为此，合成了在中心位置经dU修饰的一系列寡核苷酸。使用了普通和新的亚磷酰胺。杂交实验提供了带有非经典“ dU-dU”对的12聚体双链体。在大多数情况下，Hg 2+通过金属离子介导的碱基对的形成来稳定双链体，该碱基对的形成由更高的双链体熔解识别。在掺入双链体DNA的三种类型的dU衍生物中，具有小的脂族侧链的那些对汞介导的碱基对的稳定性仅具有很小的影响，而在侧链中具有三键的那些在双链体加热和冷却期间显示出滞后作用循环暗示与汞离子的三键相互作用。金属离子介导的碱基对的形成被侧链-螺旋堆积相互作用所占据的芳香族侧链的空间所阻断。这些相互作用太强，以至于不能形成汞离子介导的碱基对并在不利的配对位置驱动尿苷N（3）受体原子。

  DOI：

  10.1039/c6ob02560a
• 作为产物：
  描述：

  甲基环丙基醋酸 在 sodium methylate 、 氯乙酸 、 六甲基二硅氮烷 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 以 甲醇 、 氯仿 、 水 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 5-Cyclopropyl-1-(β-D-erythro-pentofuranosyl)uracil
  参考文献：
  名称：

  The Synthesis of Some 5-Substituted and 5,6-Disubstituted 2′-Deoxyuridines

  摘要：

  5-Alkyl(cycloalkyl)-2'-deoxyuridines VIa-VIf were synthesised in high yields by condensation of the corresponding silylated bases with 2-deoxy-3,5-di-O-p-toluoyl-D-erythro-pentosyl chloride in chloroform and subsequent deblocking with sodium methoxide in methanol. The beta-configuration, anti-glycosidic conformation and C2'-endo (S) sugar pucker of all of these compounds has been established from their H-1 NMR, C-13 NMR, UV and mass spectra. Under the same conditions, the condensation of silylated 5,6-trimethyleneuracil, resulted in 1:2/alpha:beta anomeric mixture (overall yield 71%) and syn-conformation of the 5,6-trimethylene-2'-deoxyuridine [Xg]. The results of the condensation of the silylated 5,6-dimethyluracil are discussed as well. No significant antiviral activity has been found in testing the synthesised compounds against a range of herpes, influenza and HIV-1 viruses.

  DOI：

  10.1080/15257779408013234

文献信息

• Synthesis of 2-Deoxy-β-D-ribonucleosides and 2,3-Dideoxy-β-D-pentofuranosides on Immobilized Bacterial Cells
  作者：Ivan Votruba、Antonín Holý、Hana Dvořáková、Jaroslav Günter、Dana Hocková、Hubert Hřebabecký、Tomas Cihlar、Milena Masojídková

  DOI：10.1135/cccc19942303

  日期：——

  Alginate gel-entrapped cells of auxotrophic thymine-dependent strain of E. coli catalyze the transfer of 2-deoxy-D-ribofuranosyl moiety of 2'-deoxyuridine to purine and pyrimidine bases as well as their aza and deaza analogs. All experiments invariably gave β-anomers; in most cases, the reaction was regiospecific, affording N⁹-isomers in the purine and N¹-isomers in the pyrimidine series. Also a 2,3-dideoxynucleoside can serve as donor of the glycosyl moiety. The acceptor activity of purine bases depends only little on substitution, the only condition being the presence of N⁷-nitrogen atom. On the other hand, in the pyrimidine series the activity is limited to only a narrow choice of mostly short 5-alkyl and 5-halogeno uracil derivatives. Heterocyclic bases containing amino groups are deaminated; this can be avoided by conversion of the base to the corresponding N-dimethylaminomethylene derivative which is then ammonolyzed. The method was verified by isolation of 9-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl) derivatives of adenine, guanine, 2-chloroadenine, 6-methylpurine, 8-azaadenine, 8-azaguanine, 1-deazaadenine, 3-deazaadenine, 1-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl) derivatives of 5-ethyluracil, 5-fluorouracil, and 9-(2,3-dideoxy-β-D-pentofuranosyl)hypoxanthine, 9-(2,3-dideoxy-β-D-pentofuranosyl)-6-methylpurine, and other nucleosides.

