基于MMP-3的X射线晶体结构,建立了明胶酶催化域(MMP-9和-2)的三维模型。通过模拟退火与两种强效“探针”
抑制剂复合的每种明胶酶模型,探索了形成S1'亚位点下半部分,但显示其他MMP晶体结构之间构象多样性的环段构象。基于环与探针
抑制剂的形状互补性,从产生的构象组中为每种明胶酶选择了代表性的催化结构域模型。选择用于MMP-9的单一模型来解释我们新型磺酰胺
抑制剂的构效关系。复杂模型的分子动力学(MD)模拟显示了我们
抑制剂的结合机理的重要特征:(i)与催化
锌离子配位的
配体羧酸根和与Glu219侧链的氢键,(ii)磺酰基之一氧与主链NHs(Leu181和Ala182)形成氢键,(iii)磺酰基取代基与S1'亚位广泛疏
水接触。磺酰胺CNSC扭转专有采用的gauche构型在通过适当地将取代基导入S1'亚位点来实现第三结合特征方面发挥着重要作用。根据磺酰基取代基的笔直伸长,抑制活性的提高归因于取代