N⁴-benzoyl-2'-O-(tert-butyldithiomethyl)cytidine | 931386-09-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N⁴-benzoyl-2'-O-(tert-butyldithiomethyl)cytidine
• CAS: 931386-09-3
• 化学式: C₂₁H₂₇N₃O₆S₂
• 分子量: 481.594
• InChiKey: XNABTHQYTBZFQC-KLICCBINSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.27
• 重原子数：
  32.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.48
• 拓扑面积：
  122.91
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-benzoyl-2'-O-(tert-butyldithiomethyl)cytidine 在 吡啶 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 N⁴-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-(tert-butyldithiomethyl)cytidine 3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  使用 2'-O-DTM 保护合成 RNA

  摘要：

  叔丁基二硫甲基 (DTM) 是一种新型的羟基保护基团，可在还原条件下裂解，被开发并应用于固相 RNA 合成过程中的 2'-OH 保护。此功能与寡核苷酸合成中使用的所有标准保护基团兼容，并允许快速、高产地合成 RNA。含有 2'-O-DTM 基团的寡核苷酸可以在尽可能温和的水性和均相条件下轻松脱保护。保留的 5'-O-DMTr 功能可用于高通量盒式 RNA 纯化。

  DOI：

  10.1021/ja0636587
• 作为产物：
  描述：

  N6-苯甲酰基-3',5'-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷二基腺苷 在 磺酰氯 、 3 Angstroem MS 、 乙酸酐 、 溶剂黄146 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 42.0h， 生成 N⁴-benzoyl-2'-O-(tert-butyldithiomethyl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  使用 2'-O-DTM 保护合成 RNA

  摘要：

  叔丁基二硫甲基 (DTM) 是一种新型的羟基保护基团，可在还原条件下裂解，被开发并应用于固相 RNA 合成过程中的 2'-OH 保护。此功能与寡核苷酸合成中使用的所有标准保护基团兼容，并允许快速、高产地合成 RNA。含有 2'-O-DTM 基团的寡核苷酸可以在尽可能温和的水性和均相条件下轻松脱保护。保留的 5'-O-DMTr 功能可用于高通量盒式 RNA 纯化。

  DOI：

  10.1021/ja0636587

文献信息

• [EN] 2'-MODIFIED NUCLEOSIDE BASED OLIGONUCLEOTIDE PRODRUGS<br/>[FR] PROMÉDICAMENTS OLIGONUCLÉOTIDIQUES À BASE DE NUCLÉOSIDES MODIFIÉS EN 2'
  申请人：[en]ALNYLAM PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：WO2022147223A2

  公开（公告）日：2022-07-07

  This invention relates to an oligonucleotide comprising one or more 2'-modified nucleosides, wherein the 2'-position of the nucleoside has a structure of formula (I). The invention also relates to a pharmaceutical composition comprising the oligonucleotide described herein and a method of reducing or inhibiting the expression of a target gene by administering to the subject a therapeutically effective amount of the oligonucleotide described herein. The invention also relates to a method of bioactivating an oligonucleotide comprising one or more 2'-modified nucleosides, wherein the 2'-position of the nucleoside is modified by a bio-cleavable linking group, wherein the bio-cleavable linking group comprises acetal, disulfide, carbamate, amide, sulfonamide, a biocleavable carbohydrate linker, or combinations thereof, said method comprising the step of: exposing the oligonucleotide to a physiological condition that causes the bio-cleavable linking group to be cleaved from the 2'-modified nucleoside, thereby regenerating the 2'-OH group of the nucleoside.