N³-benzyloxymethyl-5-methyluridine | 165381-68-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N³-benzyloxymethyl-5-methyluridine
• 英文别名: N-3-benzyloxymethyl-5-methyluridine；3-benzyloxymethyl-5-methyluridine；N3-(benzyloxy)methyl-5-methyluridine；N3-benzyloxymethyl-5-methyluridine；1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methyl-3-(phenylmethoxymethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 165381-68-0
• 化学式: C₁₈H₂₂N₂O₇
• 分子量: 378.382
• InChiKey: HMCPKVKDIXXTEF-KCYZZUKISA-N

物化性质

• 沸点：
  593.6±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.436±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  120
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N³-benzyloxymethyl-5-methyluridine 在 palladium on activated charcoal 4-二甲氨基吡啶 、 氢气 、 sodium hydride 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 20.0 ℃ 、206.85 kPa 条件下， 反应 65.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(dimethylamino)-2-oxoethyl]-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  2'-O- [2-（氨基）-2-氧代乙基]寡核苷酸。

  摘要：

  [结构：见正文]具有新颖修饰的寡核苷酸，2'-O- [2-（氨基）-2-氧代乙基]（2'-O-NAc），2'-O- [2-（甲基氨基）-2-氧代乙基]（2'-O-NMAc），2'-O- [2-（二甲基氨基）-2-氧代乙基]（2'-O-DMAc）和2'-O- [2-[[2-（已经合成了[二甲基氨基）乙基]氨基] -2-氧代乙基]（2'-O-DMAEAc）。这些修饰的寡核苷酸显示出对互补RNA（而非DNA）的高结合亲和力，并在t（1/2）> 24 h时大大增强了寡核苷酸的核酸酶稳定性。

  DOI：

  10.1021/ol027131k
• 作为产物：
  描述：

  benzyl-chloromethyl ether 、 5-甲基尿甙 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 N³-benzyloxymethyl-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  Regioselective synthesis of 2′-O-modified nucleosides

  摘要：

  本发明揭示了在核苷和核苷类似物的2'-羟基位置上进行选择性烷基化而不是在3'-羟基位置上进行的方法，形成2'-O-酯修饰化合物。对2'-O-酯的还原和衍生化提供了对合成寡聚合物化合物具有改善的杂交亲和性和核酸酶抗性的2'-O-修饰核苷和核苷类似物。

  公开号：

  US06403779B1

文献信息

• Regioselective synthesis of 2'-O-modified nucleosides
  申请人：——

  公开号：US20030078415A1

  公开（公告）日：2003-04-24

  Methods for the regioselective alkylation at the 2′-hydroxy position over the 3′-hydroxy position of nucleosides and nucleoside analogs, forming 2′-O-ester modified compounds, are disclosed. Reduction and derivatization of the 2′-O-ester provides 2′-O-modified nucleosides and nucleoside analogs useful for the synthesis of oligomeric compounds having improved hybridization affinity and nuclease resistance.

  本文揭示了在核苷和核苷类似物的2'-羟基位置上进行区域选择性烷基化的方法，而不是在3'-羟基位置上进行烷基化，形成2'-O-酯修饰化合物。对2'-O-酯的还原和衍生化提供了有用的2'-O-修饰核苷和核苷类似物，用于合成具有改善的杂交亲和力和核酸酶抵抗力的寡聚物化合物。
• Amine-derivatized nucleosides and oligonucleosides
  申请人：ISIS Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US07037646B1

  公开（公告）日：2006-05-02

  Nucleosides and oligonucleosides functionalized to include alkylamino functionality, and derivatives thereof. In certain embodiments, the compounds of the invention further include steroids, reporter molecules, reporter enzymes, lipophilic molecules, peptides or proteins attached to the nucleosides through the alkylamino group.

  核苷和寡核苷酸功能化以包括烷基氨基功能，以及其衍生物。在某些实施例中，本发明化合物进一步包括通过烷基氨基基团连接到核苷中的类固醇、报告分子、报告酶、亲脂性分子、肽或蛋白质。
• Generation of 4′-Carbon Radicals via 1,5-Hydrogen Atom Transfer for the Synthesis of Bridged Nucleosides
  作者：Yuta Ito、Koichi Mizuno、Sanae Sumise、Airi Kimura、Nozomi Noguchi、Yasufumi Fuchi、Yoshiyuki Hari

  DOI：10.1021/acs.orglett.2c03285

  日期：2022.10.21

  The rapid and facile generation of 4′-carbon radicals from oxime imidates of nucleosides via 1,5-hydrogen atom transfer induced by iminyl radicals was developed. The cyclization of 4′-carbon radicals with olefins, followed by the hydrolysis of imidate residues, provided various 2′-O,4′-C- and 3′-O,4′-C-bridged nucleosides. This operationally simple approach can be applied to the few-step syntheses

  开发了通过亚胺基自由基诱导的 1,5-氢原子转移从核苷的肟亚胺酸酯快速简便地生成 4'-碳自由基。4'-碳自由基与烯烃环化，随后亚胺酸酯残基水解，提供各种 2'- O ,4'- C - 和 3'- O ,4'- C -桥接核苷。这种操作简单的方法可应用于 6' S -methyl-2'- O ,4'- C -ethylene-bridged 5-methyluridine (6' S -Me-ENA-T) 和S -的几步合成限制性乙基桥连 5-甲基尿苷 ( S -cEt-T)。
• An efficient method for the synthesis of 2′-O-modified nucleosides via double alkylation using cyclic sulfates
  作者：Allister S. Fraser、Andrew M. Kawasaki、Michael E. Jung、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1016/s0040-4039(99)02329-1

  日期：2000.3

  The alkylation of N-3-benzyloxymethyl-5-methyluridine with 1,3,2-dioxathiolane 2,2-dioxide or 1,3,2-dioxathiane 2,2-dioxide resulted in a 2'-O versus 3'-O selectivity of 3:1, respectively. The resulting product has a built-in sulfate leaving group at the terminal end of an ethyl or propyl carbon chain, which can be displaced with sulfur and nitrogen nucleophiles to produce modifications at the 2'-O or 3'-O positions. (C) 2000 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.
• Zwitterionic oligonucleotides with 2′-O-[3-(N,N-dimethylamino)propyl]-RNA modification: synthesis and properties
  作者：Thazha P. Prakash、Muthiah Manoharan、Allister S. Fraser、Andrew M. Kawasaki、Elena A. Lesnik、Stephen R. Owens

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)00703-6

  日期：2000.6

  A novel 2'-modification, 2'-O-[3-(N,N-dimethylamino)propyl] or 2'-O-DMAP, has been incorporated into oligonucleotides and compared to the known 2'-O-(3-aminopropyl) or 2'-O-AP modification for antisense properties. The 2'-O-DMAP modified oligonucleotides exhibit very high nuclease resistance like the 2'-O-AP modification due to the 'charge effect' and maintain high binding affinity to target RNA relative to known modifications when a few 2'-O-DMAP residues are dispersed throughout the oligonucleotide. (C) 2000 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.