3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine-2',3'-lactone | 178985-86-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 呋喃类
• 英文名称: 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine-2',3'-lactone
• 英文别名: 1-[(3aR,4S,6R,6aR)-4-(hydroxymethyl)-2-oxo-3a,4,6,6a-tetrahydro-3H-furo[2,3-c]furan-6-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 178985-86-9
• 化学式: C₁₁H₁₂N₂O₆
• 分子量: 268.226
• InChiKey: PSWYJKOJIXNPCI-SXILTZBTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.7
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-氨基腺苷酸 、 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine-2',3'-lactone 在 2-羟基吡啶 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 30.0h， 以82%的产率得到3'-deoxy-3'-[[N-(5'-deoxyadenosin-5'-yl)carbamoyl]methyl]uridine
  参考文献：
  名称：

  合成2'，3'融合的（3.3.0）γ-丁内酯-核苷并与氨基核苷偶合，得到酰胺连接的核苷酸-二聚体类似物

  摘要：

  易于（通过3'-酮）从2'，5'-双-O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）核苷获得的Wittigg产物的立体选择性加氢提供了2'，3'-融合的γ-丁内酯核苷的有效通道与5'-氨基-核苷（2-羟基吡啶催化）偶联，得到酰胺连接的核苷酸-二聚体类似物。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(96)00715-0
• 作为产物：
  描述：

  1-[2,5-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-deoxy-3-(ethoxycarbonyl)methylene-β-D-ribofuranosyl]uracil 在 palladium on activated charcoal 四丁基氟化铵 、 氢气 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 0.33h， 生成 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxyuridine-2',3'-lactone
  参考文献：
  名称：

  合成2'，3'融合的（3.3.0）γ-丁内酯-核苷并与氨基核苷偶合，得到酰胺连接的核苷酸-二聚体类似物

  摘要：

  易于（通过3'-酮）从2'，5'-双-O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）核苷获得的Wittigg产物的立体选择性加氢提供了2'，3'-融合的γ-丁内酯核苷的有效通道与5'-氨基-核苷（2-羟基吡啶催化）偶联，得到酰胺连接的核苷酸-二聚体类似物。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(96)00715-0

文献信息

• Amide-Linked Ribonucleoside Dimers Derived from 5‘-Amino-5‘-deoxy- and 3‘-(Carboxymethyl)-3‘-deoxynucleoside Precursors¹
  作者：Matt A. Peterson、Bradley L. Nilsson、Sanchita Sarker、Bogdan Doboszewski、Weijian Zhang、Morris J. Robins

  DOI：10.1021/jo9908647

  日期：1999.10.1

  Treatment of tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) derivatives of 3'-keto(adenosine or uridine) with [(ethoxycarbonyl)methylene]triphenylphosphorane gave exocyclic alkenes that underwent stereoselective hydrogenation to give 3'-deoxy-3'-[(ethoxycarbonyl)methyl](Ado or Urd) analogues. Saponification provided the 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxy(Ado and Urd) derivatives 37 and 38. Treatment of 37 or 38 with DCC and 5'-amino-2',3'-bis-O-TBDMS-5'-deoxynucleosides gave the amide-linked dimers (74-82%). Activation of 37 or 38 with 4-nitrophenol/DCC, and direct coupling of the 4-nitrophenyl esters with 5'-amino-5'-deoxy(Ado or Urd) in pyridine also produced amide dimers efficiently (65-70%). Analogous activation of a 5'-O-DMT-protected carboxylate, and its coupling with 5'-amino-5'-deoxy-2'-O-methyladenosine gave the amide dimer in good yield (74%). Coupling (DCC) of a 5'-azido-2'-O-TBDMS-3'-(carboxymethyl)-3', 5'-dideoxyuridine intermediate with 5'-amino-5'-deoxynucleosides gave amide-linked dimers (72-78%) that can serve as masked (azide reduction) 5'-amino dimers for analogous synthesis of extended amide-linked oligomers.