3'-amino-3'-deoxy-5'-O-triphenylmethyl-β-D-thymidine | 124355-25-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-amino-3'-deoxy-5'-O-triphenylmethyl-β-D-thymidine
• 英文别名: 3'-amino-3'-deoxy-5'-O-tritylthimidine；3'-amino-3'-deoxy-5'-O-tritylthymidine；3'-Amino-5'-O-trityl-3'-deoxythymidine；1-[(2R,4S,5S)-4-amino-5-(trityloxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 124355-25-5
• 化学式: C₂₉H₂₉N₃O₄
• 分子量: 483.567
• InChiKey: STPRWURKISTIRY-JIMJEQGWSA-N

物化性质

• 密度：
  1.238±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.6
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  93.9
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-amino-3'-deoxy-5'-O-triphenylmethyl-β-D-thymidine 在 甲酸 作用下， 反应 0.08h， 生成 3'-氨基-2',3'-双脱氧胸苷
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 3′-Isocyano-3′-deoxythymidine

  摘要：

  报道了从相应的5′-保护的叠氮衍生物1a、b合成3′-异氰基-3′-脱氧胸苷（3）的方法。

  DOI：

  10.1055/s-1989-27373
• 作为产物：
  描述：

  5’-三苯甲基-2’-脱氧-2,3’-双脱氢胸苷 在 sodium azide 、 苯硫酚 、 三乙胺 、 tin(ll) chloride 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 15.5h， 生成 3'-amino-3'-deoxy-5'-O-triphenylmethyl-β-D-thymidine
  参考文献：
  名称：

  尿嘧啶和胸腺嘧啶取代的胸苷和尿苷衍生物

  摘要：

  3'-脱氧胸苷的四种可能的3'-尿嘧啶-1-基和3'-胸腺嘧啶-1-基衍生物以及2'-脱氧尿苷的四种类似衍生物已分别从胸苷和尿苷合成。公开了相对于H 2 / Pd，2-（甲氧基羰基）乙烯基防止H 2 / Pd形成脱水核苷的优点和SnCl 2 / PhSH / Et 3 N减少大多数叠氮基的优点。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(98)00100-2

文献信息

• Positively Charged Deoxynucleic Methylthioureas:  Synthesis and Binding Properties of Pentameric Thymidyl Methylthiourea
  作者：Dev P. Arya、Thomas C. Bruice

  DOI：10.1021/ja9829416

  日期：1998.12.1

  The negatively charged phosphodiester linkages in DNA -O(PO2-)O-} have been replaced by a novel methylthiourea -NHC(SMe+)NH-} backbone. The backbone is positively charged, achiral, and stable and can be easily synthesized. A basic strategy for the synthesis of deoxynucleic methylthioureas (DNmt) is described. Synthetic procedures are provided for thymidyl DNmts (1−4 linkages). Synthesis proceeds

  DNA -O(PO2-)O-} 中带负电荷的磷酸二酯键已被新型甲基硫脲 -NHC(SMe+)NH-} 骨架取代。主链带正电、非手性、稳定且易于合成。描述了合成脱氧核甲基硫脲 (DNmt) 的基本策略。提供了胸苷 DNmts（1-4 个连接）的合成程序。合成以 3'-5' 方向进行，包括将受保护的 3'-异硫氰酸酯与相应的 5'-胺在增长的寡链上偶联。室温下的偶联反应几乎是定量的，产物很容易纯化。连续变异法表明存在一个平衡配合物，其摩尔比为 d(Tmt) 与 r(Ap) 或 d(Ap) 为 2:1。在 15 到 60 °C 的温度下进行的连续变化图显示了三重螺旋复合物。在整个波长范围 (240-285 nm) 上的滴定扫描确认了三螺旋方式的结合。热变性分析表明...
• Synthesis, modeling and evaluation of 3′-(1-aryl-1H-tetrazol-5-ylamino)-substituted 3′-deoxythymidine derivatives as potent and selective human mitochondrial thymidine kinase inhibitors
  作者：Sara Van Poecke、Ana Negri、Jolien Janssens、Nicola Solaroli、Anna Karlsson、Federico Gago、Jan Balzarini、Serge Van Calenbergh

  DOI：10.1039/c0ob00591f

  日期：——

  Based on the presumed binding mode of an earlier identified inhibitor, we herein report new 3′-modified nucleosides as potent and selective inhibitors of mitochondrial thymidine kinase (TK2). A series of thirteen 3′-amino-, 3′-guanidino- and 3′-tetrazole-containing nucleosides were synthesized and evaluated for their TK2 inhibitory activity. Within the tetrazole series, compounds with nanomolar inhibitory activity were identified. A homology model of TK2 allowed to elucidate the observed activities. Introduction of a 2-bromovinyl group on C-5 of the pyrimidine base of the most promising 3′-derivative further improved the inhibitory activity, and caused a significant increase in the selectivity for TK2versusTK1. Interestingly, for the current series of analogues, a strong correlation was observed between TK2 and Drosophila melanogasterdNK inhibition, further substantiating the phylogenetic relationship between these two nucleoside kinases.

