2'-deoxy-2'(S)-ethynyl-uridine | 138481-68-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-deoxy-2'(S)-ethynyl-uridine
• 英文别名: 1-(2'-deoxy-2'-C-ethynyl-β-D-arabinofuranosyl)uracil；1-[(2R,3S,4S,5R)-3-ethynyl-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 138481-68-2
• 化学式: C₁₁H₁₂N₂O₅
• 分子量: 252.227
• InChiKey: TZVVBAOQUFXLTJ-WPYKOPORSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.6
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-deoxy-2'(S)-ethynyl-uridine 在 4-二甲氨基吡啶 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 为溶剂， 反应 3.5h， 生成 1-[2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-C-ethynyl-β-D-arabinofuranosyl]uracyl 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  2'-乙炔基-DNA：合成和配对特性

  摘要：

  2-Ethynyl-DNA 被开发为潜在的 DNA 选择性寡核苷酸类似物。2'-阿拉伯-乙炔基修饰核苷的合成是从适当保护的 2'-酮核苷开始，通过添加锂（三甲基甲硅烷基）乙炔化物，然后还原叔醇来实现的。经过一系列保护基团操作，获得了适用于固相合成的亚磷酰胺结构单元。当使用快速脱保护方案时，从这些构件合成寡核苷酸是成功的。2'-阿拉伯-乙炔基修饰的寡核苷酸的配对特性可总结如下：1）嘧啶核苷的2'-阿拉伯-乙炔基修饰导致双链体与DNA以及RNA的强烈不稳定。可能的原因是乙炔基在空间上影响糖苷键周围的扭转偏好，导致不适合形成双链体的构象。2) 如果在嘌呤核苷中引入修饰，则观察不到这种影响。配对特性没有或仅轻微改变，并且在某些情况下（脱氧腺苷均聚物），观察到与 DNA 互补链的配对稳定化和与 RNA 互补链的去稳定化。3）在交替的脱氧胞苷-脱氧鸟苷序列的寡核苷酸中，2'-阿拉伯-乙炔基脱氧鸟苷的掺

  DOI：

  10.1002/1522-2675(200201)85:1<224::aid-hlca224>3.0.co;2-l
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)尿苷 在 吡啶 、 chromium(VI) oxide 、 4-二甲氨基吡啶 、 正丁基锂 、 偶氮二异丁腈 、 四丁基氟化铵 、 三正丁基氢锡 、 乙酸酐 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 生成 2'-deoxy-2'(S)-ethynyl-uridine
  参考文献：
  名称：

  核苷和核苷酸。102.嘧啶核苷糖部分中的叔炔丙基醇的立体选择性自由基脱氧：2'- C-炔基-2'-脱氧-1-β-d-阿拉伯呋喃糖基嘧啶的合成

  摘要：

  标题化合物的合成可以通过将TMS乙炔和1-己炔的锂盐亲核加成到2'-酮胍中，然后将相应的甲氧芳基酯进行自由基脱氧来实现。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)79449-4

文献信息

• Nucleosides and nucleotides. 134. Synthesis of 2′-C-alkynyl-2′-deoxy-1-β-D-arabinofuranosylpyrimidines via radical deoxygenation of tert-propargyl alcohols in the sugar moiety
  作者：Tomoharu Iino、Yuichi Yoshimura、Akira Matsuda

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)89580-6

  日期：1994.1

  racil (8c), -thymine (8f), and -cytosine (11) has been done by stereospecific radical deoxygenation of the corresponding 2′-tert-TMSpropargyl methoxalyl esters with Bu3SnH in the presence of AIBN. 2′-Deoxy-2′-C-hexynyl derivative 8d was also prepared under similar conditions. On the other hand, the deoxygenation of the phenylpropargyl or propargyl esters gave complex mixtures due to hydrostannylation

