1-[(1R,2S,5S,3R,4R)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hex-1-yl]-1,3-dihydropyrimidine-2,4-dione | 1069040-57-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: 1-[(1R,2S,5S,3R,4R)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hex-1-yl]-1,3-dihydropyrimidine-2,4-dione
• 英文别名: 1-((1R,2S,3R,4R,5S)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hexan-1-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；(S)-methanocarba-uridine
• CAS: 1069040-57-8
• 化学式: C₁₁H₁₄N₂O₅
• 分子量: 254.243
• InChiKey: NPGQNFMTZVWTKW-IXERTSGWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.4
• 重原子数：
  18.0
• 可旋转键数：
  2.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  115.55
• 氢给体数：
  4.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[(1R,2S,5S,3R,4R)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hex-1-yl]-1,3-dihydropyrimidine-2,4-dione 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 2,4,6-三异丙基苯磺酰氯 、 ammonium cerium (IV) nitrate 、 氨 、 碘 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 75.0h， 生成 4-((benzyloxy)imino)-1-((1R,2S,3R,4R,5S)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hexan-1-yl)-3,4-dihydropyrimidin-2(1H)-one
  参考文献：
  名称：

  含有（S）-甲氨基甲环作为P2Y 6受体激动剂的嘧啶核苷酸

  摘要：

  UDP激活的P2Y 6受体（P2Y 6 R）的激动剂和拮抗剂已被建议用于治疗，例如癌症，炎症，神经退行性疾病和糖尿病。合成了含有南双环[3.1.0]己烷（（S）-甲氨基甲酸）环系统代替核糖环的尿嘧啶核苷酸，并在钙动员测定中显示为有效的P2Y 6 R激动剂。（S）-甲氨基甲酸酯修饰与嘧啶上的5-碘或4-甲氧基亚氨基相容，但与α，β-亚甲基5'-二磷酸不相容。（S）-Methanocarba二核苷酸效力与假定在P2Y 6结合的近端核苷上的N 4-甲氧基修饰兼容R与UDP类似；在远端核苷部分上优选（N）-甲氨基甲酸酯。这表明远端二核苷酸P2Y 6 R结合位点更喜欢可以达到（N）构象的核糖样基团，而不是（S）。通过同源性建模，对接和分子动力学模拟对二核苷酸结合进行建模，这表明凭经验发现了相同的核糖构象偏好。

  DOI：

  10.1039/c7md00397h
• 作为产物：
  描述：

  (1R,2S,5S,3R,4R)-1-(3-ethoxyacryloyl)carbamoylamino-4-[(tert-butyldiphenylsilyloxy)methyl]-2,3-O-isopropylidene-2,3-dihydroxybicyclo[3.1.0]hexane 在 盐酸 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 反应 5.0h， 以21%的产率得到1-[(1R,2S,5S,3R,4R)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)bicyclo[3.1.0]hex-1-yl]-1,3-dihydropyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of Enantiomerically Pure (S)-Methanocarbaribo Uracil Nucleoside Derivatives for Use as Antiviral Agents and P2Y Receptor Ligands

  摘要：

  We have developed an approach toward enantiomerically pure (S)-methanocarba ribonucleosides based on several functional group transformations on a sensitive bicyclo[3.1.0]-hexane system. D-Ribose was transformed into methanocarba alcohol 3 followed by conversion of the OH group to a nitrile with inversion of configuration at C4. The nitrile group was subsequently reduced in two stages to the 5'-hydroxymethyl group. An ester group appended to a tertiary carbon (Cl) was transformed to an amino group as a nucleobase precursor.

