3'-O-(methylsulfonyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-thymidine | 111647-36-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-O-(methylsulfonyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-thymidine
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] methanesulfonate
• CAS: 111647-36-0
• 化学式: C₃₂H₃₄N₂O₉S
• 分子量: 622.696
• InChiKey: CSSBLGFIJWFQNH-ZGIBFIJWSA-N

物化性质

• 密度：
  1.38±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.9
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  138
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(methylsulfonyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-thymidine 在 lithium aluminium tetrahydride 、 水 、 三正丁基氢锡 、 potassium phtalimide 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.25h， 生成 2',3'-二脱氧胸苷
  参考文献：
  名称：

  C3'修饰核苷的合成，用于选择性生成C3'-Deoxy-3'-胸苷基自由基：LEE诱导DNA损伤的拟议中间体

  摘要：

  据信由低能电子（LEE）诱导的DNA损伤途径涉及2-脱氧核糖自由基的形成。这些自由基形成在核苷酸的C3'和C5'位置，是通过将LEEs从核碱基转移至DNA寡聚体的磷酸基团而裂解C–O磷酸二酯键的结果。已经获得了大量信息，以阐明通过该过程形成的未修饰寡核苷酸产物的身份。然而，关于由这些糖基的降解形成的修饰病变的性质的信息很少。确定通过2'，3'-二脱氧-C3'-胸苷基（C3'dephos糖自由基），苯基硒化物和酰基修饰的糖以及核苷衍生物已经合成，并且已经评估了它们作为目标自由基的光化学前体的适用性。在存在氢原子供体三丁基锡氢化物的情况下，对C3'衍生的核苷进行光化学活化后，形成2'，3'-二脱氧胸苷，表明选择性生成了C3'磷酸基团。这些前体将使鉴定和量化由LEEs产生的自由基引起的DNA损伤的产物成为可能。

  DOI：

  10.1021/jo300045m
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 3'-O-(methylsulfonyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-thymidine
  参考文献：
  名称：

  net 99m标记和胸苷类似物的合成：肿瘤成像的潜在候选者。

  摘要：

  研究了-99m标记和一系列胸苷类似物的合成。通过使用6-肼基吡啶-3-羧酸（HYNIC）作为双功能偶联剂，并使用N-（2-羟基-1,1-双（羟甲基）乙基）甘氨酸（三甲胺）和乙二胺-N，获得目标分子，N'-二乙酸（EDDA）为大肠菌素。还研究了胸苷类似物与HYNIC之间不同间隔区对放射化学收率的影响。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2007.03.086

文献信息

• Probing the Binding Requirements of Modified Nucleosides with the DNA Nuclease SNM1A
  作者：Eva-Maria Dürr、Joanna F. McGouran

  DOI：10.3390/molecules26020320

  日期：——

  only a limited number of inhibitors have been reported to date. Herein, we report the synthesis and evaluation of a family of malonate-based modified nucleosides to investigate the optimal positioning of metal-binding groups in nucleoside-derived inhibitors for SNM1A. These compounds include ester, carboxylate and hydroxamic acid malonate derivatives which were installed in the 5′-position or 3′-position

  SNM1A 是一种涉及 DNA 链间交联修复的核酸酶，因此，它的抑制作用对于克服对化学治疗性交联剂的抗性很重要。然而，SNM1A活性位点中金属离子的数量和身份仍未得到证实，迄今为止报道的抑制剂数量有限。在此，我们报告了基于丙二酸的修饰核苷家族的合成和评估，以研究金属结合基团在核苷衍生的 SNM1A 抑制剂中的最佳定位。这些化合物包括酯、羧酸酯和异羟肟酸丙二酸酯衍生物，它们安装在胸苷的 5'-位或 3'-位或作为两个核苷之间的连接。作为重组 SNM1A 抑制剂的评估表明，所测试的 12 种化合物中有 9 种在 1 mM 浓度下具有抑制作用。最有效的化合物在 5'-位含有异羟肟酸丙二酸酯基团。总体而言，我们的研究促进了对 SNM1A 核苷衍生抑制剂要求的理解，并表明在金属螯合剂（如异羟肟酸丙二酸酯）附近含有带负电荷基团的基团是抑制剂设计中很有前景的结构。
• Nucleoside analog inhibitors of reverse transcriptase
  申请人：——