  根据早先发现的一种抑制剂的假定结合模式，我们在此报告了作为线粒体胸苷激酶（TK2）的强效选择性抑制剂的新型 3²-修饰核苷。我们合成了一系列含 3â²-氨基、3â²-胍基和 3â²-四唑的核苷，并对其 TK2 抑制活性进行了评估。在四唑系列中，发现了具有纳摩尔抑制活性的化合物。通过 TK2 的同源模型可以阐明所观察到的活性。在最有前途的 3â²-衍生物的嘧啶基 C-5 上引入 2-溴乙烯基，进一步提高了抑制活性，并显著增加了对 TK2 和 TK1 的选择性。有趣的是，在目前的一系列类似物中，TK2 和黑腹果蝇dNK 的抑制作用之间存在很强的相关性，这进一步证实了这两种核苷激酶之间的系统发育关系。
• Dinucleosides with Non-Natural Backbones: A New Class of Ribonuclease A and Angiogenin Inhibitors
  作者：Joy Debnath、Swagata Dasgupta、Tanmaya Pathak

  DOI：10.1002/chem.201102816

  日期：2012.2.6

  Ribonuclease A (RNase A) serves as a convenient model enzyme in the identification and development of inhibitors of proteins that are members of the ribonuclease superfamily. This is principally because the biological activity of these proteins, such as angiogenin, is linked to their catalytic ribonucleolytic activity. In an attempt to inhibit the biological activity of angiogenin, which involves new

  核糖核酸酶A（RNase A）在鉴定和开发作为核糖核酸酶超家族成员的蛋白质的抑制剂中，是一种方便的模型酶。这主要是因为这些蛋白质（例如血管生成素）的生物学活性与它们的催化核糖核酸分解活性有关。为了抑制涉及新血管形成的血管生成素的生物活性，我们采用了具有不同非天然骨架的不同二核苷。这些化合物是通过将氨基核苷与二元羧酸偶联以及将氨基和羧基核苷与氨基酸偶联而合成的。这些分子表现出竞争抑制作用，其抑制常数（K i）值为（59±3）和（155±5）μM还发现该化合物与相应的K i以竞争方式抑制血管生成素值在微摩尔范围内。发现与二核苷主链连接的另一个极性基团的存在是造成与两种蛋白质紧密结合的原因。由于在两个核苷部分之间掺入了非天然骨架，因此发现了不同的核糖核酸水解亚位点的特异性发生了变化。尽管磷酸酯基团被非天然接头取代，但发现这些分子与血管生成素的核糖核酸裂解位点残基选择性相互作用，而细胞结合位点和核
• An efficient synthesis of 3′-amino-3′-deoxythymidine derivatives
  作者：K. V. Seregin、M. V. Chudinov、A. M. Yurkevich、V. I. Shvets

  DOI：10.1007/s11171-005-0018-4

  日期：2005.3

  An efficient method of reduction of 3'-azido-3'-deoxythymidine and its 5'-protected derivatives to 3'-aminothymidine derivatives on a palladium catalyst using ammonium formate as a source of hydrogen was suggested.

  提出了在甲酸催化剂上使用甲酸铵作为氢源将3'-叠氮基3'-脱氧胸苷及其5'-保护的衍生物还原为3'-氨基胸苷衍生物的有效方法。
• Amino and carboxy functionalized modified nucleosides: A potential class of inhibitors for angiogenin
  作者：Joy Debnath、Swagata Dasgupta、Tanmaya Pathak

  DOI：10.1016/j.bioorg.2013.11.005

  日期：2014.2

  The 3'-amino and carboxy functionalize thymidines execute their ribonucleolytic inhibition activity for angiogenin. These modified nucleosidic molecules inhibit the ribonucleolytic activity of angiogenin in a competitive manner like the other conventional nucleotidic inhibitors, which have been confirmed from kinetic experiments. The improved inhibition constant (K-i) values 427 +/- 7, 775 +/- 6 mu M clearly indicate modified nucleosides are an obvious option for the designing of inhibitors of angiogenesis process. The chorioallantoic membrane (CAM) assay qualitatively suggests that amino functionalized nucleosides have an effective potency to inhibited angiogenin-induced angiogenesis. Docking studies further demonstrate the interaction of their polar amino group with the P-1 site residues of angiogenin, i.e., His-13 and His-114 residues. (C) 2013 Elsevier Inc. All rights reserved.