3-氟硼吡咯-TMR-琥珀酰亚胺酯 | 485397-12-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡咯
• 中文名称: 3-氟硼吡咯-TMR-琥珀酰亚胺酯
• 中文别名: 3-氟硼吡咯-TMR-NHS酯
• 英文名称: (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)3-[1-difluoroboranyl-5-[(Z)-[5-(4-methoxyphenyl)pyrrol-1-ium-2-ylidene]methyl]-2,4-dimethylpyrrol-3-yl]propanoate
• 英文别名: Bodipy-(TMR)-OSu；BDP TMR NHS ester；(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-[2,2-difluoro-12-(4-methoxyphenyl)-4,6-dimethyl-1-aza-3-azonia-2-boranuidatricyclo[7.3.0.03,7]dodeca-3,5,7,9,11-pentaen-5-yl]propanoate
• CAS: 485397-12-4
• 化学式: C₂₅H₂₄BF₂N₃O₅
• 分子量: 495.29
• InChiKey: XMAZILQWJQABLQ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.93
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  80.8
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-氟硼吡咯-TMR-琥珀酰亚胺酯 在 三异丙基硅烷 、 水 、 三氟乙酸 作用下， 反应 2.0h， 生成 HA-succ(tmd)-Phe-Ahx-Lys(Biotin)-NH2
  参考文献：
  名称：

  基于肽异羟肟酸酯的锌依赖性金属蛋白酶光反应活性探针的设计

  摘要：

  金属蛋白酶（ADAM、MMP）是多域蛋白，在细胞外基质重塑和降解、细胞-细胞和细胞-基质相互作用以及细胞因子和生长因子的膜锚定形式的蛋白水解释放中起关键作用，即所谓的胞外域脱落。在这项工作中，我们描述了基于光活化活性的探针的开发，通过该探针可以可视化活性金属蛋白酶。我们的探针基于琥珀酰异羟肟酸酯基序，并且三氟甲基苯基二氮丙啶光反应基团的定位不同。我们证明，将光激活基团指向 S1' 口袋产生的基于活性的探针比具有指向 S2' 口袋的光激活基团的相应探针更有效。

  DOI：

  10.1002/ejoc.200901385
• 作为产物：
  描述：

  pentafluorophenyl (2R)-4-[tert-butoxycarbonyl(tert-butyldimethylsilyloxy)amino]-4-oxo-2-{4-[3-(trifluoromethyl)-3H-diazirin-3-yl]benzyl}butanoate 、 pentafluorophenyl (2R)-4-[tert-butoxycarbonyl(tert-butyldimethylsilyloxy)amino]-4-oxo-2-{4-[3-(trifluoromethyl)-3H-diazirin-3-yl]benzyl}butanoate 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N-甲基吡咯烷酮 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 3-氟硼吡咯-TMR-琥珀酰亚胺酯
  参考文献：
  名称：

  基于肽异羟肟酸酯的锌依赖性金属蛋白酶光反应活性探针的设计

  摘要：

  金属蛋白酶（ADAM、MMP）是多域蛋白，在细胞外基质重塑和降解、细胞-细胞和细胞-基质相互作用以及细胞因子和生长因子的膜锚定形式的蛋白水解释放中起关键作用，即所谓的胞外域脱落。在这项工作中，我们描述了基于光活化活性的探针的开发，通过该探针可以可视化活性金属蛋白酶。我们的探针基于琥珀酰异羟肟酸酯基序，并且三氟甲基苯基二氮丙啶光反应基团的定位不同。我们证明，将光激活基团指向 S1' 口袋产生的基于活性的探针比具有指向 S2' 口袋的光激活基团的相应探针更有效。

  DOI：

  10.1002/ejoc.200901385

文献信息

• Two-Step Labeling of Endogenous Enzymatic Activities by Diels-Alder Ligation
  作者：Lianne I. Willems、Martijn Verdoes、Bogdan I. Florea、Gijsbert A. van der Marel、Herman S. Overkleeft

  DOI：10.1002/cbic.201000280

  日期：——

  Double labeling: A Diels–Alder‐based ligation strategy for activity‐based profiling of endogenously expressed proteases by using a panel of diene‐derivatized probes and a dienophile‐functionalized fluorescent tag has been developed. This procedure is fully orthogonal with respect to the Staudinger–Bertozzi ligation, thus allowing both methods to be used in the same sample to independently label two different

  双重标记：已开发出一种基于Diels-Alder的连接策略，可通过使用一组二烯衍生化的探针和亲二烯体官能化的荧光标签对内源表达的蛋白酶进行基于活性的谱分析。此程序相对于Staudinger-Bertozzi连接完全正交，因此允许在同一样品中使用两种方法来独立标记两种不同的酶活性。
• Direct and two-step bioorthogonal probes for Bruton's tyrosine kinase based on ibrutinib: a comparative study
  作者：Nora Liu、Sascha Hoogendoorn、Bas van de Kar、Allard Kaptein、Tjeerd Barf、Christoph Driessen、Dmitri V. Filippov、Gijsbert A. van der Marel、Mario van der Stelt、Herman S. Overkleeft

  DOI：10.1039/c5ob00474h

  日期：——

  Direct and two-step activity-based probes allow for profiling of Bruton's tyrosine kinase in vitro and in situ.

