methyl (2S)-2-[(1H-indol-3-ylacetyl)amino]-3-phenylpropanoate | 1060809-98-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: methyl (2S)-2-[(1H-indol-3-ylacetyl)amino]-3-phenylpropanoate
• 英文别名: 2-(1H-indol-3-yl)acetyl-(L)Phe-OMe；IAA-L-Phe-OMe；methyl (2S)-2-[[2-(1H-indol-3-yl)acetyl]amino]-3-phenylpropanoate
• CAS: 1060809-98-4
• 化学式: C₂₀H₂₀N₂O₃
• 分子量: 336.39
• InChiKey: GEGAFQZCVUOFHP-SFHVURJKSA-N

物化性质

• 沸点：
  599.6±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.240±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.1
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.2
• 拓扑面积：
  71.2
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl (2S)-2-[(1H-indol-3-ylacetyl)amino]-3-phenylpropanoate 在 N,N-二异丙基乙胺 、 lithium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 12.33h， 生成 (S)-2-(2-(1H-indol-3-yl)acetamido)-N-((1H-indol-4-yl)methyl)-3-phenylpropanamide
  参考文献：
  名称：

  HIV-1 衣壳靶向抗病毒药物 PF74 的化学分析。

  摘要：

  HIV-1 的衣壳蛋白 (CA) 通过组装成功能性衣壳核心、控制脱壳和进入核的动力学以及与各种宿主因子相互作用，在病毒复制周期的多个步骤中发挥重要作用。靶向 CA 是一种有吸引力但尚未开发的抗病毒方法。在所有已知的靶向 CA 的小分子化学型中，拟肽 PF74 特别有趣，因为它与一些重要宿主因子使用的相同口袋结合，从而产生非常理想的抗病毒表型。然而，PF74 的进一步开发需要了解其药效团并减轻其较差的代谢稳定性。我们在此报告设计、合成、和评估大量 PF74 类似物，旨在提供 PF74 的全面化学分析，并促进对其详细结合机制和药效团的理解。分析了主要在苯胺结构域和/或吲哚结构域中包含结构变异的类似物对 CA 六聚体稳定性、抗病毒活性和细胞毒性的影响。还测试了选定的类似物在肝微粒体中的代谢稳定性，单独或在 CYP3A 抑制剂存在的情况下。总的来说，我们的研究确定了重要的药效团元素并揭示了 PF74

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2020.112427
• 作为产物：
  描述：

  3-吲哚乙酸 、 L-苯丙氨酸甲酯盐酸盐 在 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以95%的产率得到methyl (2S)-2-[(1H-indol-3-ylacetyl)amino]-3-phenylpropanoate
  参考文献：
  名称：

  合成生长素-氨基酸缀合物的制备

  摘要：

  摘要 生长素酰胺结合物是最重要的生长素、吲哚-3-乙酸 (IAA) 的调节剂，IAA 被认为负责植物内的许多重要过程。在此，IAA 的酰胺缀合物在 1-羟基苯并三唑的存在下，采用一种简单有效的偶联方法与 WSCI·HCl（一种水溶性缩合剂）合成。具有 10 个氨基酸的 IAA 缀合物及其相应的甲酯以优异的产率制备，高达 95%，旨在促进它们在植物物种中的鉴定。八种 IAA-氨基酸甲酯结合物首次在此得到表征。图形概要

  DOI：

  10.1080/00397911.2019.1605446

文献信息

• Preparation of synthetic auxin-amino acid conjugates
  作者：Panagiota-Kyriaki Revelou、Violetta Constantinou-Kokotou

  DOI：10.1080/00397911.2019.1605446

  日期：2019.7.3

  the most important auxin, indole-3-acetic acid (IAA), which is considered responsible for many important processes within the plants. Herein, amide conjugates of IAA were synthesized employing a simple and efficient coupling method with WSCI·HCl, a water-soluble condensing reagent, in the presence of 1-hydroxybenzotriazole. IAA conjugates with 10 amino acids along with their corresponding methyl esters

