5-(trideuteromethyl)-3′,5′-(tert-butyl-dimethylsilyl)-2′-deoxyuridine | 1280736-10-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-(trideuteromethyl)-3′,5′-(tert-butyl-dimethylsilyl)-2′-deoxyuridine
• 英文别名: 3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-5-([D3]methyl)-2'-deoxyuridine；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-(trideuteriomethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1280736-10-8
• 化学式: C₂₂H₄₂N₂O₅Si₂
• 分子量: 473.733
• InChiKey: DDLOCFSZSYGOPG-GWJWMNCJSA-N

物化性质

• 溶解度：
  可溶于二氯甲烷、乙酸乙酯、甲醇

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.54
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  77.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(trideuteromethyl)-3′,5′-(tert-butyl-dimethylsilyl)-2′-deoxyuridine 在 ammonium deuteroxide 、 三乙胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-5-([D3]methyl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  蒽醌敏感的DNA中5-甲基胞嘧啶的光氧化导致哌啶诱导的有效链切割。

  摘要：

  通过蒽醌（AQ）衍生物的敏化作用，研究了5-甲基-2'-脱氧胞苷（d m C）和5-三甲基叔甲基-2-2'-脱氧胞苷（[D 3 ] d m C）的单电子光氧化作用。含有d m C和蒽醌2-磺酸盐（AQS）的充气水溶液的光辐照可产生高产率的5-甲酰基-2'-脱氧胞苷（d f C）和5-羟甲基-2'-脱氧胞苷（d hm C）。初始的单电子氧化过程。关于d的AQS-光敏氧化氘同位素效应米Ç表明，在d的光敏氧化速率决定步骤米C涉及ad m C-四氧化物中间产物的C5-氢原子的内部转移，从而产生d f C和d hmC。对于包含5-甲基胞嘧啶（m C）的双链DNA与AQ发色团结合在一起的情况m C进入DNA链的主链以便固定在特定位置，通过光激发AQ对m C进行有效的直接单电子氧化，从而导致目标m处的唯一DNA链断裂热哌啶处理后的C位。根据在类似的AQ光敏化中观察到的抑制5-triuteruterio-

  DOI：

  10.1002/chem.201001884
• 作为产物：
  描述：

  (Methyl-d3)magnesium iodide 、 2'-deoxy-3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-iodouridine 在 四(三苯基膦)钯 、 copper(I) bromide 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醚 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 5-(trideuteromethyl)-3′,5′-(tert-butyl-dimethylsilyl)-2′-deoxyuridine 、 3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  5-羟甲基胞嘧啶、5-甲酰胞嘧啶和 5-羧基胞嘧啶的脱氨基、氧化和 C-C 键裂解反应

  摘要：

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC

  DOI：

  10.1021/ja403229y

文献信息

• Deamination, Oxidation, and C–C Bond Cleavage Reactivity of 5-Hydroxymethylcytosine, 5-Formylcytosine, and 5-Carboxycytosine
  作者：Stefan Schiesser、Toni Pfaffeneder、Keyarash Sadeghian、Benjamin Hackner、Barbara Steigenberger、Arne S. Schröder、Jessica Steinbacher、Gengo Kashiwazaki、Georg Höfner、Klaus T. Wanner、Christian Ochsenfeld、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ja403229y

  日期：2013.10.2

  of high concentration of thiols and are acid catalyzed. While hmdC dehydroxymethylates very slowly, fdC and especially cadC react considerably faster to dC. Thiols are active site residues in many DNA modifiying enzymes indicating that such enzymes could play a role in an alternative active DNA demethylation mechanism via deformylation of fdC or decarboxylation of cadC. Quantum-chemical calculations

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC
• Anthraquinone-Sensitized Photooxidation of 5-Methylcytosine in DNA Leading to Piperidine-Induced Efficient Strand Cleavage
  作者：Hisatsugu Yamada、Yuya Kitauchi、Kazuhito Tanabe、Takeo Ito、Sei-ichi Nishimoto

  DOI：10.1002/chem.201001884

  日期：2011.2.11

  key elementary reaction in the photooxidative strand cleavage at the mC site. Incorporation of an AQ sensitizer into the interior of a strand of the duplex enhanced the one‐electron photooxidation of mC, presumably because of an increased intersystem crossing efficiency that may lead to efficient piperidine‐induced strand cleavage at an mC site in a DNA duplex.

  通过蒽醌（AQ）衍生物的敏化作用，研究了5-甲基-2'-脱氧胞苷（d m C）和5-三甲基叔甲基-2-2'-脱氧胞苷（[D 3 ] d m C）的单电子光氧化作用。含有d m C和蒽醌2-磺酸盐（AQS）的充气水溶液的光辐照可产生高产率的5-甲酰基-2'-脱氧胞苷（d f C）和5-羟甲基-2'-脱氧胞苷（d hm C）。初始的单电子氧化过程。关于d的AQS-光敏氧化氘同位素效应米Ç表明，在d的光敏氧化速率决定步骤米C涉及ad m C-四氧化物中间产物的C5-氢原子的内部转移，从而产生d f C和d hmC。对于包含5-甲基胞嘧啶（m C）的双链DNA与AQ发色团结合在一起的情况m C进入DNA链的主链以便固定在特定位置，通过光激发AQ对m C进行有效的直接单电子氧化，从而导致目标m处的唯一DNA链断裂热哌啶处理后的C位。根据在类似的AQ光敏化中观察到的抑制5-triuteruterio-