5'-O-(tert-butydiphenylsilyl)-3'-deoxy-3'-C-(iodomethyl)thymidine | 179015-84-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-(tert-butydiphenylsilyl)-3'-deoxy-3'-C-(iodomethyl)thymidine
• 英文别名: 3'-Deoxy-3'-iodomethyl-5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)thymidine；1-[(2R,4S,5S)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-4-(iodomethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 179015-84-0
• 化学式: C₂₇H₃₃IN₂O₄Si
• 分子量: 604.56
• InChiKey: VGKPOORFWBHNIU-AGILITTLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.76
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  67.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(tert-butydiphenylsilyl)-3'-deoxy-3'-C-(iodomethyl)thymidine 在 双(三甲基硅基)亚磷酸盐 、 triethylamine trifluoride 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 乙酸乙酯 为溶剂， 生成 3'-deoxy-3'-C-[(hydroxyphosphinyl)methyl]-5'-O-(4-methoxytrityl)thymidine triethylamine salt
  参考文献：
  名称：

  新型3'-C-亚甲基胸苷和5-甲基尿苷/胞苷H-膦酸酯和亚膦酸酯的合成，用于寡核苷酸的新骨架修饰。

  摘要：

  新型5'-O-DMT-和MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的胸苷，5-甲基尿苷和5-甲基胞苷H-膦酸酯1-7与O-甲基，氟，氢和O-（2通过一种新的有效策略，由相应的关键中间体3'-C-碘甲基核苷和中间体BTSP（通过Arbuzov反应原位制备）合成了2'-位的-甲氧基乙基）取代基。Arbuzov反应的修饰反应条件防止了DMT和MMT保护基的丢失，并直接提供了所需的5'-O-DMT-和/或MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的H-膦酸酯1 -6虽然在PC键形成后也通过操纵保护基制备了一些。3'-C-碘甲基-5-甲基胞嘧啶53的修饰Arbuzov反应 由其5-甲基尿苷衍生物42制备，并用BTSP提供5-甲基胞嘧啶H-膦酸酯54，将其进一步转移到相应的4-N-（N-甲基吡咯烷-2-亚基）-保护的H-膦酸酯单体7。5使用DCC作为偶联剂，将'-O-MMT保护的3'-C-亚甲基改性的H-膦酸酯5、3和7

  DOI：

  10.1021/jo001699u
• 作为产物：
  描述：

  1-[5-(tert-butyldiphenylsilyl)-2,3-dideoxy-3-C-(formyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]thymine 在 2,6-二甲基吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 甲基三苯氧基碘磷 作用下， 以 乙醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 5'-O-(tert-butydiphenylsilyl)-3'-deoxy-3'-C-(iodomethyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  新型3'-C-亚甲基胸苷和5-甲基尿苷/胞苷H-膦酸酯和亚膦酸酯的合成，用于寡核苷酸的新骨架修饰。

  摘要：

  新型5'-O-DMT-和MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的胸苷，5-甲基尿苷和5-甲基胞苷H-膦酸酯1-7与O-甲基，氟，氢和O-（2通过一种新的有效策略，由相应的关键中间体3'-C-碘甲基核苷和中间体BTSP（通过Arbuzov反应原位制备）合成了2'-位的-甲氧基乙基）取代基。Arbuzov反应的修饰反应条件防止了DMT和MMT保护基的丢失，并直接提供了所需的5'-O-DMT-和/或MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的H-膦酸酯1 -6虽然在PC键形成后也通过操纵保护基制备了一些。3'-C-碘甲基-5-甲基胞嘧啶53的修饰Arbuzov反应 由其5-甲基尿苷衍生物42制备，并用BTSP提供5-甲基胞嘧啶H-膦酸酯54，将其进一步转移到相应的4-N-（N-甲基吡咯烷-2-亚基）-保护的H-膦酸酯单体7。5使用DCC作为偶联剂，将'-O-MMT保护的3'-C-亚甲基改性的H-膦酸酯5、3和7

