methyl 3-(1H-indol-6-ylmethyl)benzoate | 1322716-88-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: methyl 3-(1H-indol-6-ylmethyl)benzoate
• CAS: 1322716-88-0
• 化学式: C₁₇H₁₅NO₂
• 分子量: 265.312
• InChiKey: RMXXZOZMCAKWPY-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.7
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.12
• 拓扑面积：
  42.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  2

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 3-(1H-indol-6-ylmethyl)benzoate 在 copper(I) oxide 、 水 、 potassium hydroxide 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 27.0h， 生成 3-((1-(3-methoxyphenyl)-1H-indol-6-yl)methyl)benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  开发吲哚化合物作为靶向 HIV-1 糖蛋白 41 的小分子融合抑制剂

  摘要：

  融合的非肽抑制仍然是抗 HIV 研究的一个重要目标，因为它具有低成本预防或预防病毒细胞间传播的潜力。我们在此报告了一系列已通过基于结构的药物设计方法鉴定为 gp41 融合抑制剂的吲哚化合物。化合物对疏水袋的实验结合亲和力与融合抑制数据密切相关 ( R 2= 0.91），相应的病毒复制抑制证实了疏水袋是低分子量融合抑制剂的有效靶点。最活跃的化合物与疏水袋结合，并以亚微摩尔水平抑制细胞 - 细胞融合和病毒复制。通过使用蛋白质数据库中的 gp41 结构进行对接研究，建立了该系列抑制剂的常见结合模式。分子足够灵活以符合口袋的轮廓，最活跃的化合物能够采用模拟 D 肽 PIE7 疏水接触的结构。结果增强了我们对吲哚化合物作为 gp41 抑制剂的理解。

  DOI：

  10.1021/jm200791z
• 作为产物：
  描述：

  3-(溴甲基)苯甲酸甲酯 、 吲哚-6-硼酸 在 四(三苯基膦)钯 、 potassium carbonate 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 4.0h， 以67%的产率得到methyl 3-(1H-indol-6-ylmethyl)benzoate
  参考文献：
  名称：

  开发吲哚化合物作为靶向 HIV-1 糖蛋白 41 的小分子融合抑制剂

  摘要：

  融合的非肽抑制仍然是抗 HIV 研究的一个重要目标，因为它具有低成本预防或预防病毒细胞间传播的潜力。我们在此报告了一系列已通过基于结构的药物设计方法鉴定为 gp41 融合抑制剂的吲哚化合物。化合物对疏水袋的实验结合亲和力与融合抑制数据密切相关 ( R 2= 0.91），相应的病毒复制抑制证实了疏水袋是低分子量融合抑制剂的有效靶点。最活跃的化合物与疏水袋结合，并以亚微摩尔水平抑制细胞 - 细胞融合和病毒复制。通过使用蛋白质数据库中的 gp41 结构进行对接研究，建立了该系列抑制剂的常见结合模式。分子足够灵活以符合口袋的轮廓，最活跃的化合物能够采用模拟 D 肽 PIE7 疏水接触的结构。结果增强了我们对吲哚化合物作为 gp41 抑制剂的理解。

  DOI：

  10.1021/jm200791z

文献信息

• HIV-1 FUSION INHIBITORS AND METHODS
  申请人：Gochin Miriam

  公开号：US20110190343A1

  公开（公告）日：2011-08-04

  A new series of HIV-1 fusion inhibitors and methods of use are disclosed. The compounds are based on a substituted indole, benzimidazole, indoline or isoindoline fragment. The compounds find use in inhibiting or preventing HIV fusion from occurring, thus inhibiting or preventing entry of viral RNA into host cells. The compounds may be useful towards other biological targets involving protein-protein interactions.

  本发明公开了一种新的HIV-1融合抑制剂系列及其使用方法。这些化合物基于取代的吲哚、苯并咪唑、吲哚啉或异吲哚啉片段。这些化合物可用于抑制或预防HIV融合的发生，从而抑制或预防病毒RNA进入宿主细胞。这些化合物可能对涉及蛋白质相互作用的其他生物靶点有用。
• HIV-1 fusion inhibitors and methods
  申请人：Gochin Miriam

  公开号：US08455516B2

  公开（公告）日：2013-06-04

  A new series of HIV-1 fusion inhibitors and methods of use are disclosed. The compounds are based on a substituted indole, benzimidazole, indoline or isoindoline fragment. The compounds find use in inhibiting or preventing HIV fusion from occurring, thus inhibiting or preventing entry of viral RNA into host cells. The compounds may be useful towards other biological targets involving protein-protein interactions.

  本发明揭示了一种新的HIV-1融合抑制剂系列及其使用方法。这些化合物基于取代吲哚，苯并咪唑，吲哚啉或异吲哚啉片段。这些化合物可用于抑制或预防HIV融合的发生，从而抑制或预防病毒RNA进入宿主细胞。这些化合物可能对涉及蛋白质相互作用的其他生物靶标有用。
• Design, synthesis, and evaluation of indole compounds as novel inhibitors targeting Gp41
  作者：Guangyan Zhou、Dong Wu、Evan Hermel、Edina Balogh、Miriam Gochin

  DOI：10.1016/j.bmcl.2010.01.111

  日期：2010.3

  A series of indole ring containing compounds were designed based on the structure of the gp41 complex in the region of the hydrophobic pocket. These compounds were synthesized using a Suzuki Coupling reaction, and evaluated using a fluorescence binding assay and cell-cell fusion assay. The observed inhibition constant of compound 7 was 2.1 mu M, and the IC(50) for cell-cell fusion inhibition was 1.1 mu M. Assay data indicated that 7 is a promising lead compound for optimization into an effective low molecular weight fusion inhibitor. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• US8455516B2
  申请人：——

  公开号：US8455516B2

  公开（公告）日：2013-06-04
• Development of Indole Compounds as Small Molecule Fusion Inhibitors Targeting HIV-1 Glycoprotein-41
  作者：Guangyan Zhou、Dong Wu、Beth Snyder、Roger G. Ptak、Harmeet Kaur、Miriam Gochin

  DOI：10.1021/jm200791z

  日期：2011.10.27

  strongly correlated to fusion inhibitory data (R2 = 0.91), and corresponding inhibition of viral replication confirmed the hydrophobic pocket as a valid target for low molecular weight fusion inhibitors. The most active compound bound to the hydrophobic pocket and inhibited cell–cell fusion and viral replication at submicromolar levels. A common binding mode for the inhibitors in this series was established

  融合的非肽抑制仍然是抗 HIV 研究的一个重要目标，因为它具有低成本预防或预防病毒细胞间传播的潜力。我们在此报告了一系列已通过基于结构的药物设计方法鉴定为 gp41 融合抑制剂的吲哚化合物。化合物对疏水袋的实验结合亲和力与融合抑制数据密切相关 ( R 2= 0.91），相应的病毒复制抑制证实了疏水袋是低分子量融合抑制剂的有效靶点。最活跃的化合物与疏水袋结合，并以亚微摩尔水平抑制细胞 - 细胞融合和病毒复制。通过使用蛋白质数据库中的 gp41 结构进行对接研究，建立了该系列抑制剂的常见结合模式。分子足够灵活以符合口袋的轮廓，最活跃的化合物能够采用模拟 D 肽 PIE7 疏水接触的结构。结果增强了我们对吲哚化合物作为 gp41 抑制剂的理解。