  2'-脱氧-2'- C-乙炔基-1-β-D-阿拉伯呋喃糖基尿嘧啶（8c），-胸腺嘧啶（8f）和-胞嘧啶（11）的合成已通过相应2'-的立体定向自由基脱氧完成在AIBN存在下，与Bu 3 SnH一起形成叔-TMS炔丙基甲基乙二酸酯。同样在类似条件下制备2′-脱氧-2′- C-己炔基衍生物8d。另一方面，由于三键的加氢苯乙烯基化作用，苯基炔丙基酯或炔丙基酯的脱氧得到复杂的混合物。
• 2′-Deoxy-2′(S)-ethinyl oligonucleotides: A modification which selectively stabilizes oligoadenylate pairing to DNA complements
  作者：Rolf Buff、Jürg Hunziker

  DOI：10.1016/s0960-894x(98)00060-2

  日期：1998.3

  Oligonucleotides consisting of 2'-deoxy-2'(S)-ethinyl-thymidine, -uridine, and -adenosine have been prepared. Whereas the modified pyrimidine oligonucleotides uniformly lead to weaker pairing affinity with DNA and RNA complements, the corresponding adenine oligonucleotides show enhanced thermal stability in duplexes with complementary DNA and decreased stability with RNA. (C) 1998 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.
• 2′-Deoxy-2′(<i>S</i>)-ethynyl Oligonucleotides: Synthesis and Pairing Properties
  作者：Rolf Buff、Jürg Hunziker

  DOI：10.1080/07328319908044725

  日期：1999.6
• 2′-Ethynyl-DNA: Synthesis and Pairing Properties
  作者：Rolf Buff、Jürg Hunziker

  DOI：10.1002/1522-2675(200201)85:1<224::aid-hlca224>3.0.co;2-l

  日期：2002.1

  developed as a potential DNA-selective oligonucleotide analog. The synthesis of 2′-arabino-ethynyl-modified nucleosides was achieved starting from properly protected 2′-ketonucleosides by addition of lithium (trimethylsilyl)acetylide followed by reduction of the tertiary alcohol. After a series of protecting-group manipulations, phosphoramidite building blocks suitable for solid-phase synthesis were obtained

  2-Ethynyl-DNA 被开发为潜在的 DNA 选择性寡核苷酸类似物。2'-阿拉伯-乙炔基修饰核苷的合成是从适当保护的 2'-酮核苷开始，通过添加锂（三甲基甲硅烷基）乙炔化物，然后还原叔醇来实现的。经过一系列保护基团操作，获得了适用于固相合成的亚磷酰胺结构单元。当使用快速脱保护方案时，从这些构件合成寡核苷酸是成功的。2'-阿拉伯-乙炔基修饰的寡核苷酸的配对特性可总结如下：1）嘧啶核苷的2'-阿拉伯-乙炔基修饰导致双链体与DNA以及RNA的强烈不稳定。可能的原因是乙炔基在空间上影响糖苷键周围的扭转偏好，导致不适合形成双链体的构象。2) 如果在嘌呤核苷中引入修饰，则观察不到这种影响。配对特性没有或仅轻微改变，并且在某些情况下（脱氧腺苷均聚物），观察到与 DNA 互补链的配对稳定化和与 RNA 互补链的去稳定化。3）在交替的脱氧胞苷-脱氧鸟苷序列的寡核苷酸中，2'-阿拉伯-乙炔基脱氧鸟苷的掺
• Nucleosides and nucleotides. 102. Stereoselective radical deoxygenation of tert-propargyl alcohols in sugar moiety of pyrimidine nucleosides: synthesis of 2′-C-alkynyl-2′-deoxy-1-β-d-arabinofuranosylpyrimidines
  作者：Yuichi Yoshimura、Tomoharu Iino、Akira Matsuda

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)79449-4

  日期：1991.10

  Synthesis of the title compounds can be achieved by nucleophilic addition of lithium salts of TMSacetylene and 1-hexyne to 2′-ketouridine followed by radical deoxygenation of the corresponding methoxaryl ester.

  标题化合物的合成可以通过将TMS乙炔和1-己炔的锂盐亲核加成到2'-酮胍中，然后将相应的甲氧芳基酯进行自由基脱氧来实现。