methyl 6-amino-1-(N,N-dimethylsulfamoyl)-2-[(2-thienylmethyl)amino]-1H-benzimidazole-5-carboxylate | 1402168-46-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并咪唑类
• 英文名称: methyl 6-amino-1-(N,N-dimethylsulfamoyl)-2-[(2-thienylmethyl)amino]-1H-benzimidazole-5-carboxylate
• CAS: 1402168-46-0
• 化学式: C₁₆H₁₉N₅O₄S₂
• 分子量: 409.49
• InChiKey: LDWSQHFTTQEWNC-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.73
• 重原子数：
  27.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  119.55
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 6-amino-1-(N,N-dimethylsulfamoyl)-2-[(2-thienylmethyl)amino]-1H-benzimidazole-5-carboxylate 在 氢溴酸 、 溶剂黄146 、 sodium nitrite 、 copper(I) bromide 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 2.0h， 以30%的产率得到methyl 6-bromo-1-(N,N-dimethylsulfamoyl)-2-[(2-thienylmethyl)amino]-1H-benzimidazole-5-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  Beyond Affinity: Enthalpy–Entropy Factorization Unravels Complexity of a Flat Structure–Activity Relationship for Inhibition of a tRNA-Modifying Enzyme

  摘要：

  Lead optimization focuses on binding-affinity improvement. If a flat structure activity relationship is detected, usually optimization strategies are abolished as unattractive. Nonetheless, as affinity is composed of an enthalpic and entropic contribution, factorization of both can unravel the complexity of a flat, on first sight tedious SAR. In such cases, the binding free energy of different ligands can be rather similar, but it can factorize into enthalpy and entropy distinctly. We investigated the thermodynamic signature of two classes of lin-benzopurines binding to tRNA-guanine transglycosylase. While the differences are hardly visible in the free energy, they involve striking enthalpic and entropic changes. Analyzing thermodynamics along with structural features revealed that one ligand set binds to the protein without inducing significant changes compared to the apo structure; however, the second series provokes complex adaptation, leading to a conformation similar to the substrate-bound state. In the latter state, a cross-talk between two pockets is suggested.

  DOI：

  10.1021/jm5006868
• 作为产物：
  描述：

  2-噻吩甲胺 在 溶剂黄146 、 三乙胺 、 锌 作用下， 以 水 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 7.0h， 生成 methyl 6-amino-1-(N,N-dimethylsulfamoyl)-2-[(2-thienylmethyl)amino]-1H-benzimidazole-5-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  从运动型发酵单胞菌tRNA-鸟嘌呤转糖基化酶的配体从林-苯鸟嘌呤到林-苯氧杂嘌呤：通过导入水团簇代替蛋白质-配体氢键

  摘要：

  食源性志贺菌病是由分泌高细胞毒性志贺毒素的志贺氏菌引起的，志贺菌毒素也由密切相关的肠出血性大肠杆菌（EHEC）形成。研究表明，tRNA-鸟嘌呤转糖基酶（TGT）对于弗氏志贺氏菌的致病性至关重要。这里，在一个鸟嘌呤结合口袋的分子识别性能运动发酵单胞TGT与一系列调查林-benzohypoxanthine-和林基于-benzoguanine-抑制剂带有取代基占据任一核糖-33或核糖-34的口袋。这三种抑制剂支架的不同之处在于C（6）处的取代基为H，NH2或NH烷基。这些差异导致抑制常数，p K a值和结合模式发生重大变化。相较于林-benzoguanines，用环外NH 2在C（6）中，林-benzohypoxanthines无环外NH 2基团具有亲和力较弱几个离子蛋白质-配体的氢键都将丢失。X射线共晶体结构分析表明，由于缺少NH 2基团和催化Asp102侧链的构象转移，新的水簇被引入到空缺

  DOI：

  10.1002/chem.201200809