methyl (2R)-3-[(2,4-dioxo-1H-pyrimidin-5-yl)methylsulfanyl]-2-[[2-[[(2R)-3-[(2,4-dioxo-1H-pyrimidin-5-yl)methylsulfanyl]-2-[[2-[[2-(1,4,7,10-tetrazacyclododec-1-yl)acetyl]amino]acetyl]amino]propanoyl]amino]acetyl]amino]propanoate | 1338090-30-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: methyl (2R)-3-[(2,4-dioxo-1H-pyrimidin-5-yl)methylsulfanyl]-2-[[2-[[(2R)-3-[(2,4-dioxo-1H-pyrimidin-5-yl)methylsulfanyl]-2-[[2-[[2-(1,4,7,10-tetrazacyclododec-1-yl)acetyl]amino]acetyl]amino]propanoyl]amino]acetyl]amino]propanoate
• CAS: 1338090-30-4
• 化学式: C₃₁H₄₈N₁₂O₁₀S₂
• 分子量: 812.929
• InChiKey: OLHJHBUSOSGYOU-VXKWHMMOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.4
• 重原子数：
  55
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.58
• 拓扑面积：
  349
• 氢给体数：
  11
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 盐酸 、 甲醇 作用下， 生成 methyl (2R)-3-[(2,4-dioxo-1H-pyrimidin-5-yl)methylsulfanyl]-2-[[2-[[(2R)-3-[(2,4-dioxo-1H-pyrimidin-5-yl)methylsulfanyl]-2-[[2-[[2-(1,4,7,10-tetrazacyclododec-1-yl)acetyl]amino]acetyl]amino]propanoyl]amino]acetyl]amino]propanoate
  参考文献：
  名称：

  新型PNA类似物桥接的大环多胺对DNA的无金属裂解效率

  摘要：

  在本报告中，我们描述了具有新型肽核酸（PNA）类似基序的一类新的环素化合物的合成。制备目标双环素衍生物B，并通过ESI-MS，NMR和HPLC进行表征。通过热变性研究化合物B与小牛胸腺DNA之间的相互作用。结果表明，B的DNA结合亲和力强于单环化合物A，并且结合能力几乎不受离子强度变化的影响。琼脂糖和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳用于评估DNA裂解活性。大环多胺-PNA类似物共轭物B因为核酸酶模型可以在微摩尔浓度（10μM）下通过氧化途径有效切割DNA，而无需使用任何其他金属离子。同时，单环化合物A在相同条件下几乎没有DNA切割作用。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2011.07.097

文献信息

• Metal-free cleavage efficiency toward DNA by a novel PNA analog-bridged macrocyclic polyamine
  作者：Ming-Qi Wang、Ji Zhang、Yu Zhang、Da-Wei Zhang、Qiang Liu、Jun-Liang Liu、Hong-Hui Lin、Xiao-Qi Yu

  DOI：10.1016/j.bmcl.2011.07.097

  日期：2011.10

  change of ionic strength. Agarose and denaturing polyacrylamide gel electrophoresis were used to assess the DNA cleavage activities. The macrocyclic polyamine-PNA analog conjugate B as a nuclease model can effectively cleave DNA via an oxidative pathway at micromolar concentration (10 μM) without the use of any additional metal ions. Meanwhile, the mono-cyclen compound A shows nearly no DNA cleavage effect

  在本报告中，我们描述了具有新型肽核酸（PNA）类似基序的一类新的环素化合物的合成。制备目标双环素衍生物B，并通过ESI-MS，NMR和HPLC进行表征。通过热变性研究化合物B与小牛胸腺DNA之间的相互作用。结果表明，B的DNA结合亲和力强于单环化合物A，并且结合能力几乎不受离子强度变化的影响。琼脂糖和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳用于评估DNA裂解活性。大环多胺-PNA类似物共轭物B因为核酸酶模型可以在微摩尔浓度（10μM）下通过氧化途径有效切割DNA，而无需使用任何其他金属离子。同时，单环化合物A在相同条件下几乎没有DNA切割作用。