cyclo-GRCTKSIPPICFPD | 848909-17-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: cyclo-GRCTKSIPPICFPD
• 英文别名: cyclo[Arg-Cys-Thr-Lys-Ser-Ile-Pro-Pro-Ile-Cys-Phe-Pro-Asp-Gly]；2-[(1S,7S,10S,13R,16S,22S,25S,31S,34R,37S,40S,43S,46S)-40-(4-aminobutyl)-16-benzyl-10,46-bis[(2S)-butan-2-yl]-31-[3-(diaminomethylideneamino)propyl]-37-[(1R)-1-hydroxyethyl]-43-(hydroxymethyl)-2,8,11,14,17,23,26,29,32,35,38,41,44,47-tetradecaoxo-13,34-bis(sulfanylmethyl)-3,9,12,15,18,24,27,30,33,36,39,42,45,48-tetradecazatetracyclo[46.3.0.03,7.018,22]henpentacontan-25-yl]acetic acid
• CAS: 848909-17-1
• 化学式: C₆₇H₁₀₆N₁₈O₁₈S₂
• 分子量: 1515.82
• InChiKey: GUFLOPZGROKTLK-GECFALDLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.1
• 重原子数：
  105
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  551
• 氢给体数：
  19
• 氢受体数：
  22

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  cyclo-GRCTKSIPPICFPD 在 二甲基亚砜 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 反应 15.0h， 以82%的产率得到SFTI-1
  参考文献：
  名称：

  使用新型硫代酯替代物仿生合成环肽

  摘要：

  涉及N-S和S-S重排的酰基转移是肽键断裂和内含素催化的蛋白剪接中硫酯中间体形成的关键反应，最终导致未催化的S-N形成新的肽键酰基转移反应。为了模拟这三个酰基转移反应以形成硫酯和随后的肽连接，我们在此描述了两种9-芴基甲氧基羰基（Fmoc）相容的硫代酸酯替代物的开发过程，它们可以经历未催化的N-S，S-S和S-N酰基制备硫酯和环状肽的转变。使用Fmoc化学方法，通过固相合成将这些替代物作为目标肽的C末端酰胺基部分并入，然后在酸性条件下，通过两个酰基转移反应，在有或没有外部硫醇存在下，通过两个酰基转移反应转化为硫酯或硫代内酯。拟定的拟肽类似物硫代酸酯替代物是使用容易获得的起始原料（包括N-甲基半胱氨酸或2-硫代乙基丁基酰胺）制备的。在他们的设计中共有的一个关键功能部分是硫代乙酰胺基（TEA）部分，该部分对于在肽键断裂中的有利的五元环跃迁下实现邻近驱动的N-S酰基转移至关重要。因此，由硫代酯中

  DOI：

  10.1002/bip.22308
• 作为产物：
  描述：

  H-Cys-Thr-Lys-Ser-Ile-Pro-Pro-Ile-Cys-Phe-Pro-Asp-Gly-(L)Arg-NHNH2 在 盐酸胍 、 sodium nitrite 、 4-巯基苯基乙酸 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 反应 0.33h， 以61%的产率得到cyclo-GRCTKSIPPICFPD
  参考文献：
  名称：

  通过肽酰肼的分子内连接有效合成胰蛋白酶抑制剂SFTI-1

  摘要：

  通过线性肽酰肼的分子内连接以高产率合成环肽胰蛋白酶抑制剂SFTI-1。该环化策略未在C末端Arg残基引起差向异构。CD谱和NMR谱分析表明，可以通过标准的氧化折叠过程获得折叠良好的SFTI-1。因此，我们提出了一种简单且具有成本效益的SFTI-1合成策略。

  DOI：

  10.1016/j.tetlet.2014.03.093

文献信息

• Expanding the scope of N → S acyl transfer in native peptide sequences
  作者：Ben Cowper、Leila Shariff、Wenjie Chen、Samantha M. Gibson、Wei-Li Di、Derek Macmillan