  公开号：US20040235869A1

  公开（公告）日：2004-11-25

  Compounds of formula (XXIII), or pharmaceutically acceptable salts or esters thereof, are inhibitors of reverse transcriptase: 1 R 4 is a nucleoside with Q substituting a 3′ hydroxyl group, and Q is a moiety of formulas (XXIV)-(XXXII): 2

  公式（XXIII）的化合物，或其药学上可接受的盐或酯，是反转录酶的抑制剂：1R4是一种核苷，其中Q替代3'羟基，Q是公式（XXIV）-（XXXII）的一个部分。
• Red light-controlled polymerase chain reaction
  作者：A. Meyer、Margot Schikora、A. Mokhir

  DOI：10.1039/c5cc01805f

  日期：——

  A 23-mer DNA “caged” at its 3′-terminus with a 9-anthracenyl moiety was prepared.

  一个带有9-蒽基团的23-mer DNA在其3'-末端被"caged"（限制）处理。
• Synthesis, structure–activity relationship and antiviral activity of 3′-N,N-dimethylamino-2′,3′-dideoxythymidine and its prodrugs☆
  作者：Ramendra K. Singh、Dipti Yadav、Diwakar Rai、Garima Kumari、C. Pannecouque、Erik De Clercq

  DOI：10.1016/j.ejmech.2010.05.028

  日期：2010.9

  A probable NRTI molecule, viz. 3′-N,N-dimethylamino-2′,3′-dideoxythymidine (4) and its 5′-O-carboxyl ester prodrugs – 5′-(N-α-BOC-l-phenylalanyl)-3′-N,N-dimethylamino-2′,3′-dideoxythymidine (5), 5′-l-phenylalanyl-3′-N,N-dimethylamino-2′,3′-dideoxythymidine (6) and 5′-decanoyl-3′-N,N-dimethylamino-2′,3′-dideoxythymidine (7) have been synthesized and screened against HIV, HSV-1 and 2, parainfluenza-3

  一个可能的 NRTI 分子，即。3'- N , N-二甲基氨基-2',3'-二脱氧胸苷( 4 )及其5'- O-羧基酯前药——5'-( N -α- BOC- l-苯丙氨酰)-3' - N , N-二甲氨基-2',3'-二脱氧胸苷 ( 5 ), 5'- l-苯丙氨酰-3'- N , N-二甲氨基-2',3'-二脱氧胸苷 ( 6 ) 和 5'-癸酰-3'- N , N-二甲氨基-2',3'-二脱氧胸苷( 7) 已合成并针对 HIV、HSV-1 和 2、副流感病毒 3、水泡性口炎和其他几种病毒进行了筛选。化合物6对Hela和HEL细胞系中的VSV显示出良好的抗病毒活性，EC 50值为0.03 μM (SI = 8)。然而，先导化合物4及其衍生物5、6和7对 HIV-1 和其他病毒没有显着的活性。使用 DS 2.5 和 pymol 软件对 HIV-1 RT 进行的分子对接研究表明，先导化合物4和 AZT
• Synthesis of thymidine dimers containing piperazine in the internucleoside linkage and their incorporation into oligodeoxynucleotides
  作者：Gorm Vang Petersen、Jesper Wengel

  DOI：10.1016/0040-4020(94)01088-h

  日期：1995.2

  The synthesis of thymidine dimers in which the natural phosphodiester linkage has been replaced by piperazine (3′-(N(CH2CH2)2N)-5′, 9 and 3′-(N(CH2CH2)2N)-CO-4′, 10) are described. These new dimers were incorporated into oligodeoxynucleotides on an automated DNA-synthesizer using the phosphoramidite approach. The thermal stability of DNA/DNA duplexes and the enzymatic stability was studied by UV experiments

  胸苷二聚体的合成，其中天然磷酸二酯键已被哌嗪（3'-（N（CH 2 CH 2）2 N）-5'，9和3'-（N（CH 2 CH 2）2 N描述）-CO-4'，10）。使用亚磷酰胺方法，将这些新的二聚体掺入到自动DNA合成仪上的寡聚脱氧核苷酸中。通过UV实验研究了DNA / DNA双链体的热稳定性和酶促稳定性。用17聚体9掺入一次或在中间两次表现出热稳定性有显着降低（Δ Ť米〜-11℃下每修饰）而17聚体与10掺入一次或两次的中间仅表现出热稳定性稍微降低（Δ Ť米相比未修饰的17聚体时每修改〜-2δC）。此外，含有9或10的末端修饰的寡脱氧核苷酸显示出对蛇毒磷酸二酯酶的稳定性提高了五至六倍。