3'-azido-3'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine | 126441-74-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-azido-3'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine
• 英文别名: 3'-azido-5'-O-(4, 4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidine；5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-3'-azido-thymidine；1-[(2R,4S,5S)-4-azido-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 126441-74-5
• 化学式: C₃₁H₃₁N₅O₆
• 分子量: 569.617
• InChiKey: UWKUYCQNHXNPRV-UPRLRBBYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.2
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  101
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-azido-3'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine 以 甲醇 、 四氯化碳 为溶剂， 反应 12.0h， 以87%的产率得到齐多夫定
  参考文献：
  名称：

  A New Protocol for the Removal of Dimethoxytrityl Ether Groups Derived from Primary Alcohols

  摘要：

  A range of primary alcohol dimethoxytrityl ethers were deprotected by using ultrasound at ambient temperature (yields 69-100%). The new procedure may find utility in the synthesis of materials of biological interest, such as oligonucleotides.

  DOI：

  10.1080/00397919708005904
• 作为产物：
  描述：

  保护胸苷 在 sodium hydroxide 、 sodium azide 作用下， 以 四氢呋喃 、 六甲基磷酰三胺 、 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 3'-azido-3'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  net 99m标记和胸苷类似物的合成：肿瘤成像的潜在候选者。

  摘要：

  研究了-99m标记和一系列胸苷类似物的合成。通过使用6-肼基吡啶-3-羧酸（HYNIC）作为双功能偶联剂，并使用N-（2-羟基-1,1-双（羟甲基）乙基）甘氨酸（三甲胺）和乙二胺-N，获得目标分子，N'-二乙酸（EDDA）为大肠菌素。还研究了胸苷类似物与HYNIC之间不同间隔区对放射化学收率的影响。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2007.03.086

文献信息

• Probing the Binding Requirements of Modified Nucleosides with the DNA Nuclease SNM1A
  作者：Eva-Maria Dürr、Joanna F. McGouran

  DOI：10.3390/molecules26020320

  日期：——

  only a limited number of inhibitors have been reported to date. Herein, we report the synthesis and evaluation of a family of malonate-based modified nucleosides to investigate the optimal positioning of metal-binding groups in nucleoside-derived inhibitors for SNM1A. These compounds include ester, carboxylate and hydroxamic acid malonate derivatives which were installed in the 5′-position or 3′-position

  SNM1A 是一种涉及 DNA 链间交联修复的核酸酶，因此，它的抑制作用对于克服对化学治疗性交联剂的抗性很重要。然而，SNM1A活性位点中金属离子的数量和身份仍未得到证实，迄今为止报道的抑制剂数量有限。在此，我们报告了基于丙二酸的修饰核苷家族的合成和评估，以研究金属结合基团在核苷衍生的 SNM1A 抑制剂中的最佳定位。这些化合物包括酯、羧酸酯和异羟肟酸丙二酸酯衍生物，它们安装在胸苷的 5'-位或 3'-位或作为两个核苷之间的连接。作为重组 SNM1A 抑制剂的评估表明，所测试的 12 种化合物中有 9 种在 1 mM 浓度下具有抑制作用。最有效的化合物在 5'-位含有异羟肟酸丙二酸酯基团。总体而言，我们的研究促进了对 SNM1A 核苷衍生抑制剂要求的理解，并表明在金属螯合剂（如异羟肟酸丙二酸酯）附近含有带负电荷基团的基团是抑制剂设计中很有前景的结构。
• Molecular Requirements of High-Fidelity Replication-Competent DNA Backbones for Orthogonal Chemical Ligation
  作者：Arun Shivalingam、Agnes E. S. Tyburn、Afaf H. El-Sagheer、Tom Brown

  DOI：10.1021/jacs.6b11530

  日期：2017.2.1

  phosphodiester backbone that made it the evolutionary choice for the enzymatic replication of genetic information are not well understood. To address this, and to develop new chemical ligation strategies for assembly of biocompatible modified DNA, we have synthesized oligonucleotides containing several structurally and electronically varied artificial linkages. This has yielded a new highly promising

  磷酸二酯主链的分子特性使其成为遗传信息酶促复制的进化选择尚不清楚。为了解决这个问题，并开发用于组装生物相容性修饰 DNA 的新化学连接策略，我们合成了包含几种结构和电子不同人工连接的寡核苷酸。这产生了一种基于酰胺骨架形成的新的非常有前途的连接方法，该方法与 CuAAC“点击”连接在化学上是正交的。通过引物延伸、PCR 和深度测序通过这些人工连接对复制的动力学和保真度进行的研究表明，骨架灵活性、空间因素和与聚合酶氢键结合的能力之间的微妙相互作用调节了快速和准确的信息解码。即使是轻微的硫代磷酸酯修饰也会损害复制过程，但一些自由基三唑和酰胺 DNA 主链表现出奇的好，表明磷酸基团不是必需的。这些发现对合成生物学领域具有重要意义。
• Synthesis and evaluation of squaramide and thiosquaramide inhibitors of the DNA repair enzyme SNM1A
  作者：Mark Berney、William Doherty、Werner Theodor Jauslin、Manav T Manoj、Eva-Maria Dürr、Joanna Francelle McGouran

