(3R,4R,5R)-N-benzyloxycarbonyl-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)piperidine | 568586-63-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: (3R,4R,5R)-N-benzyloxycarbonyl-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)piperidine
• 英文别名: isofagomine；benzyl (3R,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)piperidine-1-carboxylate
• CAS: 568586-63-0
• 化学式: C₁₄H₁₉NO₅
• 分子量: 281.309
• InChiKey: LDLXQDJXZPFGGG-JHJVBQTASA-N

物化性质

• 沸点：
  470.1±45.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.349±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  90.2
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (3R,4R,5R)-N-benzyloxycarbonyl-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)piperidine 在 吡啶 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 苯甲醛二甲缩醛 、 camphor-10-sulfonic acid 作用下， 以 二氯甲烷 、 氯仿 为溶剂， 反应 9.0h， 生成 (3R,4R,5R)-3-acetoxy-5-acetyloxymethyl-N-benzyloxycarbonyl-4-[(tetra-O-acetyl-β-D-glucopyranosyl)oxy]piperidine
  参考文献：
  名称：

  A potential fortuitous binding of inhibitors of an inverting family GH9 β-glycosidase derived from isofagomine

  摘要：

  通过结构洞察，基于异甘露糖的抑制剂与GH9家族糖苷酶的结合模式是通过研究酸性阿利环杆菌（AaCel9A）内切葡聚糖酶实现的。与第一次报告中使用这些化合物与GH6家族反转糖苷酶的观察结果相比，这些抑制剂在活性位点并未呈现扭曲构象。

  DOI：

  10.1039/c1ob05766a
• 作为产物：
  描述：

  氯甲酸苄酯 、 (3R,4R,5R)-5-(羟基甲基)哌啶-3,4-二醇盐酸盐 在 碳酸氢钠 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 (3R,4R,5R)-N-benzyloxycarbonyl-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)piperidine
  参考文献：
  名称：

  A potential fortuitous binding of inhibitors of an inverting family GH9 β-glycosidase derived from isofagomine

  摘要：

  通过结构洞察，基于异甘露糖的抑制剂与GH9家族糖苷酶的结合模式是通过研究酸性阿利环杆菌（AaCel9A）内切葡聚糖酶实现的。与第一次报告中使用这些化合物与GH6家族反转糖苷酶的观察结果相比，这些抑制剂在活性位点并未呈现扭曲构象。

  DOI：

  10.1039/c1ob05766a

文献信息

• The Synthesis of 3-O-(β-D-Glucopyranosyl)- and 3-O-(β-Laminaribiosyl)-isofagomines, Potent Inhibitors of a 1,3-β-D-Glucan endo-Hydrolase
  作者：James M. Macdonald、Maria Hrmova、Geoffrey B. Fincher、Robert V. Stick

  DOI：10.1071/ch03227

  日期：——

  mine with a D-glucosyl and a laminari-biosyl trichloroacetimidate has given, after removal of protecting groups, 3-O-(β-D-glucopyranosyl)- and 3-O-(β-laminaribiosyl)-isofagomines. Also included are similar glycosylations of a related tetrahydrooxazine. 3-O-(β-D-Glucopyranosyl)- and 3-O-(β-laminaribiosyl)-isofagomines acted as potent inhibitors of a barley 1,3-β-D-glucan endo-hydrolase, with ID50 values

  4,6-O-亚苄基-N-苄氧基羰基异法戈明与 D-葡糖基和海带-二糖基三氯乙酰亚胺酯的糖基化在去除保护基后得到 3-O-(β-D-吡喃葡萄糖基)-和 3-O -(β-海带核糖基)-异法戈明。还包括相关四氢恶嗪的类似糖基化。3-O-(β-D-Glucopyranosyl)- 和 3-O-(β-海带核糖基)-isofagomines 是大麦 1,3-β-D-葡聚糖内切水解酶的有效抑制剂，ID50 值为 7.8 和分别为 3.1 μM。
• Synthesis with Glycosynthases: Cello-Oligomers of Isofagomine and a Tetrahydrooxazine as Cellulase Inhibitors
  作者：James M. Macdonald、Robert V. Stick、D. Matthew G. Tilbrook、Stephen G. Withers