  DOI：10.1039/c5ob01029b

  日期：——

  influence N → S acyl transfer in native peptide sequences, and discovery of new reagents that facilitate it, will be key to expanding its scope and applicability. Here, through a study of short model peptides in thioester formation and cyclisation reactions, we demonstrate that a wider variety of Xaa-Cys motifs than originally envisaged are capable of undergoing efficient N → S acyl transfer. We present

  了解影响天然肽序列中N→S酰基转移的因素，并发现促进其转移的新试剂，将是扩大其范围和适用性的关键。在这里，通过对硫酯形成和环化反应中的短模型肽的研究，我们证明了比最初设想的更广泛的Xaa-Cys基序能够进行有效的N→S酰基转移。我们提供了一组代表性氨基酸的硫酯形成和环化的相对速率的数据，并显示了这种扩大的范围如何可以应用于天然蛋白酶抑制剂向日葵胰蛋白酶抑制剂1（SFTI-1）的生产。
• Selective Bi-directional Amide Bond Cleavage of<i>N</i>-Methylcysteinyl Peptide
  作者：Yibo Qiu、Xinya Hemu、Ding Xiang Liu、James P. Tam

  DOI：10.1002/ejoc.201402261

  日期：2014.7

  A selective bi-directional peptide bond cleavage mediated by N-methylcysteine (MeCys) in Xaa-MeCys-Yaa peptides (Xaa and Yaa, non-cysteine residues) leading to thioesters and thiolactones is described. Rate and product analyses showed that an Nα-amide bond cleavage occurred at the Xaa-MeCys bond by an N–S acyl shift to generate an Xaa-S-(MeCys-Yaa) thioester at pH 1–5, whereas under strongly acidic

  描述了由 Xaa-MeCys-Yaa 肽（Xaa 和 Yaa，非半胱氨酸残基）中的 N-甲基半胱氨酸 (MeCys) 介导的选择性双向肽键裂解，导致硫酯和硫内酯。速率和产物分析表明，在 pH 1-5 下，Xaa-MeCys 键发生 Nα-酰胺键断裂，通过 N-S 酰基转移生成 Xaa-S-(MeCys-Yaa) 硫酯，而在强酸性条件下当 H0 = –5 时，MeCys-Yaa 键通过恶唑酮中间体发生 Cα-酰胺键断裂，该中间体被硫甲酚 (TC) 捕获为 Xaa-MeCys-TC 硫酯。然后将该硫酯转化为 pH 4-5 的 Xaa-MeCys-β-硫内酯。用 Cys 残基代替 MeCys 不会导致显着的双向肽键裂解，这表明 MeCys 残基中的 N-甲基化对于 N-S 酰基转移反应和恶唑酮的形成很重要。酰胺和硫酯的异构化已成功用于制备环肽。
• Biomimetic synthesis of cyclic peptides using novel thioester surrogates
  作者：Xinya Hemu、Misako Taichi、Yibo Qiu、Ding‐Xiang Liu、James P. Tam

  DOI：10.1002/bip.22308

  日期：2013.9

  Acyl shifts involving N‐S and S‐S rearrangements are reactions central to the breaking of a peptide bond and forming of thioester intermediates in an intein‐catalyzed protein splicing that ultimately leads to the formation of a new peptide bond by an uncatalyzed S‐N acyl shift reaction. To mimic these three acyl shift reactions in forming thioesters and the subsequent peptide ligation, here we describe

