(1S,2R,5R)-5-(5-chloro-4-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-(hydroxymethyl)cyclopent-3-ene-1,2-diol | 1415220-38-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡咯并嘧啶类
• 英文名称: (1S,2R,5R)-5-(5-chloro-4-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-(hydroxymethyl)cyclopent-3-ene-1,2-diol
• 英文别名: (1S,2R,5R)-5-(5-chloro-4-methylpyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-(hydroxymethyl)cyclopent-3-ene-1,2-diol
• CAS: 1415220-38-0
• 化学式: C₁₃H₁₄ClN₃O₃
• 分子量: 295.725
• InChiKey: OSYFUFHRVRNCKC-JLLWLGSASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  91.4
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  5-O-三苯甲基-2,3-O-异亚丙基-D-呋喃核糖 在 咪唑 、 RuCl2(1,3-dimesityl-imidazolidin-2-yl)(PCy3)(=CHPh) 、 盐酸 、 4-二甲氨基吡啶 、 正丁基锂 、 草酰氯 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 四丁基氟化铵 、 二甲基亚砜 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 45.75h， 生成 (1S,2R,5R)-5-(5-chloro-4-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-(hydroxymethyl)cyclopent-3-ene-1,2-diol
  参考文献：
  名称：

  基于结构的药物化学方法开发4-甲基-7-脱氮杂腺嘌呤碳环核苷作为抗HCV剂

  摘要：

  实施了基于结构的方法来设计和合理选择用于合成和抗HCV活性评估的分子。通过对氨基的生物等位取代，分析了先前发现的分子（I，II，III型）的系统结构与活性之间的关系，从而设计出了新的分子（IV型）。配体构象，结合模式研究和类药物性质是选择最终合成分子的主要决定因素。通过分叉的弱氢键（C–H…O），用甲基取代氨基恢复了与RNA模板（Tem 799）的相互作用。从分子建模研究中观察到，这是一个有趣的发现。发现6c –e具有抗HCV活性（37-46μM中的EC 50），而6a，6b和6g无活性。化合物6f（EC 50 28μM）是该系列中活性最高的化合物，但它也显示出一定的细胞毒性（CC 50 52.8μM）。除6f外，没有发现任何化合物具有细胞毒性（CC 50  > 100μM）。本研究公开了基于结构的方法用于新颖的抗HCV铅发现，并为铅优化开辟了未来的范围。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2012.09.072

文献信息

• Structure based medicinal chemistry approach to develop 4-methyl-7-deazaadenine carbocyclic nucleosides as anti-HCV agent
  作者：Anandarajan Thiyagarajan、Mohammed T.A. Salim、Tuniki Balaraju、Chandralata Bal、Masanori Baba、Ashoke Sharon

  DOI：10.1016/j.bmcl.2012.09.072

  日期：2012.12

  The structure-based approaches were implemented to design and rationally select the molecules for synthesis and anti-HCV activity evaluation. The systematic structure–activity relationships of previously discovered molecules (types I, II, III) were analyzed to design new molecules (type IV) by bioisosteric replacement of the amino group. The ligand conformation, binding mode studies and drug like properties

  实施了基于结构的方法来设计和合理选择用于合成和抗HCV活性评估的分子。通过对氨基的生物等位取代，分析了先前发现的分子（I，II，III型）的系统结构与活性之间的关系，从而设计出了新的分子（IV型）。配体构象，结合模式研究和类药物性质是选择最终合成分子的主要决定因素。通过分叉的弱氢键（C–H…O），用甲基取代氨基恢复了与RNA模板（Tem 799）的相互作用。从分子建模研究中观察到，这是一个有趣的发现。发现6c –e具有抗HCV活性（37-46μM中的EC 50），而6a，6b和6g无活性。化合物6f（EC 50 28μM）是该系列中活性最高的化合物，但它也显示出一定的细胞毒性（CC 50 52.8μM）。除6f外，没有发现任何化合物具有细胞毒性（CC 50  > 100μM）。本研究公开了基于结构的方法用于新颖的抗HCV铅发现，并为铅优化开辟了未来的范围。