  DOI：

  10.1021/jo001699u

文献信息

• Stereochemical Assignment and Stereoselective Synthesis of 3′-<i>C-P-N-</i>5′ <i>R</i> _P-Ethyl Phosphonamidate Modified Nucleic Acid
  作者：Robin A. Fairhurst、Stephen P. Collingwood、David Lambert

  DOI：10.1055/s-2001-12329

  日期：——

  The configuration of the duplex stabilising 3′-C-P-N-5′ ethyl phosphonamidate nucleic acid backbone modification has been identified as R P following the preparation of cyclic nucleoside analogues and NOF studies. Complimentary routes for formation of the key phosphonamidate nitrogen to phosphorus bond from stereochemically defined H-phosphinate intermediates, involving both a retention and inversion at the phosphours centre, have been identified.

  经过制备环状核苷类似物和NOF研究，双稳定3'-C-P-N-5'乙基膦酰胺酸核苷酸骨架修饰的构型已被确认为R P。从立体化学定义的H-磷酸酯中间体形成的磷酰胺酸氮至磷键的关键结合途径，包括在磷中心上的保留和翻转，已被鉴定出来。
• Synthesis and Hybridisation Properties of Phosphonamidate Ester Modified Nucleic Acid
  作者：Robin A. Fairhurst、Stephen P. Collingwood、David Lambert、Roger J. Taylor

  DOI：10.1055/s-2001-12328

  日期：——

  The replacement of the two backbone oxygen atoms of the phosphodiester linkage of DNA with carbon and nitrogen in the form of a phosphonamidate ester linkage, in both possible regioisomeric forms, is described. An alkylation reaction with the 3′-C-P-N-5′ methyl phosphoamidate regioisomer yielded the corresponding N-methylated analogues. For each example separation into individual phosphonamidate ester diastereoisomers was performed prior to incorporation into oligonucleotides. The effect upon duplex stability for DNA oligonucleotides containing each of these modifications with complimentary RNA is reported.

  本文介绍了用碳和氮以膦酰胺酯连接的形式取代 DNA 磷酸二酯连接的两个骨架氧原子的两种可能的异构体形式。与 3′-C-P-N-5′甲基膦酰酰胺异构体的烷基化反应产生了相应的 N-甲基化类似物。在将每个实例掺入寡核苷酸之前，先将其分离成单个膦酰酰胺酯非对映异构体。报告了含有这些修饰的 DNA 寡核苷酸与互补 RNA 对双链稳定性的影响。
• Heteroatomic oligonucleoside linkages
  申请人：Isis Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US06087482A1

  公开（公告）日：2000-07-11

  Oligonucleotide-mimicking macromolecules that have improved nuclease resistance are provided. Replacement of the normal phosphorodiester inter-sugar linkages found in natural oligonucleotides with four atom linking groups provide unique compounds that are useful in regulating RNA expression and in therapeutics. Methods of synthesis and use also are disclosed.

  提供了具有改善核酸酶抵抗力的寡核苷酸模拟大分子。用四原子连接基替换天然寡核苷酸中的正常磷酸二酯间糖连接，提供了独特的化合物，可用于调节RNA表达和治疗。还公开了合成和使用的方法。
• Synthesis of novel 3′-methylene H-phosphonate thymidines
  作者：Haoyun An、Tingmin Wang、P.Dan Cook

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)01358-7

  日期：2000.10

  The synthesis of novel 5'-DMT- and 5'-MMT-protected 3'-methylene H-phosphonate thymidines 1-6, having methoxy, fluoro, hydrogen, and methoxyethoxy substituents at the 2'-position is reported. (C) 2000 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.
• The Synthesis of Novel Modified Nucleic Acid Monomers and their Subsequent Solid Phase Oligomerisation to Give 3'-Methylene Phosphonate DNA (3MP)
  作者：Stephen P. Collingwood、Mark E. Douglas、Francois Natt、Uwe Pieles

  DOI：10.1080/10426509908546327

  日期：1999.1.1