(5S,8R,9S,11R)-9-hydroxy-6,31-dioxa-3,12,14,16-tetrazaoctacyclo[16.10.2.18,11.02,17.04,15.05,12.022,30.025,29]hentriaconta-1(28),2(17),3,15,18,20,22(30),23,25(29),26-decaen-13-one | 1415975-30-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 菲及其衍生物
• 英文名称: (5S,8R,9S,11R)-9-hydroxy-6,31-dioxa-3,12,14,16-tetrazaoctacyclo[16.10.2.18,11.02,17.04,15.05,12.022,30.025,29]hentriaconta-1(28),2(17),3,15,18,20,22(30),23,25(29),26-decaen-13-one
• CAS: 1415975-30-2
• 化学式: C₂₅H₁₈N₄O₄
• 分子量: 438.442
• InChiKey: GRKRCUBSHWYJAW-CJOFEGAYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.2
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  0
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  96.8
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  芘-4,5-二酮 、 5-amino-1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)cytosine 以 乙醇 为溶剂， 反应 4.0h， 以91%的产率得到(5S,8R,9S,11R)-9-hydroxy-6,31-dioxa-3,12,14,16-tetrazaoctacyclo[16.10.2.18,11.02,17.04,15.05,12.022,30.025,29]hentriaconta-1(28),2(17),3,15,18,20,22(30),23,25(29),26-decaen-13-one
  参考文献：
  名称：

  5'–6锁定的荧光核苷的合成和光物理性质†

  摘要：

  通过缩合各种1,2-二酮与 5-氨基-2'-脱氧胞苷。核苷在吡嗪核心结构上具有不同的取代基，范围从两个甲基到聚芳族环。确定了每个核苷的光物理性质，这些核苷显示出不同的吸收和发射最大值，消光系数和量子产率。具有最高荧光亮度的核苷被磷酸化，并通过自动寡核苷酸合成掺入寡核苷酸中。与THF中的核苷相比，水性缓冲液中的标记寡核苷酸显示出大大降低的消光系数和量子产率。还比较了在不同的DNA结构背景下，单链，14-mer双链体，14-mer双链体和11-mer突出端的核苷的光物理性质，以及在刻痕位点标记的25-mer刻痕双工。圆二色性和解链温度研究证明，核苷不会干扰或破坏DNA螺旋的稳定性。实际上，当掺入到切口位点时，发现核苷与其未修饰的对应物相比能够显着稳定切口的双链体。DNA中荧光核苷的亮度随其周围环境极性的降低而增加，在25-mer带切口的双链体中最高，其中通过堆叠到3'-和5'-上的相邻碱基而使

  DOI：

  10.1039/c2ob26536b