  DOI：10.1016/j.bmc.2021.116369

  日期：2021.9

  of developing SNM1A inhibitors, but the full potential of this enzyme as a drug target has yet to be explored. Herein, the synthesis of a family of squaramide- and thiosquaramide-bearing nucleoside derivatives and their evaluation as SNM1A inhibitors is reported. A gel electrophoresis assay was used to identify nucleoside derivatives bearing an N-hydroxysquaramide or squaric acid moiety at the 3’-position

  SNM1A 是一种锌依赖性核酸酶，参与从 DNA 中去除链间交联损伤。抑制链间交联修复酶如 SNM1A 是提高交联化疗药物疗效的有前途的策略。最初的研究已经证明了开发 SNM1A 抑制剂的可行性，但这种酶作为药物靶点的全部潜力还有待探索。在此，报道了带有方酸酰胺和硫代方酰胺的核苷衍生物家族的合成及其作为 SNM1A 抑制剂的评价。凝胶电泳分析用于鉴定在 3'-位带有N-羟基方酸酰胺或方酸部分的核苷衍生物，以及带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物，作为候选 SNM1A 抑制剂。定量IC50测定表明，带有 5'-硫代方酸酰胺的胸苷衍生物是最有效的抑制剂，其次是带有 3'-方酸的胸苷衍生物。进行紫外-可见滴定以评估（硫代）方酸酰胺与锌离子的结合，从而使抑制效力的顺序合理化。研究了活性抑制剂的膜渗透性，其中几种化合物显示出未来体内应用的前景。
• Investigation of the effect of amino acid chirality in the internucleoside linker on DNA:DNA and DNA:RNA duplex stability
  作者：Seema Bagmare、Anita D. Gunjal、Vaijayanti A. Kumar

  DOI：10.1016/j.tet.2015.02.042

  日期：2015.4

  highly desired synthetic targets in which the phosphodiester linkages in native DNA are replaced by amide linkers of appropriate length and stereochemistry. The five-atom amide-linked dimers, synthesized from 3′-amino-3′-deoxy thymidine, α-(l/d) proline/prochiral glycine and thymidine/uridine-4′carboxylic acid derivatives, were incorporated into the DNA backbone to achieve partial replacement of selected

  酶和化学上稳定的酰胺连接的二/寡核苷是非常需要的合成靶标，其中天然DNA中的磷酸二酯键被具有适当长度和立体化学的酰胺接头代替。由3'-氨基-3'-脱氧胸苷，α-（l / d）脯氨酸/前手性甘氨酸和胸苷/尿苷-4'羧酸衍生物合成的五原子酰胺连接的二聚体被掺入DNA骨架中以实现部分取代选定的磷酸二酯键。结果强调了连接基氨基酸手性的重要性。与l相比，发现d-脯氨酸作为DNA骨架中的核苷间连接子最稳定，可稳定与DNA或RNA的复合物。-脯氨酸和甘氨酸。
• New nucleoside based solid supports. Synthesis of 5′,3′-derivatized thymidine analoguesElectronic supplementary information (ESI) available: experimental details. See http://www.rsc.org/suppdata/cc/b1/b107200p/
  作者：M. de Champdoré、L. De Napoli、G. Di Fabio、A. Messere、D. Montesarchio、G. Piccialli

  DOI：10.1039/b107200p

  日期：2001.12.19

  Two new thymidine based polymeric supports, in which the nucleosides have been anchored through the thymine moiety to a β-hydroxy thioether functionalized resin via a Mitsunobu reaction, have been prepared. A simple and efficient solid-phase synthesis of 5′,3′-bis-derivatized thymidine analogues has so been developed, following methodologies well established in peptide and oligonucleotide chemistry and is here proposed for the preparation of a variety of different nucleoside conjugate products.

  我们制备了两种新的胸苷基聚合物支持物，其中核苷通过胸腺嘧啶分子与δ-羟基硫醚官能化树脂发生三忍反应而锚定。根据肽和寡核苷酸化学中成熟的方法，我们开发出了一种简单高效的 5â²,3â²-双衍生胸苷类似物的固相合成方法，并在此提出用于制备各种不同的核苷共轭产物。