  摘要 生长素酰胺结合物是最重要的生长素、吲哚-3-乙酸 (IAA) 的调节剂，IAA 被认为负责植物内的许多重要过程。在此，IAA 的酰胺缀合物在 1-羟基苯并三唑的存在下，采用一种简单有效的偶联方法与 WSCI·HCl（一种水溶性缩合剂）合成。具有 10 个氨基酸的 IAA 缀合物及其相应的甲酯以优异的产率制备，高达 95%，旨在促进它们在植物物种中的鉴定。八种 IAA-氨基酸甲酯结合物首次在此得到表征。图形概要
• Microplate-Based Assay for Identifying Small Molecules That Bind a Specific Intersubunit Interface within the Assembled HIV-1 Capsid
  作者：Upul D. Halambage、Jason P. Wong、Bruce J. Melancon、Craig W. Lindsley、Christopher Aiken

  DOI：10.1128/aac.00646-15

  日期：2015.9

  Despite the availability of >30 effective drugs for managing HIV-1 infection, no current therapy is curative, and long-term management is challenging owing to the emergence and spread of drug-resistant mutants. Identification of drugs against novel HIV-1 targets would expand the current treatment options and help to control resistance. The highly conserved HIV-1 capsid protein represents an attractive target because of its multiple roles in replication of the virus. However, the low antiviral potencies of the reported HIV-1 capsid–targeting inhibitors render them unattractive for therapeutic development. To facilitate the identification of more-potent HIV-1 capsid inhibitors, we developed a scintillation proximity assay to screen for small molecules that target a biologically active and specific intersubunit interface in the HIV-1 capsid. The assay, which is based on competitive displacement of a known capsid-binding small-molecule inhibitor, exhibited a signal-to-noise ratio of >9 and a Z factor of >0.8. In a pilot screen of a chemical library containing 2,400 druglike compounds, we obtained a hit rate of 1.8%. This assay has properties that are suitable for screening large compound libraries to identify novel HIV-1 capsid ligands with antiviral activity.

  摘要 尽管目前已有 30 种有效的药物可用于控制 HIV-1 感染，但目前的任何疗法都无法根治，而且由于耐药性突变体的出现和传播，长期管理也面临挑战。确定针对新型 HIV-1 靶点的药物将扩大目前的治疗选择范围，并有助于控制耐药性。高度保守的 HIV-1 外壳蛋白是一个具有吸引力的靶点，因为它在病毒复制过程中发挥着多重作用。然而，已报道的 HIV-1 荚膜靶向抑制剂的抗病毒效力较低，使其在治疗开发方面缺乏吸引力。为了便于鉴定更有效的 HIV-1 荚膜抑制剂，我们开发了一种闪烁接近测定法，以筛选针对 HIV-1 荚膜中具有生物活性的特定亚基间界面的小分子。该测定法基于对已知噬菌体结合小分子抑制剂的竞争性置换，其信噪比为9，Z因子为0.8。在对包含 2,400 种类药化合物的化学库进行的试验筛选中，我们获得了 1.8% 的命中率。这种检测方法的特性适用于筛选大型化合物库，以确定具有抗病毒活性的新型 HIV-1 荚膜配体。
• Late-Stage Diversification of Peptides by Metal-Free CH Arylation
  作者：Yingjun Zhu、Michaela Bauer、Jasper Ploog、Lutz Ackermann

  DOI：10.1002/chem.201404603

  日期：2014.10.6

  The bioorthogonal late‐stage diversification of functionalized oligopeptides was accomplished through a metal‐free, site‐selective CH arylation of engineered indole derivatives under mild reaction conditions.

