A number of structural experimental methods are available to determine the receptor-bound conformation of ligands as part of the process of rational drug design, including X-ray diffraction and solution-state NMR. Not all receptor/ligand systems are amenable to these types of analyses due to difficulties in sample preparation or inherent limitations of the methods. Rotational echo double-resonance
作为合理药物设计过程的一部分,许多结构实验方法可用于确定
配体的受体结合构象,包括X射线衍射和溶液态NMR。由于样品制备困难或方法固有的局限性,并非所有受体/
配体系统都适合这些类型的分析。旋转回波双共振(REDOR)NMR是一种固态的魔术角旋转技术,可测量特定标记的核之间的偶极耦合并确定核间距。在先前的螺旋肽研究中,我们已经验证了REDOR NMR能够准确,准确地测量距离的能力。在这项研究中,我们使用REDOR和double REDOR来测量结合到嗜热菌素的膦酰胺过渡态
抑制剂中骨架原子之间的距离。在复合Cbz-GlyP- [1中测得的31P-13C',31P-15N和31P-13C alpha距离(分别为3.61 +/- 0.10、3.89 +/- 0.12和5.37 +/- 0.13 A)。 -13C] Leu- [15N,2-13C] Ala和该酶与通过X射线衍射在其他类似的溶酶/
抑制剂复合物中观察到的一致(平均值为3