  DOI：10.1071/ch02165

  日期：——

  Isofagomine and a carbohydrate-like tetrahydrooxazine, as their N-benzyloxycarbonyl derivatives, have been subjected to a glycosynthase in the presence of α-D-glucopyranosyl fluoride as a glucosyl donor. In each case, after protecting group removal, a mixture of 1,4-β-linked di-, tri-, and tetra-'saccharides' was obtained. These novel oligosaccharide derivatives were tested as inhibitors of the endo-glycanase Cex from Cellulomonasfimi. Affinities increased progressively as additional D-glucosyl residues were incorporated, which is consistent with the known substrate specificity of this enzyme.

  在有α-D-吡喃葡萄糖基氟化物作为葡萄糖基供体的情况下，异法哥明和一种类似碳水化合物的四氢恶嗪，作为它们的 N-苄氧羰基衍生物，被糖化酶分解。在每种情况下，去除保护基团后，都能得到 1,4-β-连接的二元、三元和四元 "糖 "的混合物。对这些新型寡糖衍生物进行了测试，以确定它们是否能抑制来自纤维单胞菌（Cellulomonasfimi）的内生聚糖酶 Cex。随着D-葡萄糖残基的增加，亲和力也逐渐增加，这与该酶已知的底物特异性是一致的。
• Evidence for a Boat Conformation at the Transition State of GH76 α-1,6-Mannanases-Key Enzymes in Bacterial and Fungal Mannoprotein Metabolism
  作者：Andrew J. Thompson、Gaetano Speciale、Javier Iglesias-Fernández、Zalihe Hakki、Tyson Belz、Alan Cartmell、Richard J. Spears、Emily Chandler、Max J. Temple、Judith Stepper、Harry J. Gilbert、Carme Rovira、Spencer J. Williams、Gideon J. Davies

  DOI：10.1002/anie.201410502

  日期：2015.4.27

  QM/MM metadynamics that show how the enzyme surface restricts the conformational landscape of the substrate, rendering the B2,5 conformation the most energetically stable on‐enzyme. We conclude that GH76 enzymes perform catalysis using an itinerary that passes through OS2 and B2,5≠ conformations, information that should inspire the development of new antifungal agents.

  α-甘露糖苷酶和 α-甘露聚糖酶因其在 α-甘露糖苷受阻异头中心的亲核取代以及甘露糖苷酶抑制剂作为细胞探针和治疗剂的潜力而引起了人们的关注。我们报告了通过对米氏复合物的结构分析以及新型氮杂/亚氨基糖抑制剂的合成和评估研究的 GH76 α-甘露聚糖家族的构象路线。O S 2构象的米氏复合物，加上抑制剂复合物中的氮杂糖变形为高能B 2,5构象，通过从头算 QM/MM 元动力学合理化，显示酶表面如何限制酶的构象景观基板，呈现B 2,5构象是能量最稳定的酶。我们得出结论，GH76 酶使用通过O S 2和B 2,5 ≠构象的路线进行催化，这些信息应该会激发新抗真菌剂的开发。
• A potential fortuitous binding of inhibitors of an inverting family GH9 β-glycosidase derived from isofagomine
  作者：Solange Moréra、Armelle Vigouroux、Keith A. Stubbs

  DOI：10.1039/c1ob05766a

  日期：——

  Using structural insight, the binding mode of isofagomine-derived inhibitors with family GH9 glycosidases is achieved via the study of Alicyclobacillus acidocaldarius (AaCel9A) endoglucanase. In contrast to what was observed in the first report using these compounds with inverting glycosidases from family GH6, these inhibitors do not adopt a distorted conformation in the active site.

  通过结构洞察，基于异甘露糖的抑制剂与GH9家族糖苷酶的结合模式是通过研究酸性阿利环杆菌（AaCel9A）内切葡聚糖酶实现的。与第一次报告中使用这些化合物与GH6家族反转糖苷酶的观察结果相比，这些抑制剂在活性位点并未呈现扭曲构象。