  藻酸盐凝胶包埋的辅助胸腺嘧啶依赖菌株大肠杆菌细胞催化2'-脱氧尿嘧啶的2-脱氧-D-核糖呋喃基团转移到嘌呤和嘧啶碱基以及它们的氮杂和去氮类似物。所有实验都不可避免地产生β-异构体；在大多数情况下，反应是区域特异性的，产生嘌呤中的N⁹-异构体和嘧啶系列中的N¹-异构体。此外，2,3-二脱氧核苷酸可以作为糖基团的供体。嘌呤碱基的受体活性仅在取代上有少许影响，唯一的条件是存在N⁷-氮原子。另一方面，在嘧啶系列中，活性仅限于大多数短链5-烷基和5-卤代尿嘧啶衍生物的狭窄选择。含氨基的杂环碱基会发生脱氨作用；可以通过将碱基转化为相应的N-二甲氨基甲烯基衍生物来避免这种情况，然后进行氨解作用。该方法通过分离腺嘌呤、鸟嘌呤、2-氯腺嘌呤、6-甲基嘌呤、8-氮杂腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤、1-去氮腺嘌呤、3-去氮腺嘌呤的9-(2-脱氧-β-D-核糖呋喃基)衍生物，5-乙基尿嘧啶、5-氟尿嘧啶的1-(2-脱氧-β-D-核糖呋喃基)衍生物，以及9-(2,3-二脱氧-β-D-戊呋喃基)缺氧嘌呤、9-(2,3-二脱氧-β-D-戊呋喃基)-6-甲基嘌呤和其他核苷酸的验证。
• Basnak, Ivan; Farkas, Jiri; Zajicek, Jaroslav, Collection of Czechoslovak Chemical Communications, 1986, vol. 51, # 8, p. 1764 - 1771
  作者：Basnak, Ivan、Farkas, Jiri、Zajicek, Jaroslav、Havlas, Zdenek

  DOI：——

  日期：——
• USE OF NUCLEOSIDES FOR THE MANUFACTURE OF MEDICAMENT FOR TREATMENT OF DISEASES CAUSED BY RETROVIRUS OR HEPATITIS B VIRUS
  申请人：ASTRA LAKEMEDEL AKTIEBOLAG

  公开号：EP0294443A1

  公开（公告）日：1988-12-14
• US5215971A
  申请人：——

  公开号：US5215971A

  公开（公告）日：1993-06-01
• [EN] USE OF NUCLEOSIDES FOR THE MANUFACTURE OF MEDICAMENT FOR TREATMENT OF DISEASES CAUSED BY RETROVIRUS OR HEPATITIS B VIRUS
  申请人：ASTRA LÄKEMEDEL AKTIEBOLAG

  公开号：WO1988004662A1

  公开（公告）日：1988-06-30

  (EN) Use of a compound of formula (I), wherein A is $g(b)-2'-deoxy-D-ribofuranosyl or $g(b)-D-arabinofuranosyl; R1 is hydroxy or amino; R2 is cycloalkyl or alkyl-substituted cycloalkyl containing 1-5 carbon atoms; saturated or unsaturated, straight or branched alkyl containing 1-5 carbon atoms which may be unsubstituted or substituted with halogen, hydroxy, mercapto, trifluoroalkyl or difluoroalkyl containing 1-3 carbon atoms, phenoxy or alkoxy containing 1-3 carbon atoms; phenyl or phenylalkyl containing 1-3 carbon atoms in the alkyl part, or a physiologically acceptable salt thereof, for manufacture of a medicament for therapeutic or prophylactic control or treatment of retrovirus, especially HIV, or hepatitis B virus infections in animal and man and to a method of such treatment.(FR) Est ici décrite l'utilisation d'un composé représenté par la formule (I), où A représente un $g(b)-2'-désoxy-D-ribofuranosyl ou un $g(b)-D-arabinofuranosyl; R1 représente un hydroxy ou un amino; R2 représente un cycloalkyle ou un cycloalkyle substitué par un alkyle et contenant de 1 à 5 atomes de carbone; un alkyle droit ou ramifié, saturé ou non saturé, qui contient de 1 à 5 atomes de carbone et qui peut être non substitué ou substitué avec un halogène, un hydroxy, un mercapto, un trifluoroalkyle ou un difluoroalkyle contenant de 1 à 3 atomes de carbone, un phénoxy ou un alkoxy contenant de 1 à 3 atomes de carbone; un phényle ou un phénylalkyle contenant de 1 à 3 atomes de carbone dans la partie alkyle, ou un sel physiologiquement acceptable de ce même composé. Ledit composé sert à la fabrication d'un médicament pour la maîtrise thérapeutique ou prophylactique ou le traitement d'infections causées par un rétrovirus, tel que notamment l'HIV, ou par le virus de l'hépatite B chez l'animal et chez l'homme, et à un procédé pour ce même traitement.