  通过在温和的反应条件下，对工程化的吲哚衍生物进行无金属，位点选择性的C lation芳基化，可以实现功能化寡肽的生物正交后期多样化。
• Chemical profiling of HIV-1 capsid-targeting antiviral PF74
  作者：Lei Wang、Mary C. Casey、Sanjeev Kumar V. Vernekar、Ha T. Do、Rajkumar Lalji Sahani、Karen A. Kirby、Haijuan Du、Atsuko Hachiya、Huanchun Zhang、Philip R. Tedbury、Jiashu Xie、Stefan G. Sarafianos、Zhengqiang Wang

  DOI：10.1016/j.ejmech.2020.112427

  日期：2020.8

  herein the design, synthesis, and evaluation of a large number of PF74 analogs aiming to provide a comprehensive chemical profiling of PF74 and advance the understanding on its detailed binding mechanism and pharmacophore. The analogs, containing structural variations mainly in the aniline domain and/or the indole domain, were assayed for their effect on stability of CA hexamers, antiviral activity,

  HIV-1 的衣壳蛋白 (CA) 通过组装成功能性衣壳核心、控制脱壳和进入核的动力学以及与各种宿主因子相互作用，在病毒复制周期的多个步骤中发挥重要作用。靶向 CA 是一种有吸引力但尚未开发的抗病毒方法。在所有已知的靶向 CA 的小分子化学型中，拟肽 PF74 特别有趣，因为它与一些重要宿主因子使用的相同口袋结合，从而产生非常理想的抗病毒表型。然而，PF74 的进一步开发需要了解其药效团并减轻其较差的代谢稳定性。我们在此报告设计、合成、和评估大量 PF74 类似物，旨在提供 PF74 的全面化学分析，并促进对其详细结合机制和药效团的理解。分析了主要在苯胺结构域和/或吲哚结构域中包含结构变异的类似物对 CA 六聚体稳定性、抗病毒活性和细胞毒性的影响。还测试了选定的类似物在肝微粒体中的代谢稳定性，单独或在 CYP3A 抑制剂存在的情况下。总的来说，我们的研究确定了重要的药效团元素并揭示了 PF74
• Design, Synthesis and Characterization of HIV-1 CA-Targeting Small Molecules: Conformational Restriction of PF74
  作者：Rajkumar Lalji Sahani、Raquel Diana-Rivero、Sanjeev Kumar V. Vernekar、Lei Wang、Haijuan Du、Huanchun Zhang、Andres Emanuelli Castaner、Mary C. Casey、Karen A. Kirby、Philip R. Tedbury、Jiashu Xie、Stefan G. Sarafianos、Zhengqiang Wang

  DOI：10.3390/v13030479

  日期：——

  Small molecules targeting the PF74 binding site of the HIV-1 capsid protein (CA) confer potent and mechanistically unique antiviral activities. Structural modifications of PF74 could further the understanding of ligand binding modes, diversify ligand chemical classes, and allow identification of new variants with balanced antiviral activity and metabolic stability. In the current work, we designed

  靶向 HIV-1 衣壳蛋白 (CA) 的 PF74 结合位点的小分子具有强大且机械独特的抗病毒活性。PF74 的结构修饰可以进一步了解配体结合模式，使配体化学类别多样化，并允许鉴定具有平衡抗病毒活性和代谢稳定性的新变体。在目前的工作中，我们设计并合成了三个系列的 PF74 样类似物，在苯胺末端或苯丙氨酸甲酰胺部分具有构象限制，并使用生物物理热位移测定 (TSA)、基于细胞的抗病毒和细胞毒性测定对其进行表征，以及在人和小鼠肝微粒体中的体外代谢稳定性测定。这些研究表明，苯丙氨酸甲酰胺部分被吡啶或咪唑环取代的两个系列可以提供可行的命中。随后的 SAR 确定了改进的模拟15有效抑制 HIV-1 (EC 50 = 0.31 μM)，强烈稳定 CA 六聚体 (ΔTm = 8.7 °C)，并表现出显着增强的代谢稳定性（t 1/2 = 27 min for 15 vs. 0.7 min for PF74）