  DOI：

  10.1021/jo801224j

文献信息

• Molecular recognition in the P2Y14 receptor: Probing the structurally permissive terminal sugar moiety of uridine-5′-diphosphoglucose
  作者：Hyojin Ko、Arijit Das、Rhonda L. Carter、Ingrid P. Fricks、Yixing Zhou、Andrei A. Ivanov、Artem Melman、Bhalchandra V. Joshi、Pavol Kováč、Jan Hajduch、Kenneth L. Kirk、T. Kendall Harden、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1016/j.bmc.2009.05.024

  日期：2009.7

  substitution by chain extension through an amide linkage. Functionalized congeners containing terminal 2-acylaminoethylamides prepared by this strategy retained P2Y14 activity, and molecular modeling predicted close proximity of this chain to the second extracellular loop of the receptor. In addition, replacement of glucose with other sugars did not diminish P2Y14 potency. For example, the [5′′]ribose derivative

  P2Y 14受体是一种核苷酸信号蛋白，由尿苷-5'-二磷酸葡萄糖1和其他尿嘧啶核苷酸激活。我们已经确定1的葡萄糖部分是设计该 P2Y 14激动剂类似物的最结构允许区域。例如，尿苷-5'-二磷酸葡萄糖醛酸的羧酸酯基团被证明适用于通过酰胺键进行链延伸的灵活取代。通过该策略制备的含有末端 2-酰基氨基乙基酰胺的功能化同源物保留了 P2Y 14活性，分子模型预测该链与受体的第二个细胞外环非常接近。此外，用其他糖替代葡萄糖不会降低 P2Y 14效力。例如，[5'']核糖衍生物的EC 50为0.24 μM。的葡萄糖部分的选择性monofluorination指示用于2'角色' -和6'' -的羟基1受体识别。β-葡萄糖苷的效力比天然 α-异构体低两倍，但 1''-氧的亚甲基替代消除了活性。用环戊基或刚性双环 [3.1.0] 己烷基团取代核糖环系统消除了活性。Uridine-5'-diphosphoglucose
• Structure–Activity Relationship of Purine and Pyrimidine Nucleotides as Ecto-5′-Nucleotidase (CD73) Inhibitors
  作者：Anna Junker、Christian Renn、Clemens Dobelmann、Vigneshwaran Namasivayam、Shanu Jain、Karolina Losenkova、Heikki Irjala、Sierra Duca、Ramachandran Balasubramanian、Saibal Chakraborty、Frederik Börgel、Herbert Zimmermann、Gennady G. Yegutkin、Christa E. Müller、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.9b00164

  日期：2019.4.11

  Cluster of differentiation 73 (CD73) converts adenosine 5'-monophosphate to immunosuppressive adenosine, and its inhibition was proposed as a new strategy for cancer treatment. We synthesized 5'- O-[(phosphonomethyl)phosphonic acid] derivatives of purine and pyrimidine nucleosides, which represent nucleoside diphosphate analogues, and compared their CD73 inhibitory potencies. In the adenine series

  分化簇73（CD73）将5'-单磷酸腺苷转化为免疫抑制腺苷，其抑制作用被提出作为一种新的癌症治疗策略。我们合成了嘌呤和嘧啶核苷的5'-O-[（膦酰基甲基）膦酸]衍生物，它们代表核苷二磷酸类似物，并比较了它们对CD73的抑制作用。在腺嘌呤系列中，大多数核糖修饰和1-deaza和3-deaza都是有害的，但可以容忍7-deaza。耐受尿嘧啶被N3-甲基取代，但不能被较大的基团或2-硫代取代。不容许1，2-二膦酰基-乙基修饰。N4-（芳基）烷氧基-胞嘧啶衍生物，特别是具有庞大的苄氧基取代基的化合物，显示出增强的效力。最有效的抑制剂是5' -5-氟尿苷（4l），N4-苯甲酰基胞苷（7f），N4- [O-（4-苄氧基）]胞苷（9h）和N4- [O的O-[（膦酰基甲基）膦酸]衍生物-（4-萘-2-基甲氧基）]-胞苷（9e）（在人CD73上Ki值为5-10 nM）。在两种尿苷二磷酸激活的P2Y受体亚型上