  涉及N-S和S-S重排的酰基转移是肽键断裂和内含素催化的蛋白剪接中硫酯中间体形成的关键反应，最终导致未催化的S-N形成新的肽键酰基转移反应。为了模拟这三个酰基转移反应以形成硫酯和随后的肽连接，我们在此描述了两种9-芴基甲氧基羰基（Fmoc）相容的硫代酸酯替代物的开发过程，它们可以经历未催化的N-S，S-S和S-N酰基制备硫酯和环状肽的转变。使用Fmoc化学方法，通过固相合成将这些替代物作为目标肽的C末端酰胺基部分并入，然后在酸性条件下，通过两个酰基转移反应，在有或没有外部硫醇存在下，通过两个酰基转移反应转化为硫酯或硫代内酯。拟定的拟肽类似物硫代酸酯替代物是使用容易获得的起始原料（包括N-甲基半胱氨酸或2-硫代乙基丁基酰胺）制备的。在他们的设计中共有的一个关键功能部分是硫代乙酰胺基（TEA）部分，该部分对于在肽键断裂中的有利的五元环跃迁下实现邻近驱动的N-S酰基转移至关重要。因此，由硫代酯中
• Between two worlds: a comparative study on in vitro and in silico inhibition of trypsin and matriptase by redox-stable SFTI-1 variants at near physiological pH
  作者：Olga Avrutina、Heiko Fittler、Bernhard Glotzbach、Harald Kolmar、Martin Empting

  DOI：10.1039/c2ob26162f

  日期：——

  A comparative study on in vitro and in silico inhibition of trypsin and matriptase by derivatives of the sunflower trypsin inhibitor-1 at near physiological pH is reported. Besides wild-type bicyclic SFTI-1, monocyclic variants possessing native cystine as well as redox-stable triazolyl side-chain macrocyclization motifs were studied for the first time in matriptase inhibition assays. Interestingly, monocyclic SFTI-1[1,14] demonstrated higher potency against this pharmacologically relevant protease compared to its bicyclic counterpart. Structural analysis of binding/inhibition of investigated SFTI-1 derivatives was performed using a combination of molecular dynamics simulations and docking experiments. In silico data were in good accordance with in vitro results, indicating the importance of the terminal inhibitor regions for the affinity towards matriptase. Presented work gives new perspectives for the optimization of the SFTI-1 framework towards in vivo applications.

  报告对向日葵胰蛋白酶抑制剂-1 的衍生物在接近生理 pH 值的条件下对胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的体外和体内抑制作用进行了比较研究。除了野生型双环 SFTI-1，研究人员还首次在胰蛋白酶抑制试验中研究了具有原生胱氨酸和氧化还原稳定的三唑侧链大环化基团的单环变体。有趣的是，单环 SFTI-1[1,14]与双环 SFTI-1 相比，对这种药理相关的蛋白酶具有更强的抑制作用。研究人员结合分子动力学模拟和对接实验，对所研究的 SFTI-1 衍生物的结合/抑制作用进行了结构分析。硅学数据与体外实验结果十分吻合，表明末端抑制剂区域对马特里普酶亲和力的重要性。这项研究为优化 SFTI-1 框架以实现体内应用提供了新的视角。
• [EN] METHODS FOR CYCLIZATION OF (POLY)PEPTIDES COMPRISING Nγ-HYDROXY- OR Nγ-AMINO-L-ASPARAGINE<br/>[FR] PROCÉDÉS DE CYCLIZATION DE (POLY)PEPTIDES COMPRENANT DE LA Nγ-HYDROXY- OU Nγ-AMINO-L-ASPARAGINE
  申请人：UNIV NANYANG TECH

  公开号：WO2022186782A1

  公开（公告）日：2022-09-09

  The present invention relates to methods that employ enzymes having Asn-specific cyclase activity as a means for generating cyclic (poly)peptides from (poly)peptides that comprise a ligation motif comprising a Nγ-hydroxy-L-asparagine or Nγ-amino-L-asparagine residue. Further encompassed are the resulting cyclic (poly)peptides and the corresponding uses.

  本发明涉及使用具有Asn特异性环化酶活性的酶作为从包含连接基序的多肽中生成环状（多）肽的手段的方法。连接基序包括Nγ-羟基-L-天冬氨酸或Nγ-氨基-L-天冬氨酸残基。还包括所得到的环状（多）肽及其相应的用途。