为了阐明羧肽酶Y,Fmoc-(Glu)n Ala-OH(n = 1至6),Fmoc-(Glu)n Ala-NH2(1至5)和
Fmoc-Lys(Glu)的底物识别机制合成了3Ala-NH2,并测量了这些底物的动力学参数。Fmoc肽的Km随肽长度从n = 1增加到n = 5而显着降低,而kcat仅有微小变化。Fmoc-(Glu)(5,6)Ala-OH的Km与先前描述的蛋白质底物的Km几乎相同(Nakase等,Bull。Chem。Soc。Jpn。,73,2587-2590)。这些结果表明该酶具有六个亚位点(S1'和S1-S5)。由Km计算的每个子位点亲和力揭示了子位点的性质,并且根据pH 6.5和5.0之间的子位点亲和力的差异,可以预测每个子位点中的残基。对于Fmoc肽酰胺底物,酰胺酶和羧酰胺肽酶活性的优先级取决于底物。肽的侧链与亚位点之间的相互作用很可能弥补了P1'-S1'相互作用的缺乏,因此