  直接和两步法活性基础探针可用于在体外和原位对布鲁顿酪氨酸激酶进行分析。
• [EN] SUBSTRATE ADAPTOR INHIBITORS OF PRMT5 AND USES THEREOF<br/>[FR] INHIBITEURS D'ADAPTATEUR DE SUBSTRAT DE PRMT5 ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：BROAD INST INC

  公开号：WO2022032144A1

  公开（公告）日：2022-02-10

  Provided herein are compounds that modulate PRTM5 activity. The compounds may inhibit the binding PRMT5 with a PRMT5 substrate adaptor. The compounds can modulate PRMT5 methyltransferase activity, modulate transcription of a gene regulated by PRMT5, modulate chromatin structure regulation, modulate cellular differentiation, and/or modulate mRNA splicing, e.g., by disrupting binding of PRMT5 with a PRMT5 substrate adaptor. Also provided are pharmaceutical compositions comprising the compounds, methods of modulating PRTM5 activity, and methods of treating disease (e.g., cancer) in a subject by administering a compound or composition described herein.

  本文提供了调节PRTM5活性的化合物。这些化合物可以抑制PRMT5与PRMT5底物适配器的结合。这些化合物可以调节PRMT5甲基转移酶活性，调节PRMT5调控的基因的转录，调节染色质结构调节，调节细胞分化，以及/或通过破坏PRMT5与PRMT5底物适配器的结合来调节mRNA剪接。此外，还提供了包含这些化合物的制药组合物，调节PRTM5活性的方法，以及通过给予本文所述的化合物或组合物治疗疾病（例如癌症）的方法。
• Live applications of norbormide-based fluorescent probes in Drosophila melanogaster
  作者：Alessia Forgiarini、Zifei Wang、Claudio D’Amore、Morgan Jay-Smith、Freda Fan Li、Brian Hopkins、Margaret Anne Brimble、Andrea Pagetta、Sara Bersani、Sara De Martin、Barbara Napoli、Sergio Bova、David Rennison、Genny Orso

  DOI：10.1371/journal.pone.0211169

  日期：——

  In this study we investigated the performance of two norbormide (NRB)-derived fluorescent probes, NRBMC009 (green) and NRBZLW0047 (red), on dissected, living larvae of Drosophila, to verify their potential application in live cell imaging confocal microscopy. To this end, larval tissues were exposed to NRB probes alone or in combination with other commercial dyes or GFP-tagged protein markers. Both probes were rapidly internalized by most tissues (except the central nervous system) allowing each organ in the microscope field to be readily distinguished at low magnification. At the cellular level, the probes showed a very similar distribution (except for fat bodies), defined by loss of signal in the nucleus and plasma membrane, and a preferential localization to endoplasmic reticulum (ER) and mitochondria. They also recognized ER and mitochondrial phenotypes in the skeletal muscles of fruit fly models that had loss of function mutations in the atlastin and mitofusin genes, suggesting NRBMC009 and NRBZLW0047 as potentially useful screening tools for characterizing ER and mitochondria morphological alterations. Feeding of larvae and adult Drosophilae with the NRB-derived dyes led to staining of the gut and its epithelial cells, revealing a potential role in food intake assays. In addition, when flies were exposed to either dye over their entire life cycle no apparent functional or morphological abnormalities were detected. Rapid internalization, a bright signal, a compatibility with other available fluorescent probes and GFP-tagged protein markers, and a lack of toxicity make NRBZLW0047 and, particularly, NRBMC009 highly performing fluorescent probes for live cell microscopy studies and food intake assays in Drosophila.

  在这项研究中，我们研究了两种呋喃甲酰胺（NRB）衍生的荧光探针NRBMC009（绿色）和NRBZLW0047（红色）在解剖的活果蝇幼虫体内的表现，以验证它们在活细胞成像共聚焦显微镜中的潜在应用。为此，将幼虫组织单独暴露于NRB探针中，或与其他商业染料或GFP标记蛋白标记物一起暴露。两种探针都被大多数组织（中枢神经系统除外）迅速内化，从而可以在低倍放大镜下轻松区分显微镜视野中的每个器官。在细胞水平上，探针显示出非常相似的分布（脂肪体除外），表现为核和质膜信号丢失，并优先定位于内质网（ER）和线粒体。它们还识别了果蝇模型骨骼肌中的ER和线粒体表型，这些果蝇模型在atlastin和mitofusin基因中具有功能突变，这表明NRBMC009和NRBZLW0047可能是用于表征ER和线粒体形态学改变的筛选工具。用NRB衍生的染料喂养幼虫和成虫果蝇，会导致肠道及其上皮细胞染色，揭示了其在食物摄入测定中的潜在作用。此外，当果蝇在整个生命周期内暴露于两种染料中时，未检测到明显的功能或形态异常。快速内化、明亮的信号、与其他可用荧光