1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-4-{[(di(n-butyl)amino)methylidene]amino}-3-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine | 1332499-30-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡唑并嘧啶类
• 英文名称: 1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-4-{[(di(n-butyl)amino)methylidene]amino}-3-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine
• 英文别名: N,N-dibutyl-N'-[1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-3-(2-phenylethyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]methanimidamide
• CAS: 1332499-30-5
• 化学式: C₂₇H₃₈N₆O₃
• 分子量: 494.637
• InChiKey: DTEPJAPETVWWNI-RBZQAINGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.3
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  109
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-4-{[(di(n-butyl)amino)methylidene]amino}-3-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine 在 吡啶 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 1-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-4-{[(di(n-butyl)amino)methylidene]amino}-3-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-3'-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite]
  参考文献：
  名称：

  A novel strategy of chemical modification for rate enhancement of 10–23 DNAzyme: a combination of A9 position and 8-aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine analogs

  摘要：

  在二价金属离子的帮助下，10-23 DNAzyme 切割 RNA。对其催化环进行化学修饰以制造更有效的酶一直是一个挑战。我们的策略从环中的五个 2-脱氧腺苷残基（A5、A9、A11、A12 和 A15）开始，基于 N7 原子在三级结构中形成氢键的能力。 8-Aza-7-deaza-2α-脱氧腺苷及其带有7个取代基的类似物（3-氨丙基、3-羟丙基或苯乙基）分别用来取代5个dA残基，它们对裂解率的影响为在单周转条件下进行评估。结果表明，5个dA残基的N7原子是催化活性所必需的，N8原子和7位取代基不利于10-23 DNAzyme的催化行为，但A9处的所有这些修饰都有利于活性。 。特别是，与相应的亲本相比，在 A9 位置具有 7-(3-氨基丙基)-8-aza-7-deaza-2â2-脱氧腺苷 (3) 的 DZ-3â9 的 kobs 增加了 12 倍10-23 DNA酶。 DZ-3-9 被认为以与 10-23 DNAzyme 相同的机制催化裂解反应，基于它们非常相似的 pH 依赖性和二价金属离子依赖性裂解模式。在 A9 位置引入功能基团被证明是一种成功且可行的方法，可实现更有效的 10-23 DNAzyme 类似物。

  DOI：

  10.1039/c1ob05065f
• 作为产物：
  描述：

  7-(2-Phenylethynyl)-8-aza-7-deazaadenine-2'deoxyadenosine 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-4-{[(di(n-butyl)amino)methylidene]amino}-3-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine
  参考文献：
  名称：

  A novel strategy of chemical modification for rate enhancement of 10–23 DNAzyme: a combination of A9 position and 8-aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine analogs

  摘要：

  在二价金属离子的帮助下，10-23 DNAzyme 切割 RNA。对其催化环进行化学修饰以制造更有效的酶一直是一个挑战。我们的策略从环中的五个 2-脱氧腺苷残基（A5、A9、A11、A12 和 A15）开始，基于 N7 原子在三级结构中形成氢键的能力。 8-Aza-7-deaza-2α-脱氧腺苷及其带有7个取代基的类似物（3-氨丙基、3-羟丙基或苯乙基）分别用来取代5个dA残基，它们对裂解率的影响为在单周转条件下进行评估。结果表明，5个dA残基的N7原子是催化活性所必需的，N8原子和7位取代基不利于10-23 DNAzyme的催化行为，但A9处的所有这些修饰都有利于活性。 。特别是，与相应的亲本相比，在 A9 位置具有 7-(3-氨基丙基)-8-aza-7-deaza-2â2-脱氧腺苷 (3) 的 DZ-3â9 的 kobs 增加了 12 倍10-23 DNA酶。 DZ-3-9 被认为以与 10-23 DNAzyme 相同的机制催化裂解反应，基于它们非常相似的 pH 依赖性和二价金属离子依赖性裂解模式。在 A9 位置引入功能基团被证明是一种成功且可行的方法，可实现更有效的 10-23 DNAzyme 类似物。

  DOI：

  10.1039/c1ob05065f

文献信息

• A novel strategy of chemical modification for rate enhancement of 10–23 DNAzyme: a combination of A9 position and 8-aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine analogs
  作者：Junlin He、Di Zhang、Qi Wang、Xia Wei、Maosheng Cheng、Keliang Liu

  DOI：10.1039/c1ob05065f

  日期：——

  With the help of a divalent-metal ion, 10–23 DNAzyme cleaves RNA. Chemical modification of its catalytic loop to make a more efficient enzyme has been a challenge. Our strategy started from its five 2′-deoxyadenosine residues (A5, A9, A11, A12, and A15) in the loop based on the capability of the N7 atom to form hydrogen bonds in tertiary structures. 8-Aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine and its analogs with 7-substituents (3-aminopropyl, 3-hydroxylpropyl, or phenethyl) were each used to replace five dA residues, respectively, and their effect on cleavage rate were evaluated under single-turnover conditions. The results indicated that the N7 atom of five dA residues were necessary for catalytic activity, and the N8 atom and 7-substituents were detrimental to the catalytic behavior of 10–23 DNAzyme, except that all these modifications at A9 were favourable for the activity. Especially, DZ-3–9 with 7-(3-aminopropyl)-8-aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine (3) at A9 position gave a 12- fold increase of kobs, compared to the corresponding parent 10–23 DNAzyme. DZ-3–9 was supposed to catalyze the cleavage reaction with the same mechanism as 10–23 DNAzyme based on their very similar pH-dependent and divalent metal ions-dependent cleavage patterns. Introduction of functional groups at A9 position was demonstrated to be a successful and feasible approach for more efficient 10–23 DNAzyme analogs.

  在二价金属离子的帮助下，10-23 DNAzyme 切割 RNA。对其催化环进行化学修饰以制造更有效的酶一直是一个挑战。我们的策略从环中的五个 2-脱氧腺苷残基（A5、A9、A11、A12 和 A15）开始，基于 N7 原子在三级结构中形成氢键的能力。 8-Aza-7-deaza-2α-脱氧腺苷及其带有7个取代基的类似物（3-氨丙基、3-羟丙基或苯乙基）分别用来取代5个dA残基，它们对裂解率的影响为在单周转条件下进行评估。结果表明，5个dA残基的N7原子是催化活性所必需的，N8原子和7位取代基不利于10-23 DNAzyme的催化行为，但A9处的所有这些修饰都有利于活性。 。特别是，与相应的亲本相比，在 A9 位置具有 7-(3-氨基丙基)-8-aza-7-deaza-2â2-脱氧腺苷 (3) 的 DZ-3â9 的 kobs 增加了 12 倍10-23 DNA酶。 DZ-3-9 被认为以与 10-23 DNAzyme 相同的机制催化裂解反应，基于它们非常相似的 pH 依赖性和二价金属离子依赖性裂解模式。在 A9 位置引入功能基团被证明是一种成功且可行的方法，可实现更有效的 10-23 DNAzyme 类似物。